Geri Dön

Biochemical modeling of logic gates in prokaryotic transcriptional regulation

Mantık kapılarının prokaryotik transkripsiyonel düzenlemede biyokimyasal modellenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 756977
  2. Yazar: İREM AKSOY CANKUR
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBAR CAN ACAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Biyoistatistik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biostatistics, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Bakteriler, Escherichia coli, Hücreler, Python, Bacteria, Escherichia coli, Cells, Python
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Mantık kapıları hücrelerin günlük rutinlerinde görülür ama yine de yapay bir mantık kapısı üretmek hala oldukça zordur. Bu tezde, bir bakterideki AND, OR ve XOR mantık kapıları, simülasyon aracı olarak Python kullanılarak modellenmiştir. Ayrıca, kapı fonksiyonlarının karmaşıklığını azaltmak ve verimliliğini arttırmak için fonksiyon uydurma aranmıştır. Son olarak, ortalama bir E.coli bakterisi bu kapılara sahip olsaydı, protein üretiminin nasıl olacağı simüle edilmiştir. Bu tezin en önemli bulgusu, bir bakteri hücresinde gerçek hayattaki mantık kapılarının aynı özelliklerini gösteren bir mantık kapısı simülasyonu yaratmanın mümkün olduğudur. Dahası, transkripsiyon faktörü konsantrasyonları, ayrışma sabitleri ve işbirliği terimi parametre seçimlerine bağlı olarak kapıların özellik değiştirmeye eğilimli olduğu tespit edilmiştir. Lakin bu tezin tamamen bilgisayar ortamında gerçekleştirildiği belirtilmelidir. Laboratuvar ortamı çalışmaları, tezin kapsamı dışındadır.

Özet (Çeviri)

Logic gates are seen in cells in their daily routines and yet, constructing a synthetic one is still a challenge. In this thesis, AND, OR and XOR logic gates in a bacteria cell are modelled using Python as a simulation tool. Furthermore, function fitting is sought to decrease the complexity of gate functions and increase efficiency. Finally, how protein production would be if an average E.coli bacteria had governed these gates is simulated. The major outcome of this thesis is that it is possible to create logic gate simulations of a bacteria cell that gives exact characteristics of a real life case. Also, it is found out that the characteristics of the gates are prone to changes based on transcription factor concentrations, dissociation constants and cooperativity term parameter selections. However, it must be noted that this thesis is completely performed on a computer based environment. In vitro studies are excluded from the scope of the thesis.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    482323

    Nanoscale and bio-inspired communication techniques for the internet of bio-nano things

    Biyo-nano nesnelerin interneti için nano-ölçekli ve biyolojik-esinli haberleşme teknikleri

    MURAT KUŞCU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Elektrik Elektronik Mühendisliği Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZGÜR BARIŞ AKAN

  2. Tez No

    798408

    Mekan biçimlenmesinde morfogenetik denemeler

    Morphogenetic approaches to architectural form

    TEVFİK SAYGIN ÖZCAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NİZAM ONUR SÖNMEZ

  3. Tez No

    905476

    Aralıklı havalandırma optimizasyonuyla konvansiyonel aktif çamur sisteminin ileri biyolojik arıtmaya dönüştürülmesi

    Full scale upgrade of conventional activated sludge system to nutrient removal process with intermittent aeration optimization

    ANDAÇ ÖZHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAYRETTİN GÜÇLÜ İNSEL

  4. Tez No

    119036

    Fuzzy and sliding mode control of a pH neutralization system

    pH nötralizasyon sisteminde bulanık mantık ve kayan durum denetimi

    ÜSTER AKBAY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    Kimya MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CANAN ÖZGEN

    PROF. DR. MEHMET KEMAL LEBLEBİCİOĞLU

  5. Tez No

    509855

    Effect of pre-concentration technique on the extraction of volatile compounds in beef and changes in quality parameters under dynamic storage conditions

    Çiğ etten uçucu bileşenlerin ekstraksiyonunda ön konsantrasyon tekniğinin etkisi ve dinamik muhafaza şartları altında kalite parametrelerinin değişimi

    AYLİN MET ÖZYURT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NEŞE ŞAHİN YEŞİLÇUBUK

Geri Dön