Geri Dön

Investigation of type 4 pili atpase inhibitor using computational tools

Hesapsal yöntemler ile tip 4 pili uzama atpazını inhibe edecek moleküllerin keşfi

PDF İndir

  1. Tez No: 684646
  2. Yazar: ASLIHAN ÖZCAN YÖNER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA, PROF. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Günümüzde bakteri kaynaklı hastalıkların tedavisinde kullanılan antibiyotik sınıflarının keşfinin yavaşlaması ve hızla artan antibiyotik direnci farklı terapötik yaklaşımlar gerektirmektedir. Geleneksel antibiyotiklerin etkisi azalırken, bu antibiyotiklere alternatif olarak bakteriyel virülansı hedefleyen ilaç moleküllerinin belirlenmesi kaçınılmazdır. Bu 'Antivirülans terapileri' insanlarda enfeksiyona neden olan patojenleri öldürmek yerine patojenleri saldırı silahlarından arındırırlar. Bu tez çalışmasında, P. aeruginosa ve N. meningitidis mikroorganizmaları için tip 4 pili'nin (T4P) uzama ATPazının inhibisyonu hedeflenmiştir. Hedef mikroorganizmalar, Dünya Sağlık Örgütünün, risk faktörü yüksek olan bakteriler listesinden, ilgili antibiyotiklerin geliştirilme aciliyetine göre seçilmiştir. Tez kapsamında piperidin içeren doğal ürünlerin inhibitör olarak kullanımına odaklanılmış olup, P. aeruginosa'nın PilB ve N. meningitidis'in PilF ATPaz proteinleri ayrıntılı olarak incelenmiştir. Hedef yapıdaki olası bağlanma bölgeleri, protein yüzeyindeki ligand bağlanma bölgelerini tanımlayan MetaPocket 2.0 sunucusu tarafından belirlenmiştir. İncelenen çalışmalarda bu enzimlerde ADP molekülünün bağlandığı bölgelerin T4P inhibisyon mekanizmasında önemli rol oynadığı görülmüştür, bu bölge ligand bağlanma bölgesi seçilmiştir. En çok doğal ürün içeren COlleCtion of Open Natural prodUcTs (COCONUT) kütüphanesi ilaç adayları için veri tabanı olarak seçilmiş, FAF-Drugs4 programı kullanılarak da filtrelenmiştir. Son olarak uzama ATPazların işlevlerini inhibe eden doğal ürünleri belirlemek için sanal tarama ve moleküler yerleştirme yöntemleri uygulanmıştır. Her iki reseptör için bağlanma enerjileri -9.0kcal/mol'den düşük olan ligandlar, potansiyel inhibitörler olarak kabul edilmiştir. Seçilen ligandların biyoloji aktivite tahminleri PASS sunucusu ile yapılmıştır. Ligandların yapısal benzerlikleri, biyolojik aktivitelerdeki tutarlılık ve bağlanmada yer alan rezidüların benerlikleri T4P proteinlerinin inhibisyonu hakkında önemli bilgiler sağlamıştır. Bu çalışmanın sonunda P. aeruginosa ve N. Meningitidis'e yönelik bakteri enfeksiyonlarında antivirülans hedefi olarak değerlendirilebilecek moleküller belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

The rapidly increasing resistance to available antibiotics and the reduced rate in new antibiotic discovery leads to alternative therapeutic approaches. An attractive strategy is to identify molecules that target bacterial virulence as an alternative to traditional antibiotics with low efficacies. Anti-virulence therapies cleanse the pathogens from their weapons instead of killing the pathogens that cause infections. This thesis work investigates the inhibition of the assembly ATPase of type 4 pili's (T4P) in P. aeruginosa and N. meningitidis. These microorganisms are among the World Health Organization's list of pathogenic bacteria for which there is urgency to develop new antibiotics. Based on the finding that the selected target in N. meningitidis is inhibited by a compound contining the natural product piperidin in its structure, in this thesis piperidine-including natural products were screened for their inhibition. To this end, PilB protein of P. aeruginosa and PilF protein of N. meningitidis were studied in detail. The binding regions in the target structures were determined by MetaPocket 2.0. Previous studies reported the importance of the ADP binding regions in the inhibition of T4P. Based on this information, the ligand binding regions were selected. Computational drug library was retrieved from COlleCtion of Open Natural prodUcTs (COCONUT), and FAF-Drugs4 was used for filtration. Finally, in order to select natural products that inhibit the assembly ATPase, virtual library screening was performed. Ligands with binding energies better than -9.0 kcal/mol for both structures were accepted as potential inhibitors. Biological activity estimations of the selected ligands were performed by PASS server. The structural similarity of these ligands, the consistency of their biological activity, and the common residues in their binding regions provide valuable information for the inhibition of T4P proteins. In this work, molecules that can be considered as antivirulence targets in bacterial infections of P. aeruginosa and N. meningitidis were determined.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    839969

    CuxBiyTez nanofilmlerin elektrokimyasal potansiyel altı kodepozisyon metodu ile sentezi, karakterizasyonu ve potansiyel güneş pili uygulamasının araştırılması

    Synthesis of CuxBiyTez nanofilms via electrochemical codeposition method, characterization and investigation of potential solar cell application

    MURAT BUĞRA KARAKUZU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    KimyaHacettepe Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLÇİN BOLAT TOPÇU

  2. Tez No

    642555

    Transkateter aort kapak replasmanı yapılan hastalarda kantitatif aort kapak kalsifikasyonu derecesi ve lokalizasyonu ile işlem sonrası yeni gelişen kalıcı sol dal bloğu ilişkisinin incelenmesi

    Investigation of the relationship between the degree and localization of quantitative aortic valve calcification and newly developing permanent left bundle branch block after the procedure in patients who underwent transcatheter aortic valve replacement

    SEVİL TUĞRUL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    KardiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Kardiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERTUĞRUL OKUYAN

  3. Tez No

    268453

    Investigation of electrical and optical properties of Ag-In-Se based devices

    Ag-In-Se tabanlı aygıtların elektiriksel ve optik özelliklerinin tespit edilmesi

    MURAT KALELİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Fizik Bölümü

    PROF. DR. MEHMET PARLAK

  4. Tez No

    153498

    Investigation of InSe thin film based deviges

    İnSe ince film tabanlı aygıtların incelenmesi

    KORAY YILMAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET PARLAK

    PROF. DR. ÇİĞDEM ERÇELEBİ

  5. Tez No

    320650

    Exergetıc based multı-objectıve optımızatıon of selected fuel cell systems

    Seçilen yakit pili sistemlerinin ekserji tabanli çok amaçli optimizasyonu

    SUHA ORÇUN MERT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Kimya MühendisliğiEge Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ZEHRA ÖZÇELİK

Geri Dön