Biyomoleküllere yönelik moleküler damgalanmış polimerler için hesapsal yaklaşım
Computational approach for molecularly imprinted polymers for biomolecules
- Tez No: 535870
- Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Biyokimya, Biyoteknoloji, Science and Technology, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Biyopolimerler, Biopolymers
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Moleküler olarak damgalanmış polimerlerin (MIP'ler) hazırlanması zaman alıcıdır. MIP'lerin hazırlanma protokolleri, monomer seçimi, kalıp molekülü için uygun porojen, çapraz bağlayıcı ve stokiyometri oranını içerir. Hesapsal yöntemleri kullanmak, zaman ve maliyeti kısaltabilir. Hedef molekül ve monomerler için başlangıç yapıları oluşturmak için, Spartan 16'da konformasyonel dağılım uygulanmıştır. Kompleksler üzerinde çalışılmıştır. İlk geometriler, moleküler mekanik yöntemle konformasyonel dağılımla elde edildikten sonra, bu geometriler yarı ampirik yöntemlerle hesaplandı. Bir sonraki aşamada, kompleksler arasından enerji olarak en kararlı ve bazı daha az kararlı yapılar seçildi. Bu kompleksler için ayrıca Yoğunluk Foksiyoneli Teorisi (DFT) yöntemi kullanılarak daha yüksek seviyelerde hesaplamalar gerçekleştirildi. DFT çalışmalarında, bu yapılar Gaussian 09'da ωB97XD fonksiyoneli ve 6-311++G(d,p) baz seti ile hesaplanmıştır. MIP sisteminde solvent etkisini gözlemlemek için, hesaplamalarda Polarizable Continuum Model (PCM) kullanılmıştır. Ayrıca çapraz bağlayıcı moleküllerin pre-polimerizasyon kompleksine etkileri incelendi. Hidrojen bağları, moleküler olarak basılmış polimerlerin oluşumu ve stabilitesi için önemlidir. Hidrojen bağı etkileşiminden zayıf etkileşimler de moleküler tanımada etkilidir. Bu çalışmada bu etkileşimler ve MIP üzerindeki etkileri incelendi.
Özet (Çeviri)
Although it is relatively simple to prepare molecularly imprinted polymers (MIPs), it may be time consuming. Preparation protocols of MIPs include selection of monomer(s), proper porogen and crosslinker for template molecule, and relative stoichiometry ratio. Using computational methods may decrease required time and cost. To generate input structures for the target molecule and the monomers, conformational distribution in Spartan 16 was used. The complexes were studied in several ratios. After initial geometries were obtained from conformational distribution by molecular mechanics method, these geometries were calculated by semiempirical methods. In the next stage, selected complexes were used including the most stable ones and some others for further investigation. These complexes are also calculated using higher levels of theory with Density Functional Theory (DFT) method. In DFT studies, these structures were calculated with ωB97XD functional in combination with 6-311++G(d,p) basis set as implemented in Gaussian 09. For observing solvent effect on MIP systems, Polarizable Continuum Model (PCM) was used in calculations. Moreover, the effects of cross-linking molecules on the pre-polymerization complex were investigated. Hydrogen bonds are important for the formation and stability of molecularly imprinted polymers. Dispersion effects are also effective in molecular recognition. In this study, these interactions and their effects on MIP were investigated.
Benzer Tezler
- Synthesize and characterization of ZnSe based type I and type II heterostructure nanostructures
ZnSe tabanlı tür I ve tür II heteroyapı nanokristallerin sentezi ve karakterizasyonu
NEGAR GHESHLAGHI
Doktora
İngilizce
2017
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLMİ ÜNLÜ
- Hedefe yönelik kanser tedavisi için tek zincirli değişken fragman-anti mikrobiyal peptit füzyon proteininin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
Recombinant production and characterization of single-chain variable fragment-antimicrobial peptide fusion protein for targeted cancer therapy
SÜMEYYE ELİF ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMEL ORDU
- Multiple Myelom hastalarının idrarından elde edilen eksozomların prognostik olarak biyobelirteç rolünün araştırılması
Investigation of the prognostic biomarker role of exosomes isolated from urine of Multiple Myeloma patients
FATMA YAŞAR TAŞTAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
HematolojiMersin ÜniversitesiKök Hücre ve Rejeneratif Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. LEYLA BAHAR
- Application of short peptides for enhanced biomarker-based cancer detection
Biyomarker tabanlı kanser tanısı için peptitlerin kullanımı
ATİKE NUR ÇİMEN
Doktora
İngilizce
2025
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SİBEL ÇETİNEL MEMİŞ
DOÇ. DR. ÖZLEM KUTLU
- Recombinant expression and purification of aquaporins as membrane proteins from halophilic, thermophilic, and cold-adapted microorganisms
Halofilik, termofilik ve soğuk adaptasyonlu mikroorganizmalardan membran proteinleri olarak aquaporinlerin rekombinant ekspresyonu ve saflaştırılması
KADİRCAN CİVELEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. ÖĞR. ÜYESİ NACİYE ESRA ATEŞ GENCELİ