HIV-1 ters transkriptaz ve integraz enzimleri için ikili inhibitör tasarımı: Docking çalışması
Dual inhibitor design for HIV-1 reverse transcriptase and integrase: A docking study
- Tez No: 573121
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SELAMİ ERCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Batman Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Retrovirüslerin lentivürüs ailesi üyesi olan HIV-1 AIDS hastalığının etken virüsüdür. Virüs dünya çapında yaygın olup insan bağışıklık sistemini baskılayarak vücudu enfeksiyonlara karşı savunmasız bırakır. HIV-1 Ters Transkriptaz (Revers Transcriptase;RT) ve İntegraz (Integrase;IN) virüs yaşam döngüsünün önemli işlevlerini yerine getiren iki enzimdir. AIDS tedavisinde son yıllarda birden fazla hedefi inhibe eden ilaçların tasarımı üzerinde çalışılmaya başlanmıştır. Bu bakımdan, RT ve IN dual inhibitör geliştirilmesi bakımından uygun iki enzimdir. Bu çalışmada tasarlanan 858 ligand filtrelenerek ilaç olma özelliği olan 426 ligand Autodock4 programı ile bir RT kristal yapısı olan 4g1q.pdb ve tam uzunluktaki HIV-1 IN kristal yapısı bulunmadığından katalitik bölge açısından aynı özellikleri taşıyan Prototype Foamy Virus IN kristal yapısı 3oya.pdb aktif bölgelerine yerleştirildi. Yerleştirme sonucunda B099 ligandı -12.63 kcal/mol'lük skor ile RT enzimine ve B249 ligandı -19.83 kcal/mol'lük skor ile IN enzimine en iyi bağlanan ligandlar olarak belirlendi. B051, B053, B099, B103, B107, B205, B206, B211, B213, B223, B231,B241, B242, B249, B250, B251, B253, B254, B308, B324, B352 ve B353 ligandlarının her iki enzim için iyi yerleşme skorları verdiği gözlendi. Sonuç olarak dual inhibitör adayı olan yeni ligandların tasarımı gerçekleştirildi.
Özet (Çeviri)
HIV-1, a member of Retroviruses' Lentivirus family, is the causative agent of AIDS. The virus is common throughout the world and leaves the body vulnerable to infections by suppressing the human immune system. Reverse Transcriptase (RT) and Integrase (IN) are two HIV-1 enzymes which perform important virus life cycle functions. It has been started to design new drug design that inhibit multiple targets for treatment of AIDS in recent years. In respect to this, RT and IN are two enzymes suitable for the development of dual inhibitors. 426 ligands which are filtered by druggability properties from 858 ligands were docked to crystal structure of 4g1q.pdb and since there was no full-lenght structure of HIV-1 IN same ligands were docked to Prototype Foamy Virus (PFV) IN structure 3oya.pdb, which have same properties as HIV-1 IN catalyctic region by Autodock4 program. From the docking results B099 ligand was determined to be the best binding ligand to RT ezyme with a binding score of -12.63 kcal/mol and B249 was the best ligand to IN enzyme with a score of -19.83 kcal/mol. B051, B053, B099, B103, B107, B205, B206, B211, B213, B223, B231,B241, B242, B249, B250, B251, B253, B254, B308, B324, B352 and B353 were found to give good docking scores for both enzymes. As a result, the design of new ligands, which are dual inhibitor candidates, was realized.
Benzer Tezler
- Yeni tanı hıv hastalarında subtiplere ve immün belirteçlere göre direnç profili
Analysis of resistance profiles in relation to subtypes and immune markers in newly diagnosed hiv patients
ÖZNUR GÜNEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET EMİN BULUT
- Anadolu'da HIV-1 enfeksiyonunun moleküler epidemiyolojik analizi ve antiretroviral ilaç direnç profilinin incelenmesi
Molecular epidemiological analysis and investigation of antiretroviral drug resistance profile of HIV-1 infection in anatolia
ADEM ÖZDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET PINAR
- HIV-1 pozitif erişkin hastalarda virüs tiplendirmesi ve direnç belirlenmesi
Subtyping of the virus in HIV-1 positive adults and determining antiviral resistance
MUAMMER OSMAN KÖKSAL
Doktora
Türkçe
2014
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ AĞAÇFİDAN
- HIV-1 VIF-APOBEC3G eksen inhibitörünün karakterizasyonu ve DFT yöntemiyle moleküler modellenmesi
HIV-1 VIF-APOBEC3G axis inhibitor characterization and molecular modeling with dft method
MERVE ÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
KimyaNamık Kemal ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. YELDA YALÇIN GÜRKAN
- HIV pozitif hastalarda genotip tayini ve filogenetik analiz
Genotyping and phylogenetic analysis in HIV positive patients
ERDEM ŞAHİN
Doktora
Türkçe
2021
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLENDAM BOZDAYI