Computational screening of natural proteins for morita-baylis-hillman activity
Morita-baylis-hillman aktivitesi için proteinlerin hesapsal taranması
- Tez No: 624961
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NİHAN ÇELEBİ ÖLÇÜM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Morita-Baylis-Hillman (MBH) reaksiyonu α,β-doymamış karbonil bileşeni ve bir aldehit, aktive edilmiş keton ya da diğer karbon elektrofilleriyle bir nükleofilik katalist varlığında meydana gelen çok yönlü bir C-C bağlanma reaksiyonudur. MBH ürünleri geniş çeşitlilikte biyolojik aktivite gösteren yoğun biçimde fonksiyonel hale getirilmiş moleküllerdir. Ancak, en etkili organokatalistlerin bile kullanımında reaksiyon hızı, ilaç kullanımına ait bir hammaddenin üretimi söz konusu olduğunda oldukça yavaştır. Bu projenin amacı, MBH reaksiyonunu katalize eden, üç boyutlu dizilimlerinde gerekli katalitik mekanizmayı barındıran doğal proteinleri hesapsal olarak araştırmaktır. Çeşitli katalitik atom haritalarını (KAM) oluşturmak için iki ana teozim modeli şablon olarak kullanıldı ve daha sonra bunlar protein data bankasını taramak için kullanıldı. En fazla katalitik potansiyel gösteren protein eşleşmeleri (2BDB, 2NW6, 1FFE), moleküler dinamik simülasyonlarında (MD) kullanıldı ve katalitik kontaktlar dinamik çözeltili bir ortamda değerlendirildi. MD simülasyonları, 2BDB'nin potansiyel olarak aktif bölge yeniden tasarlamasıyla hızı arttırılabilecek MBH substratlarına yönelik katalitik aktivite sahibi olduğunu gösterdi.
Özet (Çeviri)
Morita-Baylis-Hillman (MBH) reaction is a versatile C-C coupling reaction between an α,β- unsaturated carbonyl compound and an aldehyde, activated ketone or other carbon electrophiles in the presence of a nucleophilic catalyst. MBH adducts are densely functionalized molecules displaying wide range of biological activities. However, even in the presence of the most efficient organocatalysts, reaction rate is exceedingly slow for substrates of pharmaceutical interest. The aim of this project is to computationally explore natural proteins that contain the required catalytic machinery in the optimal three-dimensional arrangement to catalyze the MBH reaction. Two main theozyme models were used as templates to construct various catalytic atom maps (CAMs) which were later used to screen the protein databank. Promising matches (2BDB, 2NW6, 1FFE) were subjected to molecular dynamics (MD) simulations and the catalytic contacts were evaluated in a dynamic solvated environment. MD simulations showed that 2BDB could potentially show promiscuous activity for the MBH substrates that can be enhanced using active site redesign in a further study.
Benzer Tezler
- Investigation of type 4 pili atpase inhibitor using computational tools
Hesapsal yöntemler ile tip 4 pili uzama atpazını inhibe edecek moleküllerin keşfi
ASLIHAN ÖZCAN YÖNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA
PROF. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT
- Kanser tedavisi için potansiyel polo-benzeri kinaz 1 (plk1) inhibitörlerinin hesaplamalı yaklaşımlar ile belirlenmesi ve plk1 protein hedefinin biyomoleküler etkileşimleri
Identification of potential polo-like kinase 1 (plk1) inhibitors for cancer therapy by computational approaches, and biomolecular interactions of polo-like kinase 1 (plk1) protein target
GÜLCE DAVUTLAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Sistem Biyolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FERAH CÖMERT ÖNDER
- Protein engineering applications on industrially important enzymes
Endüstriyel öneme sahip enzimlerin protein mühendisliği uygulamaları
GÜLŞAH ÖZGÜN
Doktora
İngilizce
2019
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Application of computer-based methods to guide the development of novel sirtuin inhibitors
Başlık çevirisi yok
BERİN KARAMAN
Doktora
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolMartın Luther Unıversıty Of Halle-WıttenbergPROF. DR. WOLFGANG SIPPL
- High-throughput computational screening of MOFs for ethane and methane purification
Etan ve metan saflaştırma süreçlerinde kullanılmak üzere metal-organik gözenekli yapılarin gaz ayırma performansının kapsamlı hesaplamalı taraması
ÇİĞDEM ALTINTAŞ
Doktora
İngilizce
2020
Kimya MühendisliğiKoç ÜniversitesiMühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEDA KESKİN AVCI