Acinetobacter baumannii izolatlarında antibiyotik direnç genlerinin taranması, Blages-22 ve Blaoxa-66 varyantlarının moleküler karakterizasyonu
Screening of antibiotic resistance genes isolates of acinetobacter baumannii, molecular characterization of variants of Blages-22 and Blaoxa-66
- Tez No: 415368
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CEMAL SANDALLI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu doktora tezinde, 101 Acinetobacter baumannii klinik suşunda direncin genetik mekanizmaları çalışıldı. blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-40 ve blaOXA-58 benzeri genlerin tespiti için multipleks PZR kullanıldı. ISAba1, blaIMP, blaVIM, blaGES, blaVEB, blaPER-2, aac-3-Ia, aac-6′-Ib ve blaNDM-1 genleri PZR ve baz dizin analizi ile tespit edildi. Multipleks PZR'da, tüm suşların blaOXA-51, 79 suşun blaOXA-23 ve bir suşun blaOXA-40 taşıdığı tespit edildi. blaOXA-51 ve blaOXA-23 79 suşta birlikte bulundu. ISAba1 elementi 81 suşta tespit edildi ve tüm durumlarda blaOXA-51'in yukarı bölgesinde bulundu. GES tipi beta laktamazlar 24 suşta bulundu (16 suşta GES-11 ve 8 suşta GES-22). blaOXA-58, blaIMP, blaVIM, blaVEB, blaPER-2, ve blaNDM-1 genlerinin hiçbiri tespit edilmedi. aac-3-Ia ve aac-6′Ib genleri sırasıyla 13 ve 15 suşta tespit edildi. REP-PZR ile tüm suşlar 12 farklı grup altında toplandı. Türkiye'de A. baumannii'de GES-11 ve OXA-40 bulunması ilk kez rapor edildi. GES-22, GES-11'den bir amino asit substitüsyonu (M169L) ile farklılaşır. M169, sınıf A beta laktamazlarda substrat seçiciliğinde büyük etkileri olduğu bilinen omega halkasının bir parçası olduğundan GES-22 ifade edildi, saflaştırıldı ve kinetik olarak karakterize edildi. Bu çalışma, GES-11 ile karşılaştırıldığında GES-22'nin penisilinleri, sefotaksimi ve aztreonamı daha etkili hidroliz ettiğini seftazidime karşı etkinliğinin azaldığını gösterdi. Bunun yanı sıra, M169L substitüsyonu GES-22'nin klavulanik asit hidrolizinde daha etkili olmasına neden oldu. Bu sonuçların diğer sınıf A beta laktamazların homolog pozisyonlarında görülen diğer mutasyonlarınkine benzer olması metiyoninin sınıf A beta laktamazlarda substrat seçiciliğinde ve aktif bölge residülerinin sıralanmasında yapısal bir rol oynadığını düşündürdü. OXA-66 mutantları ifade edildi, saflaştırıldı ve kinetik olarak karakterize edildi. W222L, I129V, P130Q klinik mutasyonlarının OXA-66'da karbapenemlere karşı hidrolitik aktiviteyi arttırdığı gözlendi.
Özet (Çeviri)
Genetic mechanisms of resistance were determined in clinical strains of 101 Acinetobacter baumannii in this PhD thesis. Multiplex PCR was used for detecting blaOXA-51-like, blaOXA-23-like, blaOXA-40-like and blaOXA-58-like genes. ISAba1, blaIMP, blaVIM, blaGES, blaVEB, blaPER-2, aac-3-Ia, aac-6′-Ib and blaNDM-1 genes were detected by PCR and sequencing. By multiplex PCR, all strains carried blaOXA-51, 79 strains carried blaOXA-23 and one strain carried blaOXA-40. blaOXA-51 and blaOXA-23 were found together in 79 strains. ISAba1 element was detected in 81 strains, and in all cases it was found upstream of blaOXA-51. GES-type beta lactamases were found in 24 strains (GES-11 in 16 strains and GES-22 in 8 strains). blaOXA-58, blaIMP, blaVIM, blaVEB, blaPER-2, and blaNDM-1 genes were not observed. aac-3-Ia and aac-6′Ib genes were detected in 13 and 15 strains, respectively. All strains were collected into 12 different groups with REP-PCR. It was first reported that GES-11 and OXA-40 in A. baumannii from Turkey. GES-22 differs from GES-11 by a single amino acid substitution (M169L). Because M169 is part of the omega loop, a structure that is known to have major effects on substrate selectivity in class A β-lactamases, GES-22 was expressed, purified and kinetically characterized. This study shows that compared to GES-11, GES-22 displays more efficient hydrolysis of penicillins, cefotaxime and aztreonam, but a loss of efficiency against ceftazidime. Additionally, the M169L substitution confers on GES-22 more efficient hydrolysis of the clavulanic acid. These effects are highly similar to other mutations at the homologous position in other class A β-lactamases, suggesting that this methionine plays a key structural role in aligning active site residues and in substrate selectivity across the class. OXA-66 mutants were expressed, purified and kinetically characterized. It was observed that clinical mutations W222L, I129V, P130Q can increase the hydrolytic activity against carbapenems in OXA-66.
Benzer Tezler
- Hastane enfeksiyonu etkeni olan karbapenem dirençli A. calcoaceticus-A. baumannii kompleks izolatlarındaki yaygın karbapenemaz genlerinin in house multipleks PCR ile araştırılması ve metallobetalaktamaz üretiminin fenotipik yöntemle saptanması
Investigation of the extensive carbapenemase genes in carbapenem resistant A. calcoaceticus-A. baumannii complex isolates that the cause of nosocomial infections by in house multiplex PCR and detection of metallobetalactamase production by phenotypic method
HİLAL BÖLÜKBAŞI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ KUDRET ADİLOĞLU
UZMAN UFUK ÖNDE
- Phenotypic and genotypic biofilm formation characteristic of acinetobacter baumannii isolated from intensive care units
Yoğun bakim ünitelerinden izole edilen acinetobacter baumannii izolatlarinin fenotipik ve genotipik biofilm formasyon özellikleri
NADA MOHAMED MOHAMED SAID
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiBaşkent ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYLİN ÜSKÜDAR GÜÇLÜ
- Study some virulence characteristics of multidrug resistant biofilm forming acinetobacter Baumannii isolated from clinical sites
Çoklu ilaçlara dayanıklı biyofilm oluşturan asinetobakter Baumannıı'nin klinik sitelerden izol edilmiş bazı virülans özelliklerinin çalışması
ZAINAB MOHAMMED MAHMOOD AL-MASHHADANI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ RAMAZAN SERDAR ESMER
PROF. DR. SUHAD SAAD MAHMOOD
- Acinetobacter baumannii izolatlarında plazmit aracılı pAMC vebeta-laktamaz direnç genlerinin belirlenmesi
Detection of plasmid mediated pAMC and beta- lactamase resistance genes in Acinetobacter baumannii isolates
RAND KAMIL MAJEED JAWAHERI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF KENAN DAĞLIOĞLU
- Çoğul ilaca dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin araştırılması
Investigation of resistance genes in multidrug resistant acinetobacter baumannii isolates
EMİNE ECEMİŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
MikrobiyolojiKırıkkale ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK KILIÇ