Türk fasulye genetik kaynaklarında bazı agronomik özellikler için genomik bölgelerin genom çapı ilişkili çalışmalar (GWAS) ile tanımlanması
Identification of genomic regions for various agronomic traits in turkish common bean germplasm with genome wide association studies (GWAS)
- Tez No: 574491
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FAHEEM SHAHZAD BALOCH
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Biyoçeşitlilik, Fasulye, Biodiversity, Bean
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Genom çapı ilişkilendirme çalışmaları (GWAS), arzu edilen birçok özelliğin markörler ile olan ilişkisini belirlemek için kullanılan güçlü bir araçtır. Bu çalışma da, Türkiye'nin 19 ilinden toplanan yerel fasulye (Phaseolus vulgaris L.) koleksiyonunda agronomik özellikler bakımından varyasyonlar ortaya konulmuştur. Çalışmada, DArTseq ve SNP markör tekniği kullanılarak GWAS analizi yapılmıştır. Markör ve fenotip ilişkisini ortaya koyabilmek için, Doğrusal Karma Model (weighting Method for a Linear Mixed Model (WMLM) yaklaşımında ağırlıklama metodu kullanılmıştır. Çalışılan 16 özellik içerisinde, SNP markör tekniğinde 14 özellik için ilişki tespit edilirken, DArTseq markör tekniğinde ise 11 özellik ile ilişki tespit edilmiştir. Bu çalışmanın, fasulyede bazı agronomik özellikler ile markörler arasında ilişkinin saptandığı ilk çalışma olduğu iddia edilebilir. Bazı SNP markörlerinin pleitropik etki nedeniyle aynı anda farklı özellikler ile ilişki gösterdiği tespit edilmiş olup bu markörler fasulye ıslahında etkili bir biçimde kullanılabilecektir. Beş çevrede üstün performans gösteren toplam 12 fasulye genotipi belirlenmiştir. Bu iki markör fasulye tanesinde besinsel değeri arttırmak için kullanılarak insanlığın yetersiz beslenme sorununun ortadan kaldırılmasına katkı sağlayabilir. Bu tanımlanan markörlerin doğruluğu, çok lokasyonlu yada çok yıllık denemeler yoluyla belirlenebilir. Doğrulukları test edildikten sonra daha güvenilir ve daha verimli bir şekilde fasulye ıslahı için bu markörler KASP sistemine dönüştürülebilir.
Özet (Çeviri)
A genome-wide association study (GWAS) is a powerful tool for the identification of markers associated with various desirable traits. In this study, we uncovered the genetic basis underlying the variations for agronomic traits present in common bean (Phaseolus vulgaris L.) collected from 19 provinces of Turkey. GWAS analysis was performed by using DArTseq and SNP markers systems. Weighting Method for a Linear Mixed Model (WMLM) approach was employed to investigate the marker-trait association. Among the 16 studied traits, SNP markers reflected marker-trait association for 14 traits, while DArTseq markers resulted for 11 traits. This is very first study claiming the marker traits association for various agronomic traits. Some SNP markers showed multi traits associations due to pleiotropic effect and these markers can be effectively utilized for the common bean breeding perspectives. A total of 12 landraces has been selected on the basis of their superior performance in five different environments. Identified linked markers must be validated under multi-location/year experiments and after their validation, these markers could be converted into KASP assay in the near future for the more precise and productive common bean breeding activities.
Benzer Tezler
- Fasulye bitkisinde (Phaseolus vulgaris L.) partikül bombardımanı (biyolistik) yöntemiyle gen aktarımının optimizasyonu
Optimization of regeneration and transformation conditions for common bean (Phaseolus vulgaris)
MUSTAFA ÇEVRİM
- Samsun ili nebyan fasulyesi (Phaseolus vulgaris var. communis) populasyonlarının ıslahı
The breeding of nebyan bean (Phaseolus vulgaris var. communis) populations in Samsun province
SÜNDÜS FİLİZ SAĞLAM
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET BALKAYA
- Türk mutfağında tavuk etinin değerlendirilmesi üzerine araştırmalar
Researches on the evaluation of chicken meat in Turkish kitchen
SEMAHAT ALTUHUL
Doktora
Türkçe
2001
Besin Hijyeni ve TeknolojisiSelçuk ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. O. CENAP TEKİNŞEN
- Analysis of nutritional values of selected traditional foods from popular cookbooks between 1950–2017: Case is olive oil dishes
1950-2017 arası popüler yemek kitaplarından seçilmiş geleneksel yiyeceklerin besinsel değerlerinin analizi: Zeytinyağlı yemeklerde durum
AYBÜKE SARIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Beslenme ve DiyetetikYeditepe ÜniversitesiBeslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEHRA SİBEL ÖZİLGEN
- Güneydoğu Anadolu bölgesindeki organik nohut depo zararlısı Callosobruchus maculatus'un yüskek basınçta karbondioksit ile eliminasyonu
Elimination of Callosobruchus maculatus (f.), storage pests of organic chickpeas, in Southeast region of Turkey by using high presurized carbon dioxide
FARUK KUTBAY
Doktora
Türkçe
2011
BiyoteknolojiGaziantep ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. M. İSMAİL VAROL