Using plasmid reference materials for genetically modified organisms analysis and their verification with inter-laboratory comparison test
Gdo analiz yöntemlerinde plazmit referans malzeme kullanımı ve laboratuvarlar arası karşılaştırma testi ile doğrulanması
- Tez No: 457341
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE MERAL YÜCEL, DOÇ. DR. REMZİYE YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar (GDO) dünyanın birçok yerinde belirli yasalar çerçevesinde sınırlanmış ve kontrol altına alınmıştır. Çalışmada, GDO'nun belirlenmesi ve miktar tayini yapılması için plazmit referans materyal (PRM) kullanılarak analiz yöntemi geliştirilmiş ve laboratuvarlar arası karşılaştırma (LAK) testi ile PRM'lerin verifikasyonunun yapılmıştır. GDO analiz yöntemi geliştirmek amacıyla plazmit DNA'dan üretilmiş PRM'ler kullanılmıştır. Proje kapsamında dört adet PRM geliştirilmiş ve PRM'ler gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyon (Q- PCR) tekniği ve SYBR Green I metotlarıyla optimize edilmiştir. Ticari yönü yüksek tarım ürünleri olan mısır ve soya için birçok Genetik değişiklik uygulamaları söz konusudur. Endojen gen olarak mısırda ADH1 ve soyada Lektin seçilmiştir. Genetik değişiklik için mısırda BT11 çeşidi, soyada Roundup Ready çeşidi seçilmiş. Her bitki için ikişer URM'nin olması, analiz edilecek materyalin içindeki hedeflenen bitkinin miktarını ve içerdiği genetik değişiklik miktarını hesaplamak için kullanılmıştır. Proje genel hatlarıyla 3 basamaktan oluşmuştur. İlk basamakta PRM'ler için method geliştirilmiş ve geliştirilen metodun optimizasyonu sağlanmıştır. İkinci basamakta PRM'ler tek laboratuvar testi ile ölçüm belirsizliği belirlenmiştir. Üçüncü basamak olan LAK testi için PRM validasyon test setleri hazırlanmış ve bu setler çeşitli kamu ve özel gıda analiz laboratuvarlarına gönderilmiştir. Toplamda 10 farklı laboratuvarda analiz edilen sonuçlar toplanmış ve sonuçların istatistiksel hesapları yapılmıştır. PRM'ler yurtdışından yüksek maliyetle ithal edilen sertifikalı referans malzemelere eş değer olduğu anlaşılmaktadır. Bu çalışma Türkiye'de PRM'lerle düzenlenen ilk LAK çalışması olup, laboratuvarlar arası metot birliği ve standart sonuçların elde edilmesi konusunda karşılaşılan problemlerin çözülmesi için bir adım olmuştur.
Özet (Çeviri)
Genetically modified organisms (GMOs) have been strictly controlled with legislative regulation in many countries. In this study, plasmid reference materials (PRMs) for identification and quantification of GMOs had been developed and the verification of PRMs was done to be done with interlaboratory comparison test (ICT). PRMs made of plasmid DNA that were used for developing GMO analysis method. In this study, four PRMs were developed and their optimization was achieved with quantitative polymerase chain reaction (Q-PCR) and SYBR green I method. Commercially valuable maize and soybean are frequently subject to genetic modification (GM). ADH1 for maize and Lectin for soybean were chosen as an endogenous gene. Moreover, BT11 event in maize and RR event in soybean were chosen as genetic modification. Overall, there are two PRMs for each plant to determine amount of plant and quantify GM by GMO analysis. The study has 3 main steps. In the first step, development and optimization of special method for PRMs was achieved. PRMs were subjected to single laboratory test and measurement uncertainty as second step. Considering results, third step was done with ICT. PRM validation test sets were prepared and send to ten different public and private food analysis laboratories. PRMs were analyzed and results were calculated statistically. PRMs are equal to certified reference materials that are imported with high price from Europe. This is the first study of ICT with reference material in Turkey. In addition, methods union and standardization of result evaluation about GMO analysis was identified.
Benzer Tezler
- Development of reference materials for GMO detection
GDO tespiti amacıyla referans materyallerin geliştirilmesi
BATUHAN BİROL KESKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Viral vektör aracılıklı gen aktarımı yöntemi ı̇le farelerin kortikal nöronlarının görüntülenmesi
Imaging of mouse cortical neurons by viral vector mediated gene transferring
SANAZ RAGHIB
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
NörolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiSinir Bilimleri Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EMEL ULUPINAR
- Biomimetic approaches for the fabrication of hollow fiber nanofiltration membranes
Biyomimetik yaklaşımlarla içi boşluklu nanofiltrasyon membran üretimi
REYHAN ŞENGÜR TAŞDEMİR
Doktora
İngilizce
2018
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL KOYUNCU
- Tanımlanmış Lactobacillus plantarum suşlarının plazmit profilleri ve bunların bazı özelliklerinin belirlenmesi
Plasmid profiles of the identified strains of Lactobacillus plantarum and determination of their some properties
HİDAYET SAĞLAM
Doktora
Türkçe
2013
Gıda MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYNUR GÜL KARAHAN
DOÇ. DR. GÜLGÜN TINAZ
- Atasal ve muhtemel mutant bazı pseudomonas suşlarının poli-beta-hidroksibütirat (PHB) üretim yetenekleri ile plazmid DNA profillerinin incelenmesi
Study of poly-beta-hydroxybutyrate (PHB) and plasmid DNA profiles of some parent and possible mutant of pseudomonas strain
EBRU KAYIN