Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Molecular modeling of sequences and structures of proteins and nucleic acids involved in respiratory diseases
- Tez No: 577392
- Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Biyofilmler, Dizi analizi, Nükleik asit, Proteinler, Quorum sensing, Solunum yolları hastalıkları, Biofilms, Sequence analysis, Nucleic acids, Proteins, Quorum sensing, Respiratory tract diseases
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Sağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi Bu tezde, solunum hastalıklarında rol oynayan seçilmiş 7 mikroorganizmanın biyofilm oluşumunda önemli bir mekanizma olan Çevreyi Algılama Sistemi (Quorum Sensing) 'de görevli protein ve nükleik asitleri, moleküler modelleme ve dizi karşılaştırma yolu ile incelenmiştir. Proteinlerin amino asit ve nükleik asit dizileri https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ve https://www.uniprot.org/ veri tabanlarından alınmıştır. MEGA 7. 0. 26 programında ortak nükleik ve amino asit dizilerinin bulunması için dizi hizalama (alignment) yapılmıştır. PyCharm Community Edition 2018.3.4 programında oluşturulan algoritma ile bu dizilerin benzerlik yüzdeleri hesaplanmıştır. https://swissmodel.expasy.org/ veri tabanında bu proteinlerin 3 boyutlu yapıları oluşturulmuş ve UCSF Chimera 1. 13. 1 (University of California, 2000) programında bu modeller karşılaştırılmış ve ortak yapılar bulunmuştur. Fiziksel ve kimyasal özelliklerin incelenmesi amacıyla https://web.expasy.org/protparam/ veri tabanı kullanılmıştır. Sonuçta ise ortak diziler ve yapılar elde edilmiştir. Bu sonuçların biyofilm oluşumunu önleyici çözümler üretilmesine önemli katkılar sağlayabileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler; Moleküler modelleme; Quorum Sensing; Solunum yolu hastalıkları; Biyofilm
Özet (Çeviri)
Molecular modeling of sequences and structures of proteins and nucleic acids involved in respiratory diseases In this thesis, protein and nucleic acids in Quorum Sensing which is an important mechanism in biofilm formation of 7 selected microorganisms in respiratory diseases are examined by molecular modeling and sequence comparison. The amino acid and nucleic acid sequences of the proteins were taken from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ and https://www.uniprot.org/ databases. Alignment was performed to find common nucleic acid and amino acid sequences in MEGA 7. 0. 26 program. With the algorithm created in PyCharm Community Edition 2018.3.4, the similarity percentages of these sequences were calculated. In the https://swissmodel.expasy.org/ database, 3-dimensional structures of these proteins were created and these models were compared and common structures were found in UCSF Chimera 1.13.1 (University of California, 2000) program. The https://web.expasy.org/protparam/database was used to examine the physical and chemical properties. As a result, common sequences and structures were obtained. It is thought that these results can contribute to the production of biofilm formation prevention solutions. Keywords; Molecular modeling; Quorum Sensing; Respiratory diseases; Biofilm.
Benzer Tezler
- Alerjik rinitli çocuklarda kanda ve burun sıvısında IL-35 seviyelerinnin incelenmesi
Study of IL-35 levels in blood and nasal fluid in children with allergic rhinitis
ŞİRİN SÖNMEZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıBezm-İ Alem Vakıf ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA ATİLLA NURSOY
- Solunum yolu allerjilerinde aeroallerjenlere karşı duyarlığın araştırılması
Başlık çevirisi yok
FÜSUN ERDENEN
- Akut bronşiyolit vakalarında serum eser element (Çinko, Demir, Bakır) düzeyleri
Serum trace element (zinc, iron, copper) levels in acute bronchiolitis cases
ÖZNUR GÖKÇE TAYLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıBezm-İ Alem Vakıf ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. UFUK ERENBERK
- Farelerde in vitro embriyo kültürü ve embriyo transferinin fötal trakeya dokusunda bazal hücrelerin sayısı üzerine etkisi
Effect of in vitro mouse embryo culture and embryo transfer on the number of basal cells in fetal trachea
GÖKSEL DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Histoloji ve EmbriyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiVeterinerlik Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. LEVENT KARAGENÇ
- Differential expression of proteins in active and inactive phases of Behçet's syndrome
Behçet sendromunun aktif ve inaktif fazlarında farklı protein ekspresyonları
KIYMET ASLI KİREÇTEPE AYDIN
Doktora
İngilizce
2019
Tıbbi Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI