Investigation of the role of LAP1B in transcriptional regulation of muscle cells
LAP1B proteinin kas hücrelerinin transkripsiyon regülasyonundaki rolünün araştırılması
- Tez No: 655269
- Danışmanlar: PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Hücre farklılaşması, Hücreler, Kar farklılaşması, Kaslar, LAP 1, Proteinler, Transkripsiyon faktörleri, Transkripsiyon-genetik, Transkriptomlar, Cell differentiation, Cells, Profit differentiation, Muscles, LAP 1, Proteins, Transcription factors, Transcription-genetic, Transcriptomics
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Çekirdek iç membran proteini LAP1B'nin (lamina-ilişkili polipeptit 1, izoform B) işlev kaybı insanda kas distrofisi ve kardiyomiyopatiye neden olmaktadır. LAP1B'nin kas dokusundaki işlevi henüz bilinmemektedir. Tezin amacı, LAP1B'yi ifade etmeyen kas hücrelerinin farklılaşma sürecinde transkriptom düzeyindeki değişikliklerin belirlenmesi ile, insanda neden olduğu kas distrofisinin moleküler patogenezinin anlaşılmasına katkı sağlamaktır. Bu amaçla in vitro model olarak kullanılmak üzere kontrol ve bir LAP1B-ilişkili kas distrofisi hastasına ait primer fibroblastlar ölümsüzleştirilmiş ve uyarılabilir MyoD gen transferi gerçekleştirilmiştir. Kontrol hücrelerin sekiz günde olgun miyotüpler oluşturduğu gözlenirken, mutant hücrelerin füzyon kapasitelerinin çok düşük olduğu ve farklılaşmayı tamamlayamadıkları bulunmuştur. Ayrıca C2C12 fare miyoblastlarında LAP1A/B ifadesinin baskılanmasına neden olan mutasyonlar oluşturulmuş ve aynı bulgular gözlenmiştir. RNA dizileme yöntemi ile kontrol ve mutant hücrelerde tüm transkriptom içerisinde ifadesi değişen genler ve görev aldıkları yolaklar belirlenmiştir. Bu yolaklar arasından kas kasılması, hücre döngüsü, mitozda kromatit segregasyonu ve hücre dışı matriks organizasyonu öne çıkmıştır. Mutant hücrelerin p21 ifadesinin baskılanmış olmasına rağmen hücre döngüsünden çıktıkları hücre döngüsü analizi ile belirlenmiştir. Son olarak mutant hücrelerde p53 ifadesinde ve mikroçekirdek sayısında gözlenen artışın, hücresel stres ve DNA hasarı ile ilişkili olduğu görülmektedir. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, LAP1B'nin kas farklılaşmasının erken evresinde hücre döngüsü çıkışında rolünün olmadığı ancak miyogenin ifadesinin uyarılması için DNA hasarının tamirinde görevli olabileceğine işaret etmektedir. LAP1'in yeni yolaklardaki olası rolünün tanımlanması, tedavide hedeflenebilir yolakların keşfedilmesine de olanak sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
The loss-of-function of the inner nuclear membrane protein LAP1B (lamina-associated polypeptide 1, isoform B) causes muscular dystrophy and cardiomyopathy in humans. The function of LAP1B in muscle is still unknown. The goal of this thesis is to contribute to the understanding of the molecular pathogenesis underlying muscular dystrophy caused by LAP1B, by determining transcriptional changes occurring throughout differentiation of muscle cells lacking LAP1B. For this purpose, primary fibroblasts isolated from healthy and one patient affected by LAP1B-related muscular dystrophy were immortalized and myoconverted with inducible MyoD gene transfer. Whereas control cells formed mature myotubes within eight days, mutant cells demonstrated very low fusion potential and failed to fully differentiate. Mutations causing knockdown of LAP1A/B expression were created in C2C12 mouse myoblasts and similar results were observed. By RNA sequencing, genes differentially expressed in control and mutant cells within the transcriptome and enriched pathways were identified. Muscle contraction, cell cycle, mitotic chromatid segregation and extracellular matrix organization were among the most significantly enriched pathways. It was shown by cell cycle assay that despite downregulation of p21 expression, mutant cells withdrew from the cell cycle. Finally, upregulation of p53 expression and increase in the number of micronuclei in mutant cells were related to cellular stress and DNA damage. These findings demonstrated that LAP1B is not involved in cell cycle exit but might suggest a role in DNA damage repair necessary for the induction of myogenin expression. Identification of previously unknown pathways for LAP1 will contribute to the discovery of novel targets for therapy.
Benzer Tezler
- Investigation of the role of different regions of the Cbl protein in its function
Başlık çevirisi yok
NURETTİN İLTER SEVER
- Investigation of the role of a canditate effector of wheat stripe rust pathogen in plant immunity
Aday sarıpas patojen efektör proteininin bitki immünitesindeki rolünün araştırılması
BAYANTES DAGVADORJ
Doktora
İngilizce
2016
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. MAHİNUR AKKAYA
Prof. Dr. ERDOĞAN EŞREF HAKKI
- Investigation of the role of cGAMP in differentiation of T lymphocytes
T lenfosit farklılaşması üzerine cGAMP`ın rolünün incelenmesi
BEGÜM YILDIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL
- Investigation of the role of programmed cell death 10 (PDCD10) protein in multidrug resistance
Programlı hücre ölümü 10 (PDCD10) proteininin çoklu ilaç dirençliliğindeki rolünün incelenmesi
ÇAĞRI URFALI
- Investigation of the role of IroC in asymmetric cell division
IroC genlerinin asimetrik hücre bölünmesi üzerindeki rollerinin araştırılması
DURAN EMRE KANACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS