Gıdalardan izole edilen enterobacteriaceae suşlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamazların moleküler yöntemle araştırılması
Characterization of extended spectrum beta-lactamases in enterobacteriaceae from foods using molecular method
- Tez No: 425902
- Danışmanlar: PROF. DR. HAYDAR ÖZPINAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Beta laktamazlar, Enterobacteriaceae, Gıdalar, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Beta lactamases, Enterobacteriaceae, Foods, Polymerase chain reaction
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Aydın Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Günümüzde hastane ve toplumsal kaynaklı olarak dirençli bakterilere artan şekilde rastlanmaktadır. Bu yeni tür biyolojik tehlike tüm Dünya'da insan sağlığını ciddi şekilde tehdit eder seviyelere gelmiştir. Bu nedenle WHO, FAO ve EFSA gibi otoriteler araştırmacıları bu konu üzerinde araştırma yapmaları için teşvik etmektedirler. Genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar (GSBL) plazmid-aracılı bla-genleri tarafından kodlanan, beta-laktam antibiyotikleri enzimatik inaktivasyon direnç mekanizması yoluyla etkisizleştiren ve infeksiyon tedavilerini başarısız kılan enzimlerdir. GSBL-kodlayan bla-genlerin farklı ve/veya türdeş bakteriler arasında aktarılabilir olmaları risk doğurmaktadır. Bakterilerde direnç gelişimi ve yayılmasında hastane ve toplumsal kaynaklı etmenler dışında gıdaların da potansiyel rolleri oldukları düşünülmektedir. Türkiye'de GSBL-kodlayan bla-genlerin varlıklarını tespite dönük hastane ve toplumsal kaynaklı araştırmalar yapılmış olmakla birlikte, gıda kaynaklı bulgular üzerinde ciddi şekilde durulmamıştır. Bu çalışmada hayvansal kaynaklı gıda maddelerinden izole edilen ve kütle spektrometresi ile tiplendirilen toplam 55 adet GSBL-üreten Enterobacteriaceae suşlarında blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M genleri ile blaCTX-M altgruplarının karakterizasyonu amaçlanmıştır. GSBL-pozitif izolatlardan elde edilen DNA materyaller Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile amplifiye edilmiş ve amplikonları jel elektroforez tekniği ile görüntülenmiştir. Görüntülenen 1 adet blaTEM pozitif, 1 adet blaSHV pozitif ve 1 adet blaCTX-M pozitif amplikonlar saflaştırılmış, sekanslanmış ve BLAST Programı kullanılarak benzeşme doğrulamaları yapılmıştır. İstatistik analiz için SPSS 19 programı kullanılmıştır. GSBL-kodlayan bla genlerin gıda grupları bazında bulunma sıklıklarının niteliksel kıyaslaması Kruskal-Wallis H-testi ile yapılmıştır. Elde edilen sonuçlar P<0,05 seviyesinde anlamlı kabul edilmiştir. Moleküler incelemeler bla-genlerin dağılımını %96,4 blaTEM, %65,5 blaCTX-M ve %34,5 blaSHV olarak vermiştir. İzolatların %81,8'inin birden fazla bla-geni taşıdıkları tespit edilmiştir. bla-genlerin kombinasyonları %57,8 blaTEM+blaCTX-M, %22,2 blaTEM+blaSHV, %17,8 blaTEM+blaSHV+blaCTX-M ve %2,2 blaTEM+blaCTX-M olarak tayin edilmiştir. CTX-M-pozitif amplikonlar ileri analize alınmış ve alt grupları %97,2 blaCTX-M-1 ve %2,8 blaCTX-M-8 olarak karakterize edilmiştir. Sekanslama ve BLAST analizi sonuçları üç adet GSBL-pozitif amplikonların taşıdıkları blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M genleri doğrulamıştır. İstatistik değerlendirme GSBL-kodlayan bla-genler için hayvansal kaynaklı gıdaların türüne bakılmaksızın potansiyel kaynak olduklarını göstermiştir. Sonuç olarak, hayvansal kaynaklı gıdalardan izole edilen Enterobacteriaceae suşlarının GSBL-kodlayan bla-genleri taşıdıkları, çoklu direnç özellikleri gösterdikleri ve tüketicilerin bu genetik materyaller ile kolonize olma riski taşıdıkları tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Clinical and community-related resistant bacteria are widely found in the present time. This new type of biohazard is a growing health concern of Global significance for human health. That's why, international authorities, including WHO, FAO and EFSA, are enhancing the researchers to focus on this issue. Extended spectrum beta-lactamases (ESBL) are the enzymes that are encoded by plasmid-mediated bla-genes. inactivate beta-lactam antibiotics through a mechanism of resistance, so-called enzymatic inactivation, and lead to failure of treatment of bacterial infections. The bla-genes are