Geri Dön

Development of a pseudovirus-based assay for analysis of neutralizing activity against SARS-CoV-2

SARS-CoV-2'ye karşı nötralizan aktivitenin analizi için psödovirus tabanlı test geliştirilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 720620
  2. Yazar: CEVRİYE PAMUKCU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER, DR. ÖĞR. ÜYESİ TOLGA SÜTLÜ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Allerji ve İmmünoloji, Genetik, Biology, Allergy and Immunology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mühendislik ve Doğa Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Şiddetli Akut Solunum Yolu Sendromu Koronavirüs 2'nin (SARS-CoV-2) neden olduğu COVID-19 pandemisi dünya çapında yayılmaya devam ederken, etkin aşı protokolleri aktif olarak uygulanmaya başlanmıştır. Aşıların özellikle gelişmekte olan ülkelere geç dağılması ve etkin bir antiviral tedavinin olmaması, konvelesan plazma (CP) veya monoklonal antikor gibi kullanımı gibi yaklaşımlara olan ilgiyi artırmıştır. İlk klinik değerlendirmeler, eğer tedaviden bir fayda bekleniyorsa, CP veya antikor bazlı yaklaşımlarda yanıtı belirleyen kritik faktörlerin net bir şekilde tanımlanması gerektiğini ortaya koydu. Vahşitip virüs kullanılarak SARS-CoV-2'ye karşı nötralizan aktivitenin ölçülmesi güvenilir bir fonksiyonel analiz sunmaktadır ancak virüs kültürü için uygun olan Biyogüvenlik Seviyesi 3 (BSL3) tesislerinin yaygın olmaması, bu yöntemin uygulanabilirliğini kısıtlamaktadır. Bunun yerine, SARS-CoV-2 virüsünden parçalar içeren Psödovirüslerin kullanımı, konvelasan plazma veya diğer nötralize edici ajanların aktivitesini belirlemek için yaygın olarak kullanılabilir. Bu tezde, nötralizan aktivitenin ölçümünde kullanılmak üzere SARS-CoV-2 Spike (S), Membran (M), Zarf (E) ve Nükleokapsid (N) proteinleri ile psödotiplenmiş lentiviral partiküllerin üretimine yönelik yaklaşımımızı sunuyoruz. Buna ek olarak, kısa sürede çoklu numunelerin daha hızlı ve pratik analizini mümkün kulabilmek amacıyla Yeşil Floresan Protein (GFP) veya Salgılanmış Alkalin Fosfataz (SEAP) gibi farklı transgenleri, raportör genler olarak değerlendiriyoruz. Bulgularımız, optimize edilmiş SEAP tabanlı yöntemlerin kullanılmasının, gelişmiş ekipman ihtiyacını ortadan kaldırarak nötralizasyon testlerinin hızını ve dolayısıyla da yaygınlığını artırabileceğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

As the COVID-19 pandemic caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) continues to spread around the globe, effective vaccination protocols are actively being implemented. The delayed deployment of effective vaccines especially in the developing world and the lack of an effective antiviral treatment inadvertently increased the interest in approaches such as the use of convalescent plasma (CP) or monoclonal antibody products. Initial clinical evaluation revealed that critical factors determining the outcome of CP or antibody-based therapies need to be defined clearly if clinical efficacy is to be expected. Measurement of neutralizing activity against SARS-CoV-2 using wildtype virus presents a reliable functional assay but the availability of suitable BSL3 facilities for virus culture restricts its applicability. Instead, the use of pseudovirus particles containing elements from the SARS-CoV-2 virus is widely applied to determine the activity of CP or other neutralizing agents. In this thesis, we present our approach to production of lentiviral particles pseudotyped with the SARS-CoV-2 Spike (S), Membrane (M), Envelope (E) and Nucleocapsid (N) proteins for use in neutralization. Furthermore, we evaluate different transgenes such as the Green Fluorescent Protein (GFP) or Secreted Alkalline Phosphatase (SEAP) as reporter genes in an attempt to develop faster and more practical analysis of multiple samples in a short time. Our findings show that the use of optimized SEAP-based methods can increase the availability of neutralizing assays by overcoming the need for advanced equipment and increase the processing speed of multiple samples in a given lab.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    1007602

    İnsan adenoviral vektör aracılı SARS-COV-2 spike gen naklinin pandemik koronavirüs hastalığına karşı (COVID-19) gelişen hücresel ve hümoral bağışıklık yanıtının belirlenmesi

    Identification of the cellular and humoral immune responses elicited against COVID-19 through the transfer of the SARS-COV-2 spike gene via a human adenoviral vector

    FULYA ERENDOR CİHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Tıbbi BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH ŞANLIOĞLU

  2. Tez No

    666275

    Domates sarı yaprak kıvırcıklık virüsü (Ty-3) ve domates lekeli solgunluk virüsü (Sw-5)'e dayanıklı domates (Solanum lycoperscum L.) hatlarının moleküler marker yardımlı geri melezleme yöntemi ile ıslah edilmesi

    Breeding of tomato lines resistant to tomato yellow leaf curl virus (Ty-3) and tomato spotted wilt virus (Sw-5) by molecular marker assisted backcrossing method

    SEVDE NUR YEMŞEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    ZiraatAkdeniz Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEDİM MUTLU

  3. Tez No

    77786

    Diyarbakır ili kavun ve karpuz ekim alanlarında zararlı Aphis gossypii glower (Homoptera: Aphididae) ve predatörlerinin populasyon gelişmesinin saptanması

    Başlık çevirisi yok

    MUSA BÜYÜK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    ZiraatHarran Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ ÖZPINAR

  4. Tez No

    521353

    Diyarbakır domates alanlarında zararlı yeşilkurt [Helicoverpa armigera (Hübner) (Lep.; Noctuidae)]'un popülasyon gelişimi, parazitoit ve predatörlerinin belirlenmesi

    Determination of population development, parasitoid and predators of harmful tomato fruit borer [Helicoverpa armigera (Hübner) (Lep.; Noctuidae)] in Diyarbakir tomato fields

    ÖZLEM BEKTAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ZiraatHatay Mustafa Kemal Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERDAL SERTKAYA

  5. Tez No

    843972

    Van Gölü Havzası'nda Tuta absoluta (Meyrick, 1917) (Lepidoptera:Gelechiidae)'nın domates alanlarındaki yayılışı, popülasyon gelişmesi, bulaşıklık ve zarar oranı ile doğal düşmanlarının saptanması

    Distribution, population development, infestation and damage rates, and identification of natural enemies of Tuta absoluta (Meyrick, 1917) (Lepidoptera: Gelechiidae) in tomato fields in the Van Lake Basin

    FUAT ARGIŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ZiraatVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. REMZİ ATLIHAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HİLMİ KARA

Geri Dön