Çeşitli kanser hücre hatlarında endoplazmik retikulum stresi ve otofajik yolaklardaki epigenetik değişikliklerin karşılaştırılması
Comparison of epigenetic changes in endoplasmic reticulum stress and autophagic pathways in various cancer cell lines
- Tez No: 685246
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞENGÜL YÜKSEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Epigenetik, ER stresi, Hücre Hattı, Otofaji, Endoplazmik retikulum, Epigenez-genetik, Hücre dizisi, Neoplazmlar, Epigenetics, ER stress, Cell Line, Autophagy, Endoplasmic reticulum, Epigenesis-genetic, Neoplasms
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Çeşitli kanser hücrelerinde metilasyon duyarlı restriksiyon enzimlerinden ve RT-qPZR tekniğinden yararlanılarak protein katlanma, degredasyon ve otofaji yolaklarına ait bazı anahtar genlerin metilasyon profillerinin araştırılması ve hücreler arası epigenetik farklılıkların ortaya konması amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: Hücreler kültür ortamına alıştırıldıktan sonra moleküler testler kullanılarak değerlendirilmiştir. Metilasyon spesifik restriksiyon enzimleri aracılığıyla (Acil-HpaII), DNA kesimi sağlanıp RT-PZR testleri ile metilasyon düzeyleri incelenmiştir. Bulgular: Otofaji yolağında rol alan genlerin (LRRK2, PRKN, GBA ve NBR1) promotor bölgelerinin metilasyon düzeyleri istatistiksel olarak karşılaştırıldı. GBA (P<0.05) geni hariç diğer genlerde anlamlı farklılık bulunamamıştır. GBA geninin promotor bölgesindeki metilasyon düzeyi, MCF 7 ve HEP-G2 hücrelerinde normal MCF 10A hücresine göre anlamlı düşük saptandı. Kanserli hücreler karşılaştırıldığında da anlamlı fark bulunmuştur. Endoplazmik Retikulum stres yolağında rol alan genlerin (MAP3K5, ATF6, XBP1, EIF2AK3 ve MAOA) promotor bölgelerinin metilasyon düzeyleri istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Tüm genlerde HEP-G2 hücresi, normal MCF 10A hücresine göre istatistiksel olarak metilasyon düzeyinde azalma bulunurken; MCF 7 hücresinin normal MCF 10A hücresine göre sadece XBP1 ve EIF2AK3 genlerinde anlamlı artış bulunmuştur. Kanserli hücreler karşılaştırıldığında ise ATF6 ve XBP1 genlerinde anlamlı fark bulunmazken; MAP3K5, EIF2AK3 ve MAOA genlerinde anlamlı fark bulunmuştur. Sonuç: Otofaji yolağında rol alan genlerin metilasyon düzeyleri karşılaştırıldığında GBA geninde hem MCF 7 hem de MCF 10A hücrelerinde hipometilasyon saptanmıştır. Endoplazmik Retikulum yolağında ise tüm genlerin kanser hücrelerinde normal hücreye göre anlamlı şekilde azaldığı sadece MCF 7 hücrelerinde XBP1 ve EIF2AK3 genlerinde hipermetilasyon saptanmışır.
Özet (Çeviri)
Aim: It is aimed to investigate the methylation profiles of some key genes belonging to protein folding, degradation and autophagy pathways in various cancer cells and to reveal epigenetic differences between cells by using methylation sensitive restriction enzymes and RT-qPCR technique. Material and Method: After the cells were acclimated to the culture medium, they were evaluated using molecular tests. By means of methylation specific restriction enzymes (Acil-HpaII), DNA was cut and methylation levels were examined by RT-PCR tests. Results: The methylation levels of the promoter regions of genes (LRRK2, PRKN, GBA and NBR1) involved in the autophagy pathway were statistically compared. Except for the GBA gene (P<0.05), no significant difference was found in other genes. The methylation level in the promoter region of the GBA gene was found to be significantly lower in MCF 7 and HEP-G2 cells compared to normal MCF 10A cells. A significant difference was also found when cancer cells were compared. The methylation levels of the promoter regions of genes (MAP3K5, ATF6, XBP1, EIF2AK3 and MAOA) involved in the Endoplasmic Reticulum stress pathway were statistically compared. While there was a statistically decrease in methylation level in HEP-G2 cell compared to normal MCF 10A cell in all genes; Only XBP1 and EIF2AK3 genes were significantly increased in MCF 7 cell compared to normal MCF 10A cell. When cancer cells are compared, there was no significant difference in ATF6 and XBP1 genes; Significant differences were found in MAP3K5, EIF2AK3 and MAOA genes. Conclusion: When the methylation levels of the genes involved in the autophagy pathway were compared, hypomethylation was found in the GBA gene in both MCF 7 and MCF 10A cells. In the Endoplasmic Reticulum pathway, all genes were significantly decreased in cancer cells compared to normal cells, and hypermethylation was detected in XBP1 and EIF2AK3 genes only in MCF 7 cells.
Benzer Tezler
- Meme kanserinde prion proteinlerinin otofajik etkilerinin araştırılması
Investigation of autophagic effects of prion proteins in breast cancer
ZÜBEYDE ÖZTEL
Doktora
Türkçe
2025
BiyolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDAL BALCAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ HANİFE AYŞEGÜL MENDİ
- Epibrassinolidin kolon kanserine karşı anti-tümöral etkisinin scıd fare ksenograft modelinde gösterimi
The determination of anti-tumoral effect of epibrassinolide in colon carcinoma scid mice xenograft model
KAAN ADACAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Onkolojiİstanbul Kültür ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR OBAKAN YERLİKAYA
- Endoplazmik retikulum aracılı yıkım yolu (ERAD)'nun meme ve prostat kanserinde kritik rol oynayan steroid hormon reseptörlerine etkisinin ve kimyasal/biyolojik inhibitörlerinin terapötik potansiyellerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effect of endoplasmic reticulum-associated degradation (ERAD) on steroid hormone receptors that play a critical role in breast and prostate cancer and the therapeutic potential of chemical / biological inhibitors
ESRA ATALAY ŞAHAR
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PETEK BALLAR KIRMIZIBAYRAK
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
- Pristimerinin servikal kanser hücre hatlarında hücre ölüm yolakları üzerine etkilerinin biyoinformatik araçlar ile değerlendirilmesi
Evaluation of the effects of pristimerin on cell death pathways in cervical cancer cell lines using bioinformatics tools
AYŞE MÜGE ALDIRAN