Study of the polymerization dynamics of ASC and its domains
ASC proteini ve bölgelerinin polimerizasyon dinamiklerinin incelenmesi
- Tez No: 453625
- Danışmanlar: PROF. DR. NESRİN ÖZÖREN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Apoptoz-ilişkili zerrecik-benzeri CARD içeren protein (ASC), 22 kDa büyüklü-ğünde, PYD ve CARD isimli korunulmuş iki ölüm bölgesi içeren bir proteindir. IL-1β ve IL-18 gibi enflamasyon destekleyici sitokinlerin salınımında aktif rol oynayan, enflamazom adı verilen çok moleküllü komplekste adaptör protein olarak görev alır. Ölüm bölgelerinin birbirinden farklı üç tip etkileşim ile yüksek mertebe komplekslerin oluşumuna ortam sağladığı bilinmektedir. Bu etkileşim tiplerinin önemi, ASC'ın“ASC zerresi”adı verilen, yüksek düzenli küresel bir yapı oluşturabilme yeteneğine bağlıdır. Bu yapıyı oluşturabilmesi için ASC molekülleri arasında PYD-PYD ve CARD-CARD homotipik etkileşimlere gerek olduğu çalışmalarla gösterilmiştir. Etkileşim yüzeylerin-deki rezidüler yanında PYD'ler arası homotipik etkileşimlerin önemi araştırma grubumuz tarafından rapor edilmiştir. Bu çalışmada, ilk olarak, mutant ve vahşi tip PYD çeşitlerinin oluşturdukları filaman yapıları gözlemleyerek homotipik PYD etkileşimleri-nin dinamiğini yeniden inceledik. Daha önceden oligomerizasyonu engellediği bilinen E13A, K21A, K26A ve D51A gibi PYD mutant çeşitlerinin, vahşi tip eşleriyle birlikte oligomerik yapıların oluşumunda katkıları olabildiğini gözlemledik. Sonra, homotipik CARD etkileşimlerinin önemi üzerine yoğunlaşarak Förster Rezonans Enerji Transferi (FRET) analizleri ile belirli rezidülerin CARD homooligomerizasyonundaki önemlerini inceledik. CARD oligomerizasyonunda etkileşim yüzeylerinin kararlı kalmasının daha önemli olduğunu, ve D134A, M159A ve R160A mutant CARD çeşitlerinin ikincil yapı oluşturamadıklarını gözlemledik. Son olarak, vahşi tip CARD ve CARD E130A mutant çeşidi üstünde Tek Molekül Kuvvet Spektroskopisi (SMFS) ile homotipik CARD etkileşimlerinin fiziksel kuvvetlerini ve etkileşim yüzeylerinin bozulmasının bu kuvveti nasıl etkilediğini ölçtük.
Özet (Çeviri)
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD (ASC) is a 22 kDa protein composed of two conserved death-fold domains, PYD and CARD, that act as an adaptor protein in inflammasomes, multimolecular complexes that promote the maturation of pro-inflammatory cytokines IL-1β and IL-18. Death-fold domains are known to mediate the formation of higher order complexes through three distinct type of interactions. The importance of these interaction types are distinguished through ASC's ability to form a high molecular globular complex called the ASC speck. It has been shown that PYD-PYD and CARD-CARD homotypic interactions between ASC molecules is necessary to form this structure. Our group has reported the significance of homotypic PYD interactions, as well as of the residues on interaction surfaces. In this study, we have revisited the dynamics of homotypic PYD interactions by observing the formation of filamentous structures between mutant and wildtype variants. It was observed that PYD mutant variants previously known to disrupt homooligomerization such as E13A, K21A, K26A and D51A, were still able to contribute to multimeric structures along with their wildtype counterparts. Then, we have focused on the importance of homotypic CARD interactions, and investigated the significance of certain residues in CARD homooligomerization through Förster Resonance Energy Transfer (FRET) analysis. We have observed that the stability of interaction surfaces is more important in CARD, and mutant variants D134A, M159A and R160A showed a complete lack of filament formation. Lastly, we have selected wildtype CARD and CARD E130A mutant variant and done Single Molecule Force Spectroscopy (SMFS) to measure the physical strength of homotypic CARD interactions, and how disruption of interaction surfaces affect said strength.
Benzer Tezler
- p60-katanin (katna1) gene promoter regulatıon by ELK1
p60-katanin (KATNA1) gen promotörünün ELK1 ile regülasyonu
DOLUNAY KELLE
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Polimerleşme ve jelleşme süreçlerinin bilgisayar benzetim deneyleriyle modellenmesi
Modeling of polymerization and gelation processes via computer simulation
ALPTEKİN YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAŞAR YILMAZ
- Self-healing nanocomposite dna hydrogels with high mechanical strength
Yüksek mekanik dayanıma sahip kendini onarabilen nanokompozit dna hidrojelleri
AHMET TALHA ÜZÜMCÜ
Doktora
İngilizce
2018
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN GÜNEY
PROF. DR. OĞUZ OKAY
- Comparison of polylactide/cellulose nanocrystal nanocomposites properties prepared through solution casting and melt mixing
Çözelti dökümü ve eriyik karıştırma yöntemleriyle hazırlanan polilaktik asit/ selüloz nanokristal nanokompozitlerin özelliklerinin karşılaştırılması
DOĞAN ARSLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MOHAMMADREZA NOFAR
- Synthesis of pyrrole-imine Schiff base ligands and their complexes with group IVB metal (Ti, Zr, Hf)
Pirol-imin Schiff bazı ligandlarının sentezi ve grup IV metalleri ile kompleksleri (Ti, Zr, Hf)
BERKAY ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OZAN SANLI ŞENTÜRK