Mitokondriyal sitopati öntanılı hastalarda MT-TL1 gen mutasyonlarının incelenmesi
Investigating MT-TL1 gene mutations in patients with suspected mitochondrial cytopathy
- Tez No: 509684
- Danışmanlar: PROF. DR. YUSUF ÇETİN KOCAEFE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: DNA, Genler, Mitokondrial hastalıklar, Mitokondriler, Mutasyon, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, DNA, Genes, Mitochondrial diseases, Mitochondria, Mutation, Polymerase chain reaction
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mitokondriyal DNA'nın tRNA ve rRNA genlerini içeren kısımlarında görülen nokta mutasyonları, mitokondriyal protein sentezi mekanizmasını olumsuz etkileyerek oksidatif fosforilasyon işlev bozukluklarına neden olur. Klinikte“Mitokondriyal Sitopatiler”olarak tanımlanan bu klinik tablonun önemli bir kısmını, mitokondriyal tRNALeu (UUR) (MT-TL1) geninde meydana gelen nokta mutasyonları oluşturmaktadır. MT-TL1 geninde görülen m.3243A>G mutasyonu MELAS hastalarının %80'ninde tanımlanmıştır. Ancak, aynı gende tanımlanmış olan m.3256C>T, m.3260 A>G, m.3271 T>C, m. 3291T>C ve m.3303 C>T nokta mutasyonları da mitokondriyal sitopatilerle ilişkilendirilmiştir. Bu tez çalışması kapsamında, MT-TL1 geninde belirlenmiş 6 nokta mutasyonunu taranmasına yönelik yenilikçi bir ARMS-PZT yaklaşımı standardize edilmiştir.“Yüksek çözünürlüklü erime eğrisi”(HRM) teknolojisinin kullanımı ile bu yaklaşımın tanımlayıcı hassasiyeti geliştirilmiştir. in vitro koşullarda PZT tabanlı mutagenez çalışmasıyla farklı oranlarda heteroplazmik mutasyon taşıyan rekombinant mtDNA standartları oluşturularak yöntemin sınırları ve hassasiyeti gösterilmiştir. Hacettepe Üniversitesi Nöroloji Anabilim Dalı ve Çocuk Hastanesi Nöroloji ünitesinde takip edilmiş ve mitokondriyal sitopati öntanısı almış 219 hastanın kan ve/veya doku örnekleri, geliştirilen yöntem ile taranmıştır. Tarama sonucunda iki hastanın m.3243 A>G mutasyonu, bir hastanın m.3290 T>C varyasyonu ve bir hastanın m.3303 C>T mutasyonu taşıdığı belirlenmiş, mutasyonlar DNA dizi analizi ile doğrulanmıştır. Bu yenilikçi yöntem, MT-TL1 nokta mutasyonlarının taranmasında ucuz, güvenilir ve hızlı bir alternatif sunmaktadır. Bu çalışma ve sonuçları, hastalarda nadir gözlenen diğer mtDNA varyasyonlarının da taranabilmesi için ileriye yönelik yeni ve teknolojik bir“kavram kanıtı”ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Point mutations in mitochondrial tRNA and rRNA genes cause oxidative phosphorylation defects by negatively affecting protein synthesis function. The majority of“mitochondrial cytopathies”are caused by point mutations in the tRNALeu (UUR) (MTTL1) gene. m.3243A>G mutation in the MT-TL1 gene is described in 80% of MELAS patients. However, other rare mutations such as m.3256 C>T, m.3260 A>G, m.3271 T>C, m. 3291 T>C and m.3303 C>T are also identified in the same gene and associated with mitochondrial cytopathies. Within the scope of this study, a novel ARMS-PCR assay has been standardized to screen for the six described point mutations in the MTTL1 gene. The descriptive sensitivity of this approach was aimed to be improved by combining it with HRM technology. Detection limits and the precision of this novel method is verified by using recombinant mtDNA standards carrying heteroplasmic mutations at different rates which is created by PCR-based mutagenesis. Peripheral blood or skeletal muscle tissue samples of 219 patients, prediagnosed as mitochondrial cytopathies at the Departments of Neurology and Child Neurology Units of Hacettepe University Hospitals were screened using the developed method. The results of the screening procedure revealed two patients to have m.3243 A> G mutation, one patient with m.3290 T> C variation, and one patient carrying m.3303 C>T mutation. These mutations were further confirmed by DNA sequence analysis. This novel ARMS-PCR assay study and its results provide a new and technological“proof of concept”for future screening of other rarely observed mtDNA variations in patients.
Benzer Tezler
- Mitokondriyal DNA mutasyonlarının işitme kaybı ile bağlantısının Türkiye populasyonunda incelenmesi
Mitochondrial DNA mutations and hearing loss in Turkish population
TÜRKER DUMAN
- Mitokondriyal genomun HV1 HV2 ileri değişken bölgelerinin adli amaçlı dizinlenmesi
Başlık çevirisi yok
GAVRİL PETRİDİS
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Adli Tıpİstanbul ÜniversitesiFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERSİ ARABACI KALFOĞLU
- Mitokondriyal mutantların bira fermantasyonu üzerine etkisi
The effect of mitochondrial mutants on beer fermentation
GÜLTEN YAĞMUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Gıda MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. HÜSEYİN ERTEN
- Mitokondriyal DNA değişimlerinin kanser ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of mitochondrial DNA changes in association to cancer
CENK ARAL
Doktora
Türkçe
2007
Tıbbi BiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AYŞE ÖZER
- Mitokondriyal hastalıklarda klinik ve histopatolojik korelasyon
Clinical and histopathological correlation in mitochondrial diseases
BURCU TAHİRE KÖKSAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DR. BERİL TALİM