Cevizde yeni SSR primerlerinin geliştirilmesi
Developing new SSR markers in walnut
- Tez No: 478715
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Ceviz, J. regia, SSR, mikrosatellit, Walnut, J. regia. SSR, microsatellite
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Cevizde referans genetik harita oluşturmak için çok sayıda basit dizi tekrarlarından (SSR) elde edilmiş polimorfik primerlere gereksinim vardır. Ancak literatürde yayımlanan SSR sayısı yeterli değildir. Bu nedenle, bu çalışmanın amacı, ileride cevizde genetik haritalama çalışmalarında kullanmak üzere yeni SSR primerleri geliştirmektir. Bu çalışma kapsamında gen bankasındaki Juglans regia'ya ait yapay bakteriyel kromozom dizilerindeki tekrar bölgelerden (BES-SSR) 200 adet SSR primer çifti dizayn edilmiştir. Tüm SSR primerleri 16 adet yerli ve yabancı ceviz çeşitlerinde hem bant üretme hem de polimorfizm bakımından analiz edilmiştir. Bunlardan 190 adet SSR primer çifti (%95) başarılı olarak amplifiye olmuş ve 92 adet primer çifti ise polimorfik bulunmuştur. Polimorfik 92 SSR primer çifti 2 ile 11 arasında, toplamda 324 ve lokus başına ortalama 3.6 adet allel üretmiştir. Polimorfizim bilgi içeriği (PBİ) değeri 0.11 ile 0.88 arasında değişmiş ve ortalama 0.46 olarak belirlenmiştir. Elde edilen soyağacı yerli ve yabancı ceviz çeşitlerini iki gruba ayırmıştır. Sonuç olarak, bu çalışmada kapsamında cevizde ileride genetik çalışmalarda kullanılmak üzere 92 adet yeni polimorfik SSR primer geliştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
It is necessary to have many polymorphic SSR (Simple Sequence Repeat) markers to construct a genetic linkage map in walnut. However, there are no adequate number of SSR markers in the literature. Therefore, the main objective of this study was to develop novel SSR markers for further genetic linkage mapping studies in walnut. For this purpose, a total of 200 SSR primer pairs were designed from bacterial artificial chromosome end sequences (BES-SSR) deposited in Genbank. All the SSR loci were tested for amplification and polymorphism in 16 local and foreign cultivars. A total of 190 (95%) SSR loci were amplified successfully and 92 were polymorphic. Polymorpphic loci produced 324 alleles ranging between 2 to 11 with an average of 3.6 alleles. primer pairs from J. regia were designed and 190 primers (95%) had successfully amplification patterns. Polymorphism information contents (PIC) varied from 0.06 to 0.87 with an average of 0.42. The dendrogram separated local and foreign walnut cultivars in two groups. In conclusion, 92 polymorphic SSR markers were developed in this study to use them in further genetic studies in walnut.
Benzer Tezler
- Antep fıstığı SSR lokuslarından yeni ISSR primerlerinin geliştirilmesi
Development of new ISSR primers from pistachio SSR loci
ÖZNUR KARADUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Developing and genetic mapping of simple sequence repeat (SSR) markers in walnut
Cevizde basit dizi tekrarları (SSR) ile primer geliştirme ve genetik haritalama
ADI SURYA IKHSAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Farklı yöre çeşitlerden derlenen cevizlerin teknolojik özelliklerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
HÜLYA AKBAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1993
Gıda MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiGıda Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMET ŞAHİN
- Ceviz ve kereviz ekstraktlarının antimikrobiyal etkisinin ın vitro ortamda incelenmesi
In vitro evaluation of antimicrobial effect of walnut and celery extracts
NERİMAN ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE FUNDA KARBANCIOĞLU GÜLER
- Ceviz kabuğundan polimer kompozit levha üretimi ve bazı teknolojik özelliklerinin belirlenmesi
Production of polymer composite board from walnut shell and improvements of its features
RAMAZAN YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Metalurji MühendisliğiGazi Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MUSA ATAR