Geri Dön

Assessment of genetic diversity in Picea orientalis (L.) Link. in genetic resources by microsatellites

Mikrosatellit belirteçler yardımıyla Picea orientalis (L.) Link. gen kaynaklarında genetik çeşitliliğin belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 527353
  2. Yazar: ASLI ÖZDİLEK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA, YRD. DOÇ. DR. FATİH TEMEL
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Dünya üzerinde Picea cinsi belli başlı 40 türü kapsar ve bu türlerin biri olan doğu ladini (P.orientalis (L.) Link.) doğal olarak Türkiye'nin kuzeydoğusunda çoğunlukla Artvin ili çevresinde ve Gürcistan'ın Karadeniz Bölgesi'ne yakın sahil kesimlerinde yayılış gösterir. Türün sınırlı dağılımı ve genetik kaynaklarına karşı artış gösteren insan kaynaklı tehditler, iyi bir koruma stratejisinin geliştirilmesinin ve gen kaynaklarının idaresinin gerekliliğini ve tür içi genetik çeşitliliğin çalışılmasının önemini ortaya koymaktadır. Yapılan bu araştırma mikrosatellit belirteçleri kullanılarak P.orientalis' in genetik çeşitlilik analizlerinin geniş kapsamlı olarak yapıldığı ilk çalışmadır. Detaylandırmak gerekirse, sekiz farklı popülasyondan 277 birey coğrafi aralık boyunca örneklendi ve türlerin genetik çeşitlilik durum ve yapısını değerlendirmek için 15 SSRs (Basit Dizi Tekrarları) bölgesi çalışıldı. Doğu ladini popülasyonları temel genetik çeşitlilik ve popülasyon yapısı parametrelerine göre değerlendirildi. Bu popülasyonlar ayrıca toplanan örnek karakterlerine göre gruplandırıldı ve değerlendirildi. Mikrosatellit belirteçleri açısından bu çalışmada elde edilen tanımlayıcı istatistik sonuçlarına göre, polimorfik lokus sayısı 14 ve polimorfik lokus (PI) oranı ise % 93 olarak tespit edilmiştir. En fazla allel sayısı (25) ve en yüksek gözlenen heterozigotluk (0.92) SS17 lokusunda belirlenmiştir. Ayrıca en yüksek etkili allel (effective allele) sayısı 9.34 olarak SS15 lokusunda bulunmuştur. Doğu ladini popülasyonları arasında, en yüksek genetik çeşitlilik (Ho=0.580.07) C-Trabzon (Merkez Trabzon)' da ve en yüksek özgün allel (private allele=13) sayısı SE-Artvin populasyonunda görüldü. Dahası, faktöriyel benzerlik analizine (FCA) göre SEArtvin popülasyonu en farklı popülasyon olarak belirlendi. Diğer yandan, en düşük genetik çeşitlilik (Ho=0.450.04) Giresun' da ve en düşük özgün allel (2) CTrabzon' da gözlendi. Genetik yapı analizi sonuçları doğu ladin popülasyonlarının dört ana küme (K) halinde gruplandırılması gerektiğini ortaya koydu. Bunlar, Trabzon (Giresun, W-Trabzon, C-Trabzon, E-Trabzon), Artvin (S-Artvin, N-Artvin), C-Artvin ve SE-Artvin'dir. Bu konudaki tüm veriler göz önünüe alındığında coğrafik olarak yakın popülasyonların uzak popülasyonlara göre daha yüksek genetik benzerlik gösterdiği ortaya konmuştur. Fakat, tohum örnekleri ve iğne yaprak örnekleri genetik çeşitlilik parametreleri açısından karşılaştırıldığında coğrafik konum bağlamında belirgin bir fark ya da benzerlik gözlenmemiştir. Sonuç olarak, bu çalışma SSR belirteçleri ile değerlendirilen genetik çeşitlilik parametreleri ve doğu ladini popülasyonlarının genetik yapısını ilk kez ortaya koyan deneysel kanıtlar sunmaktadır. Özellikle, SE-Artvin ve C-Trabzon popülasyonlarının gelecekte genetik kaynaklarının koruma altına alınması tavsiye edilmektedir.

