Perakende olarak satışa sunulan kanatlı etlerinde GSβl, AMP-C ve karbapenemaz üreten E. coli suşlarının antimikrobiyal direncinin MIC, klasik PCR ve LAMP PCR analizleri ile araştırılması
Investigation of ESBLŞ, AMP-C, carbapenemase-producing E. coli strains antimicrobial resistance properties isolated from chicken meat in retail by MIC PCR and lamp analysis
- Tez No: 709881
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİBEL KIZIL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Ampisilin, Antibiyotikler, Beta laktamazlar, Escherichia coli, Karbapenemaz, Kümes hayvanları ürünleri, Perakende sektörü, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Tavuk eti, İlaçlara direnç, Antimicrobial Resistance, E. coli, E-test, PCR, ESβL, Amp-c, Carbapenemaz, Ampicillin, Antibiotics, Beta lactamases, Escherichia coli, Carbapenemase, Poultry products, Retail sector, Polymerase chain reaction, Chicken meat, Drug resistance
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kırıkkale Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanatlı hayvanların yetiştirilmesi esnasında görülen bazı bakteriyel enfeksiyonları baskılamak amacıyla kullanılan antimikrobiyal ajanlar; yoğun bir şekilde ve bilinçsizce kullanıldığında kanatlı hayvanlarda da antibiyotiklere karşı direnç oluşturmaktadır. Kanatlılarda, E. coli normal bağırsak florasında mevcut olup, floranın bozulması sonucu çeşitli enfeksiyonlar neden olmaktadır. Bu çalışmada; marketlerde satılan farklı markalara ait tavuk göğüs etlerinden izole edilen GSβL, Amp-c ve Karbapenemaz üreten E.coli suşlarının antibiyotik direnç özelliklerinin disk difüzyon ve E test (MIC) ile belirlenmiş; antibiyotik direnç genlerinin ise Klasik PCR ve LAMP PCR metotlarıyla belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu kapsamda alınan 100 adet tavuk göğüs etinin (fileto), 7 tanesinden E.coli suşları izole edilmiş ve hızlı idendifikasyon sistemi (BBL Crystal) ile doğrulanmıştır. İzolatların disk difüzyon test sonuçları EUCAST ve CLSI'a göre değerlendirilmiş ve tetrasikline %100; ampisilin, ciprofloksasin, sefoksitin, nalidiksik asit, oksitetrasikline %85; seftazidime %57, kloramfenikole %71, trimethoprim/ sulfomeametoksazol, sefotaksime %42; gentamisine %14 oranında dirençlilik görülmüştür. Ayrıca izolatların hepsi (%100) meropeneme duyarlı bulunmuştur. İzolatların E-Test (MIC) sonuçları EUCAST, CLSI ve EURL-AR'a göre değerlendirilmiş ve 1 adet izolatta GSβL, 4 adet izolatta ise Amp-c aktivitesi saptanmıştır. Karbapenemaz aktivitesi izolatların hiçbirinde saptanmamıştır. Antibiyotik direnç genlerinin tespiti için DNA'lar izole edildikten sonra Klasik PCR ve LAMP PCR testleri yapılmıştır. Klasik PCR için uygun primerler ile çalışılmış; elektroforezde oluşan bantlar değerlendirilmiştir. LAMP PCR metodunda ise uygun primerlerle hazırlanmış ekstraksiyonlar izotermal şartlarda (65°C), yaklaşık 40 dakika uygulanmış olup, elektroforezde yürütülerek sonuçlar elde edilmiştir. Klasik PCR sonuçlarına göre, izolatların hepsinde GSβL aktivitesi tespit edilmiş olup; sırasıyla en çok CTXM-1 (%71) ve SHV1 (%71), OXA-1 (%42,8), CTXM-9 (%28,5) ve TEM (%14,2) saptanmıştır. Piyasadan toplanan kanatlı etlerinden izole edilen E. coli'lerin GSβL, Amp-c ve karbapenemaz genleri yönünden risk teşkil edebileceği ve bu konu ile ilgili olarak sürekli izlenmesi gerektiği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimer: Antimikrobiyal direnç, E. coli, E-test, PCR, GSβL, Amp-c, Karbapenemaz.
Özet (Çeviri)
Antimicrobial agents used to suppress some bacterial infections during the rearing of poultry; When used intensively and unconsciously, it also creates resistance to antibiotics in poultry. In poultry, E. coli is present in the normal intestinal flora and causes various infections as a result of the deterioration of the flora. In this study; The antibiotic resistance properties of ESβL, Amp-c, Carbapenemase producing E.coli strains isolated from chicken breast meat of different brands sold in the markets were determined by disk diffusion and E test (MIC); It is aimed to determine antibiotic resistance genes by Classical PCR and Lamp PCR methods. In this context, E. coli strains were isolated from 7 of 100 chicken breast meat (fillets) and verified by rapid identification system (BBL Crystal). Disk diffusion test results of the isolates were evaluated according to EUCAST and CLSI, 100% to tetracycline; ampicillin, ciprofloxacin, cefoxitin, nalidixic acid, oxytetracycline 85%; ceftazidime 57%, chloramphenicol 71%, trimethoprim/ sulfomeamethoxazole, cefotaxime 42%; 14% resistance to gentamicin was observed.In addition all isolates (%100) were susceptable to meropenem. E-Test (MIC) test results of the isolates were evaluated according to EUCAST, CLSI ve EURL-AR and ESβL activity was found in 1 isolates and Amp-c activity was detected in 4 isolates. Carbapenemase activity was not detected in any of the isolates. Classical PCR and LAMP PCR tests were performed after the DNAs were isolated for the detection of antibiotic resistance genes. Worked with primers suitable for classical PCR. In the LAMP PCR method, the extractions prepared with suitable primers were applied in isothermal conditions (65 °C) for approximately 40 minutes, and then the same results were obtained by conducting electrophoresis again. It has been concluded that E. coli isolated from poultry meat collected from the market may pose a risk in terms of ESβL, Amp-c, and carbapemase genes continuous monitoring is required in this regard.
Benzer Tezler
- Türkiye'de üretilen bazı kışlık el örgü ipliklerinin başlıca iplik ve lif özellikleri üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
SEMA YÜCEBAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLSEREN YAZICIOĞLU
- Departmanlı mağazaların organizasyon yapıları ve GİMA T.A.Ş.'deki inceleme
Başlık çevirisi yok
CELİL KOPARAL
- Ankara şehrinde kızartmalık piliç (broiler) pazarlaması verimlilik analizi
Broiler marketing productivity analysis in Ankara province
MEVHİBE MEŞHUR
Yüksek Lisans
Türkçe
1989
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiTarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı
PROF.DR. TURAN GÜNEŞ
- Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyetin'de Merkez Bankacılığı ve parasal sorunlar
Başlık çevirisi yok
HAKKI EMRE