easily transferable among the same and/or different bacterial species. Not only clinical and community settings, foods are also under suspicion for development and transmission of antibiotic resistance in bacteria. In Turkey, clinical and community-related ESBL-producers were examined well, whereas foodborne dissemination was not questioned seriously. The objective of this study was to characterize blaTEM, blaSHV and blaCTX-M genes and blaCTX-M subtypes in 55 ESBL-producing Enterobacteriaceae isolated from foods of animal origin after identification by mass spectrometer. DNA materials from each ESBL-positive isolate were initially amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR), and subsequently visualised by gel-electrophoresis. Within them, 1 blaTEM positive amplicon, 1 blaSHV positive amplicon and 1 blaCTX-M positive amplicon were purified, sequenced, and confirmed using BLAST Program. SPSS 19 was used for statistical analysis. Kruskal-Wallis H-test was performed for qualitative-comparison of frequency rate of each bla-genes with respect to their sampling groups. P<0.05 was considered to be significant. Genotypic results showed that frequency rates of blaTEM, blaCTX-M and blaSHV were determined to be 96.4%, 65.5%, and 34.5%, respectively. The co-existence of bla-genes were found as 57.8% blaTEM+blaCTX-M, 22.2% blaTEM+blaSHV, 17.8% blaTEM+blaCTX-M+blaSHV, and 2.2% blaTEM+blaCTX-M. Subtyping CTX-M-positive amplicons revealed that the most common subtype of blaCTX-M was 97.2% blaCTX-M-1, followed by 2.8% blaCTX-M-8. Sequencing and BLAST analysis also confirmed blaTEM, blaSHV and blaCTX-M genes. The statistical evaluation provided that foods of animal-origin were potential sources for ESBL-encoding bla-genes regardless type of food. To conclude, we found that Enterobacteriaceae from foods of animal orgin harboured ESBL-encoding bla-genes in some foods of animal origin, indicated a multiresistance pattern, and leaded to the colonization of the consumers with these spreadable genetic materials.
Benzer Tezler
- Peynir örneklerinden izole edilen enterobakterilerde geniş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) ve AMPC dirençlilik durumlarının incelenmesi
Investigation of the resistance status of extended spectrum beta-lactama (ESBL) and ampc in enterobacteriaceae isolated from cheese samples
AYLİN ÖZADAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Halk Sağlığıİstanbul Aydın ÜniversitesiGıda Güvenliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PROF.DR.HAYDAR ÖZPINAR
- Tavuk etlerinde genişlemiş spektrumlu beta-laktam antibiyotiklere dirençli enterik bakterilerin identifikasyonu ve direnç profillerinin tespiti
Identification of chicken-related enterobacteriaceae resistant to extended spectrum beta-lactam antibiotics and determination of resistance profiles
BİRSEN SARICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Gıda Mühendisliğiİstanbul Aydın ÜniversitesiGıda Güvenliği ve Beslenme Bilimleri Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. HAYDAR ÖZPINAR
- Sebzelerde Genişlemiş Spektrumlu Beta Laktamaz (GSBL) üreten Enterobacteriaceae spp. izolatlarının antibiyotiklere dirençlilik durumlarının incelenmesi
The analysis of antibiotic resistance situations of the Extended Spectrum Beta Lactamase (ESBL) producing Enterobactericeae spp. isolates' in vegetables
ÇİĞDEM SÖKMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Mikrobiyolojiİstanbul Aydın ÜniversitesiGıda Güvenliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYDAR ÖZPINAR
- Gıdalardan izole edilen enterobacteriaceae türlerinde genişletilmiş spektrumlu beta laktamaz üretimi ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi
Determining the extended spectrum beta lactamase and the antibiotic resistance i?n the enterobacteriaceae i?solates from foods
EBRU AVCI
- Gıdalardan izole edilen enterobacterıaceae türlerinin amino asit dekarboksilaz aktivitesi, biyofilm oluşumu ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi
Determining amino acid decarboxylase activity biofilm formation and the antibiotic resistance in the enterobacteriaceae isolates from foods
ETHEM SERHAT YAVAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiGazi ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESLİHAN GÜNDOĞAN BAKIRCI