Improvement of holdase activity of a small heat shock protein from extremely acidophilic archaea
Aşırı derecede asidofilik arkeadan elde edilen küçük ısı şoku proteininin holdaz aktivitesinin geliştirilmesi
- Tez No: 548936
- Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK, PROF. DR. GÜZİN CANDAN GÜLTEKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Arkea, DNA mutasyon analizi, DNA restriksiyon enzimleri, Rekombinant DNA teknolojisi, Rekombinant protein üretimi, Archaea, DNA mutational analysis, DNA restriction enzymes, Recombinant DNA technology, Recombinant protein production
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, bilinen en asidofilik organizma olan arkeabakteri Picrophilus oshimae'nin moleküler bir küçük ısı şoku protein geni (po-sHSP20) ilk kez E.coli'de klonlanmış ve genin yüksek düzeyde anlatımı yapılmıştır. Yüksek ısıya dayanıklı olan rekombinant po-sHSP20 proteini, afinite kromotagrafisi ile homojen bir şekilde saflaştırılmıştır. po-sHSP20'nin Boyut Dışlama Kromatografisi ile yapılan oligomerik yapı analizi proteinin çoğunlukla 12-mer, 18-mer ve bazı dimerik/monomerik birimler halinde bulunduğunu göstermiştir. po-sHSP20'nin yüksek oranda korunmuş K99 grubu glutamik asit ve glisinle değiştirilmiştir. Mutant proteinlerin E.coli'de anlatımı başarıyla gerçekleşmiştir. po-sHSP20 varyantlarının şaperon aktiviteleri, domuz kalbi sitrat sentaz enzimi substrat olarak kullanılarak çalışılmıştır. K99E and K99G varyantları sitrat sentazın 47ºC'de ısı kaynaklı inaktivasyonunu yabanıl tipe göre daha iyi önlemişlerdir (sırasıyla, 2.3 ve 2 kat). Tüm şaperon varyantları sitrat sentazın ısı kaynaklı kümelenmesini, 1:7 ve 1:35 molar oranlarında önleyebilmiştir. po-sHSP20'nin 3 boyutlu model yapısının analizi, monomerin alfa kristalin bölgesi ile α-heliks N-terminal ve sarmal C-terminal bölgeleri bulunduğunu göstermiştir. Dimerleşme bir monomerin β6 ipliği ile diğer monomerin β2 ipliği arasındaki etkileşimle olmaktadır. Model yapı analizlerine göre, K99G and K99E mutasyonları sonucu K99 grubunun yer aldığı moleküller arası hidrojen bağı ile birlikte bazı molekül içi hidrojen ve hidrofobik bağlar kaybolmuştur.
Özet (Çeviri)
In this study, a small heat shock protein gene (po-sHSP20) of archaeon Picrophilus oshimae which is the most thermoacidophilic organism known, was cloned and overexpressed in E.coli for the first time. The recombinant po-sHSP20 protein that was resistant to high temperature was purified to homogeneity by affinity chromatography. Oligomeric structure analysis of the po-sHSP20 by Size Exclusion Chromatography showed that it exists mostly as 12- and 18-mer oligomers with some dimeric/monomeric units under physiological conditions. Highly conserved K99 residue of the po-sHSP20 was substituted by glutamic acid and glycine. Mutant proteins were successfully expressed in E.coli. Chaperone activities of the po-sHSP20 variants were studied by using pig heart citrate synthase as the client protein. The K99E and K99G variants better protected citrate synthase (2.3- and 2-fold, respectively) from heat inactivation at 47ºC, as compared to wild-type. All chaperone variants could prevent thermal aggregation of citrate synthase at a molar ratio of 1:7 and 1:35. The analysis of the 3D model structure of the po-sHSP20 showed that its monomer consists of an alpha crystallin domain flanked by an N-terminal α-helix and C-terminal coiled structure. Dimerization occurs via interactions of β6-strand of one monomer with β2-strand of other monomer. According to model structure analyses of K99G and K99E mutations resulted in loss of the intermolecular hydrogen bond, together with the some intramolecular hydrogen and hydrophobic bonds that K99 residue participates.
Benzer Tezler
- Improvement of the belt conveyor shifting operations in kislakoy/Elbistan lignite mine using the critical path method
Başlık çevirisi yok
DİNÇER KARA
Yüksek Lisans
İngilizce
1990
Makine MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMaden Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. NEŞ'E ÇELEBİ
- Improvement of mechanical properties of propylene and diethylene glycol based polyesters by acrylonitrile
Başlık çevirisi yok
ADNAN DENİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
1990
Kimya MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜNGÖR GÜNDÜZ
- Improvement of mechanical properties of poly (methyl methacrylate) by delayed and weak crosslinking
Başlık çevirisi yok
METİN KİRKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
1990
Kimya MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜNGÖR GÜNDÜZ
- Improvement of physical and mechanical properties of styrenated alkyd resins by acrylonitrile
Stirene alkidin fiziksel ve mekanik özelliklerinin akrilonitril ile arttırılması
FAHİMEH MIRMINACHİ