Biological functions of FAM134B and its associaction with cancer
FAM134B'nin biyolojik işlevleri ve kanserle ilişkisi
- Tez No: 652771
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN, PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Biyokimya, Biyoteknoloji, Medical Biology, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hepatoselüler Karsinoma (HSK) dünya genelinde hala büyük bir sağlık problemidir ve her yıl binlerce insanın ölümüne neden olmaktadır. HSK gelişimi çoğunlukla sirotik karaciğerden köken alır ve bu süreçte hepatositler hücresel yaşlanmadan kaçarak ölümsüzlük kazanır. Grubumuz, bu geçişte FAM134B'in bir belirteç gen olduğunu ve ifadesinin azaldığını göstermiştir. Farklı çalışmalar ise FAM134B'nin Endoplazmik Retikulum'un spesifik olarak otofagozom aracılığıyla yıkımını sağlayan bir reseptör olduğunu göstermiştir. Bununla birlikte, bu özelliklerin kanser gelişimi ile nasıl ilişkili olduğu büyük ölçüde bilinmemektedir. Bu bilgiler ışığında bu tez çalışmasında, FAM134B'nin, fizyoloji ve kanser bağlamında fonksiyonel olarak karakterize edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada FAM134B varyantlarının gen ifade değişimleri aç kalma, ER-stres indüksiyonu ve proteazom inhibisyonu gibi hücresel stres uyaranlarına karşı yanıt bakımından in vitro ve in vivo modeller kullanılarak karakterize edilmiştir. Kanser çalışmalarında ise öncelikle FAM134B varyantlarının ifadesi farklı kanser türlerinde veri tabanları kullanılarak taranmıştır. FAM134B varyantlarının HSK tümör oluşumu üzerindeki etkisi, in vivo ksenograft modeliyle değerlendirilmiştir. Bulgular insan ve sığırda en az iki FAM134B transkript izoformu, farelerde ise en az altı farklı izoform olduğunu göstermiştir. Açlık sonucunda Fam134b+/+ farelerde karaciğerin yanı sıra iskelet kası ve kalp kaslarında kısa FAM134B-2 izoformunun gen ifadesinin uyarıldığı gözlenmiştir. Açlık deneyine tabi tutulan Fam134b-/- farelerde ise vücut ağırlığı, serum biyokimya ve karaciğer transkriptom değerleri anlamlı düzeyde değişiklik göstermiştir. Devamındaki çalışmalarda FAM134B'nin ektopik ifadesinin ER-stres yanıtını etkilediği ve in vivo xenograft tümör gelişimini baskıladığı gösterilmiştir. Son olarak, FAM134B ifadesinin, HSK dahil farklı tümör tiplerinde değiştiği tespit edilmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada kısa ve uzun FAM134B izoformlarının hem fizyolojide hem kanserde farklı fonksiyonlara aracılık ettiği, enerji metabolizmasında da önemli rol oynadığı ve son olarak da kısa FAM134B-2 varyantının çeşitli kanserlerde ifadesi en çok değişen gen olduğu, bunun da karsinojenez sırasında kritik rol oynadığı gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Hepatocellular Carcinoma (HCC) is a major health problem worldwide and cause thousands of deaths each year. HCC development is mostly stemmed from the cirrhotic liver where hepatocytes escape cellular senescence to gain immortality. Our group has previously defined the expressional decrease of FAM134B as a hallmark for immortalization. Later, FAM134B was shown to be a receptor that mediates degradation of Endoplasmic Reticulum fragments through the autophagosome. However, how these properties are associated with development of cancer remains largely unknown. Therefore, we aimed to investigate the functional characterization of FAM134B in the context of physiology and cancer. Using in vitro and in vivo models, expressional changes of FAM134B variants were tested in response to various cellular stresses such as fasting, ER-stress, and inhibition of proteasome machinery. In the context of cancer, the expression of FAM134B variants was screened using databases in different cancer types. The effect of FAM134B variants on HCC tumor formation was evaluated by in vivo xenograft model. The findings have shown that there are at least two transcriptional isoforms in human, and bovine, and at least six isoforms in mouse. Starvation stimulated short FAM134B-2 expression in the skeletal and cardiac muscles as well as in the liver of Fam134b+/+ mice. Fasted Fam134b-/- mice yielded significant changes in body weight, serum biochemistry and liver transcriptome. Ectopic expression of FAM134B variants altered ER-stress response in vitro and suppressed xenograft tumor growth in vivo. Finally, short FAM134B variant was found to be significantly changed variant during the development of different tumors, including HCC. In conclusion, the short and long FAM134B isoforms were shown mediate different functions in physiology and cancer, play an important role in energy metabolism; and lastly, the short FAM134B-2 variant is the most altered in various cancers.
Benzer Tezler
- In silico analysis of coding single-nucleotide polymorphism (SNP)'s in glucocerebrosidase (GBA) gene and their impact on the biological functions of the cell
Glukoserebrosidaz (GBA) genindeki kodlanan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) in siliko yöntemler ile analiz, ve hucrenin biyolojik fonksiyonları üzerindeki etkisi
VEYSEL OĞULCAN KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Tıbbi BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KUTLU
- Electromagnetic scattering from arbitrarily shaped biological bodies such as heart and lung, and remote sensing of body functions by using microwave antenna system
Kalp ve akciğer gibi keyfi şekilli biyolojik vücut yapılarının elektromagnetik saçılması ve mikrodalga anten sistemi kullanılarak vücut fonksiyonlarının uzaktan algılanması
SARBESH BAHADUR MALLA
- Biyolojik saat ve kaygının temel bilişsel işlevler üzerindeki etkileri
The effects of biological clock and anxiety on basic cognitive functions
ELVİN DOĞUTEPE DİNÇER
- 6-fenil-3-(4-piridil)-1,2,4-triazol-[3,4-b][1,3,4]tiyadiazol'ün sentezi, yapısal ve biyolojik özelliklerinin incelenmesi
Structural characterization and biological functions of 6-phenyl-3-(4-pyridyl)-1,2,4-triazolo-[3,4-b][1,3,4]thiadiazole
ALPER KUŞ
- 4-etil-5-(2-hidroksifenil)-2H-1,2,4-triazol-3(4H)-tiyon'nun yapısal ve biyolojik etkilerinin incelenmesi
Structural characterization and biological functions of 4-ethyl-5-(2-hydroxyphenyl)-2H-1,2,4-triazole-3(4H)-thione
SULTAN POLAT
