COMPARATIVE POPULATION GENETIC ANALYSIS OF Monilinia PATHOGENS CAUSING BROWN ROT OF PEACH BY SIMPLE SEQUENCE REPEAT LOCI
BASİT DİZİ TEKRAR LOKUSLARI İLE ŞEFTALİDE KAHVERENGİ ÇÜRÜKLÜĞE SEBEP OLAN Monilinia PATOJENLERİNİN KIYASLAMALI POPULASYON GENETİK ANALİZLERİ
- Tez No: 611001
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HİLAL ÖZKILINÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomoleküler Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Monilinia türleri şeftali başta olmak üzere sert çekirdekli meyvelerde kahverengi çürüklük ve mumyalaşma etmeni olarak dünyada önemli bir sorun teşkil etmektedir. Ülkemizde de, özellikle şeftali üretimi ile öne çıkan Çanakkale yöresinde ciddi bir sorun olarak son yıllarda fark edilmiştir. Meyve üretimini ve kalitesini olumsuz bir şekilde etkileyen bu patojen, hasat sonrasında gerçekleştirilen depolama ya da nakliyat aşamalarında da çeşitli sert ve yumuşak çekirdekli meyveler üzerinde gelişip semptomlara yol açabilmektedir. M. fructicola başta olmak üzere M. fructigena ve M. laxa bu hastalığın etmeni olarak öne çıkan patojen türlerdir. Dünyanın farklı yerlerinde Monilina patojenlerinin moleküler seviyede tanımlanması, filogenisi ve populasyon genetik yapıları üzerine araştırmalar rapor edilmiştir. Genomdaki kısa tekrar dizileri; özellikle yakın dönem evrimi ve popülasyon genetik yapılarının belirlenmesi ve kıyaslamalı popülasyon genetik analizleri için sıklıkla kullanılmaktadır. M. fructicola için çeşitli kısa tekrar dizilerine ait lokuslar belirlenmiş ve bu markörlar kullanılarak Amerika Birleşik Devletleri ve İsviçre'de de gözlemlenen bu patojene ait popülasyon yapıları hakkında veriler sunulmuştur. Ülkemizde bu patojen türünün moleküler tanımlaması ve filogenileri üzerine çalışmalar başlatılmış olmakla beraber bu markörler ile popülasyon genetik yapılarının belirlenmesine yönelik bir çalışma mevcut değildir. Bu tez çalışmasında Bursa, Çanakkale ve İzmir'deki şeftali bahçelerinden elde edilmiş izolat koleksiyonundan seçilen örnekler üzerinde, bazı mikrosatellit lokusları hedef alan markörler ile lokal düzeyde popülasyon genetik yapıları araştırılmıştır. Ayrıca, Amerika Birleşik Devletleri ve İtalya'dan örnekler de kıyaslamalı popülasyon genetik analizleri için kullanılmıştır. Seçilen mikrosatellit lokuslarını hedef alan floresan işaretli markörler ile patojen izolatların genotipleri çıkarılmıştır. Patojen popülasyon genetik yapılarının aydınlatılması, hastalıkla mücadelede çok yönlü stratejiler geliştirilmesine yardımcı olma potansiyeli taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
Monilinia species cause a major worldwide problem on stone fruits, mainly on peach, as a causal agent for brown rot disease and mummification. In recent years, Monilinia has been determined as a serious problem in Turkey, particularly in Çanakkale, which plays a notable role in peach production. This pathogen negatively affects fruit production and quality. The pathogen may grow on fruits during post-harvest storage and transportation and cause symptoms on some stone and pome fruits. Monilinia fructicola, M. fructigena and M. laxa are prominent pathogenic species of brown rot disease. Various studies on the molecular identification, phylogenies, and population genetic analysis of Monilinia pathogens have been reported by researchers from different countries. The simple sequence repeats in genome are frequently used to determinate relatively recent evolutionary changes and population genetic structures and for comparative population genetic analysis. Several simple sequence repeat loci have been characterized for M. fructicola and data about population genetic structures of the pathogen have been presented in the United States and Switzerland. Although some studies on molecular species identification and phylogenies of these pathogens have been initiated in our country, there are no other reports or studies to determine the genetic structures of these populations based on these markers. In this thesis study, samples were chosen from the collection including isolates from peach orchards in Bursa, Çanakkale and İzmir were used to explore local population genetic structure using some sequence tagged microsatellite sites markers. Moreover, samples from U.S.A. and Italy were included for comparative population genetic analysis. The isolates were genotyped for some selected microsatellite loci by using fluorescent-labeled primers. The identification of the genetic structures of pathogen populations is potentially promising for the development of versatile strategies to manage the disease.
Benzer Tezler
- The allele and haplotype analysis of Y-STR loci on human population of Turkey
Türkiye insan popülasyonunda 17 Y-STR lokusu için allel ve haplotip analizi
KUAYBE YÜCEBİLGİLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
GenetikFatih ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. M. FATİH ABASIYANIK
- Dishormonogenezli konjenital hipotirodi hastalarında yeni nesil dizi analizi ile genetik etiyoloji değerlendirilmesi
Evaluation of genetic etiology with a new generation sequence analysis in congenital hypothrody patients with dishormonogenesis
ÜMRAN POTA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıPamukkale ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELDA AYÇA ALTINCIK
PROF. DR. GÖKHAN OZAN ÇETİN
- Ancient dna isolation and mitochondrial dna analysis of human samples from Çemi̇alo Sırtı, Batman in Southeast Anatolia
Güneydoğu Anadolu'daki Batman, Çemialo Sırtı kazı yerinden çıkarılmış insan örneklerinden antik dna izolasyonu ve mitokondriyal dna analizi
REYHAN YAKA
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- GT yöntemlerinin sınıflandırması, performans ölçütleri, üretimle ilgili verileri kullanan yeni yöntemlere örnekler ve genetik algoritmalar
Taxonomy of GT methods, performance measures,some new GT methods that is able to incorporate pertinent manufacturing data and genetic algorithms
HATİCE DERİCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. M. BÜLENT DURMUŞOĞLU
- Salmonella enterica türlerinin CRISPR interference (CRISPRi) sisteminin yapısal analizi
Structural analysis of CRISPR interference (CRISPRi) system of Salmonella enterica species
NAZENİN EFTEKHARİ