Detection of Fusarium oxysporum F. sp. ciceris from chickpea with rt-pcr
Fusarium oxysporum f. sp. ciceris'İN NOHUTTA RT-PCR İLE BELİRLENMESİ
- Tez No: 579753
- Danışmanlar: PROF. DR. CANAN CAN, DR. FEYZA NUR KAFADAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Nohut, yemeklik baklagiller arasında oldukça önemli bir yere sahiptir ve Fusarium oxysporum f. sp. ciceris patojeninin neden olduğu Fusarium solgunluk hastalığı da bu nedenle büyük önem taşımaktadır. Bu ve benzeri birçok nedenlerden ötürü yıllık büyük kayıplar meydana gelmekte ve bu kayıpları önleme çalışmaları halen devam etmektedir. Bu çalışmanın amacı, spesifik primerler kullanılarak Gerçek Zamanlı-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) ile infekteli nohut bitkilerinde hastalığa neden olan F. oxysporum f. sp. ciceris etmeninin kantitatif olarak belirlenmesidir. Aynı zamanda, ilk günlerde infekte bitkilerin hastalıklı dokularında görülmeyen hastalığın tespiti, hastalık ve konuk arasındaki ilişkiyi aydınlatacaktır. Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) tekniği kullanılarak yapılan bu çalışmada, nohutun hastalığa duyarlı ILC 482 çeşidi solgunluk ve sararma formlarının her ikisi ile de infekte edilmiş ve daha sonra taze bitki örnekleri toplanarak toplam mRNA izolasyonunda kullanılmıştır. Toplam mRNA, cDNA'lara dönüştürülmüş ve RT-PCR çalışmalarında tahlil edilmiştir. Tahliller özel olarak tasarlanmış primer setleri kullanılarak SYBR Green Master Mix içerisinde gerçekleştirilmiştir. Misel kültürlerden elde edilen cDNA'lar, standart eğrileri oluşturmak için RT-PCR testinde pozitif kontrol olarak kullanılmıştır. Hastalık bu metod ile ilk günden itibaren gözlemlenmiş ve sonuçlar her iki primer seti için de istatistiki olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). J5 primer seti H3'e göre daha iyi bir tanımlama sağlamıştır. Bu veriler birlikte ele alındığında, ribozomal (J5) ve histon (H3) gen bölgeleri hastalıkla ilişkilendirilmiş ve nohut Fusarium solgunluğunun tanımlanmasında kullanışlı birer markır oldukları qRT-PCR çalışmaları ile belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Chickpea has an important place among food legumes and because of that Fusarium oxysporum f. sp. ciceris, causal agent of Fusarium wilt, is also possesses importance. Due to this and many other similar reasons, large losses occur annually and studies to prevent these losses are being continued. Aim of this study was quantitative determination of causal agent F. oxysporum f. sp. ciceris, in infected chickpeas via Real Time-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) using specific primers. At the same time, determination of the disease that is not observed in infected tissues on the first days, this method would elucidate the host-pathogen relationship. For the study carried out with quantitative polymerase chain reaction (qPCR) method, ILC482 chickpea cultivar susceptible to the disease, was infected with both disease forms, wilting and yellowing and then fresh infected plant samples were collected for further utilization in total RNA isolation. Total mRNA were converted to cDNAs and were assayed in RT-PCR studies. Assays were performed in SYBR Green Master Mix using specially designed primer sets. cDNA obtained from mycelial culture was used as a positive control in RT-PCR assay to create standard curves. The disease was observed with this method from the first day and the results were statistically significant for both sets of primers (p<0.05). The J5 primer set provided a better identification than H3. Taken together, these data suggest that ribosomal (J5) and histone (H3) gene regions have correlation with the disease and both regions were determined as a useful markers for identification of chickpea Fusarium wilt through by qRT-PCR studies.
Benzer Tezler
- Bezelye üretim alanlarında fusarium solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp. pisi)'nun yaygınlığı, ırklarının tespiti ve bazı bezelye genotiplerinin reaksiyonlarının belirlenmesi
Prevalence of fusarium wilt (Fusarium oxysporum f.sp. pisi) in pea fields, race detection and reactions of some pea genotypes
MEHMET AKİF GÜLTEKİN
Doktora
Türkçe
2023
ZiraatTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAY ÖZER
- Fusarium oxysporum F.SP. melonis ırklarının daf metoduyla belirlenmesi
Başlık çevirisi yok
KADER YAĞIZ
- Güneydoğu Anadolu bölgesinde mercimekte kök çürüklüğü ve solgunluk etmeni bazı Fusarium türlerinin patojenik ve moleküler karakterizasyonu ile çeşit reaksiyonlarının belirlenmesi
Pathogenic and molecular characterization of some Fusarium spp. causing root rot and wilt on lentil with determination of variety reactions in Souteastern Anatolia
ENDER ÖĞÜT
- Kuru üzümde okratoksin A ve fumonisin B2 varlığının incelenmesi
Determination of ochratoxin A and fumonisin B2 in dried vine fruits
ZEYNEP ASLANOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP DİLEK HEPERKAN
- Malatya ve çevresi kayısı üretim alanlarında toprak kökenli fungal etmenlerin saptanması
Identification and detection of soilborne fungal agents of apricot grown in Malatya and ıts districts
MUHARREM SELÇUK
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
ZiraatYüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. SEMRA DEMİR