Özet (Çeviri)

Picea comprises about 40 species in the world. One of these species, oriental spruce (Picea orientalis (L.) Link.) is naturally distributed in northeastern Turkey, mostly in Artvin Province and in a part of Georgia close to the coast of the Black Sea region. The limited distribution of species and increased anthropogenic threats to its genetic resources signify the importance of studying genetic diversity of the species to have better conservation and management programs. Here, we report the first high throughput genetic diversity analysis of P.orientalis using microsatellite markers. In detail, 277 individuals of eight different populations were sampled throughout the geographic range and screened with 15 SSRs (Simple Sequence Repeats) loci to assess the genetic diversity patterns and structure of the species. Oriental spruce populations were evaluated according to the parameters of the basic genetic diversity and the structure. These populations were also grouped and evaluated according to the types of tissues used in the sampling. According to the descriptive statistic results obtained from the present study in terms of microsatellite markers, the number of polymorphic loci was found as 14 and the percentage of polymorphic loci (PI) was determined as 93%. The highest number of alleles and the highest observed heterozygosity were detected in SS17 locus as 25 and 0.92, respectively. Moreover, the highest effective number of alleles was found in SS15 locus (9.34). Among the populations of oriental spruce, the highest genetic diversity (Ho=0.580.07) was detected in C-Trabzon and the highest number of private alleles (13) was found in SE-Artvin population (Southeastern Artvin). Furthermore, SE-Artvin was genetically the most distant population based on the factorial correspondence analysis (FCA). On the other hand, the lowest genetic diversity (Ho=0.450.04) was estimated in Giresun and the lowest private alleles (2) were observed in C-Trabzon. The results of genetic structure analysis revealed that the populations of oriental spruce were grouped into four main clusters (K). These were Trabzon (Giresun, W-Trabzon, CTrabzon, E-Trabzon), Artvin (S-Artvin, N-Artvin), C-Artvin and SE-Artvin. Considering all the data related to this issue, our results comply with a general population genetic pattern where geographically close populations exhibited higher genetic similarity than geographically distant populations. However, comparing seed and needle samples in respect to geographical location, there was no remarkable differences or similarity in genetic diversity parameters. In conclusion, this study provided experimental evidence revealing the genetic diversity parameters evaluated by means of SSR markers and structure of oriental spruce populations for the first time. Specifically, SE-Artvin and C-Trabzon populations are recommended to be included in future conservation programs dealing with oriental spruce.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    357124

    Assessment of genetic diversity in yellow rust disease resistant wheat (Triticum aestivum L.) genepool and gene expression analyses

    Sarı pas hastalığına dayanıklı ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.) gen havuzunda genetik çeşitliliğin belirlenmesi ve gen anlatım analizleri

    TÜLİN TAŞCIOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU

    DR. ÖZGE KARAKAŞ METİN

  2. Tez No

    679558

    Assessment of genetic diversity based on agro-morphological traits and issr molecular markers in einkorn wheat (Triticum monococcum ssp. Monococcum) landraces populations from Turkey

    Türkiye'nin yerel einkorn buğday (Triticum monococcum ssp. Monococcum) populasyonlarında genetik çeşitliliğin argro-morfolojik özelliklere ve ISSR moleküler belirteçlerine dayalı olarak değerlendirilmesi

    SULIMAN HISAIN MOHAMED ZOMMITA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Eğitim ve ÖğretimBolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NUSRET ZENCİRCİ

  3. Tez No

    434812

    “Türkiye – Iğdır”ve İran –“Batı Azerbaycan”domates genotiplerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu

    Assessment of genetic diversity in tomato landraces of Turkey-Iğdır and Iran-West Azarbaijan using morphological and molecular markers

    MASHHID HENAREH ESHGEHSOU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    ZiraatAtatürk Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATİLLA DURSUN

    DOÇ. DR. BABAK ABDOLLAHI MANDOULAKANI

  4. Tez No

    567332

    Nadir ve dar yayılışlı Aethionema turcica H.Duman & Aytaç, Astragalus beypazaricus Podlech & Aytaç ve Campanula damboldtiana P.H.Davis & Sorger türlerinin ISSR tekniği ile genetik çeşitliliğinin koruma amaçlı belirlenmesi

    The assessment of genetic diversity of rare and narrowly distributed endemic species, Aethionema turcica H.Duman & Aytaç, Astragalus beypazaricus Podlech & Aytaç and Campanula damboldtiana P.H.Davis & Sorger by using ISSR fingerprinting in terms of conservation

    GÜL AYYILDIZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET EMRE YAPRAK

  5. Tez No

    607808

    Nadir ve daryayılışlı Scutellaria yildirimlii M. Çiçek & Yaprak, Sideritis gulendamii H.Duman & F.A. Karavelioğulları ve Salsola grandis Freitag, Vural & N. Adıgüzel Türlerinin ISSR tekniği ile genetik çeşitliliğinin koruma amaçlı belirlenmesi

    The assessment of genetic diversity of Three Rare and Narrowly Distributed Endemic specıes Scutellaria yildirimlii M. Çiçek & Yaprak, Sideritis gulendamii H. Duman & F. A. Karavelioğulları and Salsola grandis Freitag, Vural & N. Adıguzel by using ISSR fingerprinting in terms of conservation

    MERVE YILDIRIM

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    GenetikAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜL NİLHAN TUĞ

Geri Dön