Geri Dön

Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten ve üretmeyen ekstra intestinal patojenik escherichia coli suşlarında moleküler karakterizasyonu, fimh genotiplemesi ve filogenetik gruplaması

Molecular characterization, fimh genotyping and phylogenetic grouping of extend spectrum beta lactamase (ESBL) producing and non producing extra intestinal pathogenic escherichia coli (expec)

PDF İndir

  1. Tez No: 453502
  2. Yazar: AEVAR ASHRAF KHORSHED KHORSHED
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. EMİNE ARSLAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Selçuk Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Escherichia coli (E. coli) en yaygın çalışılan gram negatif bakterilerden biridir. Bu tür hem insanda hem de çoğu hayvanda intestinal ve ekstraintestinal enfeksiyonlara neden olmaktadır. Hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlarda etken olarak önemli rol oynayan Gram-negatif bakterilerde antibiyotiklere karşı direnç giderek artmaktadır. Bu direncin en sık nedenlerinden biri de beta-laktamaz (GSBL) enzim üretimidir. Toplum kökenli enfeksiyonların çoğunluğunu da GSBL pozitif E. coli'nin etken olduğu üriner sistem enfeksiyonları oluşturmaktadır. Bu çalışmada Konya bölgesindeki hastanelerdeki klinik materyallerden izole edilen 106 GSBL üreten ve üretmeyen ekstraintestinal patojenik E. coli (ExPEC) suşlarının hem fenotipik olarak hem de genotipik olarak karakterizasyonu, antibiyotik duyarlılıkları, filogenetik gruplarının belirlenmesi ve patojenin kolonizasyonunu sağlayan adeziyon genlerinden fimH geninin genotiplemesi amaçlanmıştır. Çift disk sinerji yöntemi ile fenotipik GSBL'ler belirlenirken blaTEM, blaCTX-M, blaOXA, blaSHV genlerinin multipleks PZR ile varlığına dayanarak genotipik GSBL'ler tesbit edilmiştir. Filogenetik gruplama chuA, yjaA ve TspE4C2 markır genlerinin multipleks PZR'ı ile yapılmıştır. fimH genotiplemede PZR ile genin varlığı belirlenerek dizi analizi yapılmıştır. Çalışılan 106 E. coli izolatının 22'si fenotipik, 70'i genotipik olarak GSBL pozitif olduğu belirlenmiştir. Antibiyotik duyarlılık testine göre suşlar en çok imipenem (% 99.05) ve piperasilin/tazobaktam'a (% 100) duyarlı iken, en yüksek oranda ampisiline (% 61.32) ve klindamisin'e (% 100) dirençlidirler. Hem GSBL üretenlerde hem de GSBL üretmeyenlerde çoğunun B2 filogenetik grubunda, en azının ise B1 grubunda olduğu görülmüştür. Çalışılan toplam 106 ExPEC izolatlarının 95'inde (% 89.62), üropatojenik E. coli (UPEC)'lerin (%90.32) fimH varlığı tesbit edilmiştir. Bu sonuçlar basit, hızlı moleküler tekniklerin E. coli'lerin etkili tedavisinde ve aşı jeliştirme çalışmalarında kullanılabileceğini göstermiştir.

Özet (Çeviri)

Escherichia coli (E. coli) is one of the most commonly studied gram-negative bacteria. This type of infection is caused both intestinal and extraintestinal infections, both in humans and most animals. Resistance to antibiotics is gradually increasing in Gram-negative bacteria, which play an important role in infections stemmed from hospital and community. One of the most common causes of this resistance is beta-lactamase (ESBL) enzyme production. The majority of community-acquired infections are caused by urinary tract infections, which are caused by ESBL-positive E. coli. In this study, it is aimed to identify genotypically the phimothymic and genotypic characterization of 106 ESBL producing and non-producing extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) strains isolated from the clinical materials in hospitals in Konya region by determining phylogenetic groups and pathogen colonization. When phenotypic ESBLs are being identified by double disk synergy method, based on the presence of the blaTEM, blaCTX-M, blaOXA, blaSHV genes by multiplex PCR, genotypic ESBLs have been identified. Phylogenetic grouping was performed by multiplex PCR of chuA, yjaA and TspE4C2 marker genes. In fimH genotype, sequence analysis was performed by determining the presence of the gene by PCR. Among the 106 E. coli isolates that were studies, 22 were phenotypic, 70 were genotypically determined to be ESBL positive. According to the antibiotic susceptibility test, strains were most susceptible to imipenem (99.05%) and piperacillin / tazobactam (100%) but mostly resistant to ampicillin (61.32%) and clindamycin (100%) resistance. Most ESBL producers and non-ESBL producers were found to be in the B2 phylogenetic group and the least in the B1 group. In 95 of total 106 ExPEC isolates tested (89.62%) the presence of uropathogenic E. coli (UPEC) (90.32%) fimH was detected. These results have shown that simple, rapid molecular techniques can be used in the effective treatment of E. coli and vaccine development studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    544306

    Pediatrik yaş grubunda gram negatif bakterilerde genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (gsbl) üretimine katkıda bulunan risk faktörlerinin araştırılması

    Investigation of risk factors contributing to extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) production in gram-negative bacteria in pediatric age group

    EBUBEKİR AKYÜZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKırıkkale Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BANU ÇELİKEL ACAR

  2. Tez No

    457601

    Çocukluk çağında geçirilen idrar yolu enfeksiyonlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamaz pozitif bakterilerin yeri, risk faktörleri ve tedavisi

    Risk factors and treatment of childhood urinary tract infections caused by extended-spectrum beta-lactamase producing bacteria

    NİHAL UYAR AKSU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKocaeli Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZELAL EKİNCİ

  3. Tez No

    658790

    Toplum kökenli idrar yolu enfeksiyonlarında antibiyotik dirençli mikroorganizmalar ve risk faktörleri

    Antibiotic resistant microorganisms and risk factors in community-acquired urinary tract infections

    RÜVEYDA KORKMAZER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAnkara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE RAHMET GÜNER

  4. Tez No

    458195

    İdrar kültürlerinden izole edilen escherichia coli suşlarında p fimbria varlığı ve antibakteriyellere karşı duyarlılıklarının incelenmesi

    The investigation of p fimbriae presence in escherichia coli strains isolated from urine samples and their antibacterial resistance

    EMEL İNEGÖL PAYKOÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ

  5. Tez No

    272562

    Klinik örneklerden izole edilen klebsiella suşlarının antibiyotiklere duyarlılıkları

    Antibiotic susceptibility of klebsiella strains isolated from clinical specimens

    EBRU KIRAÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZAFER ÇETİNKAYA

Geri Dön