Development of sequence based markers for molecular genetic analysis in sesame (Sesamum indicum L.)
Susam'da (Sesamum indicum L.) moleküler genetik analizler için dizi temelli markörlerin geliştirilmesi
- Tez No: 405183
- Danışmanlar: PROF. DR. ANNE FRARY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Bitkisel yağlar, DNA analizi, Genetik haritalama, Kromozom haritaları, Moleküler markerler, Polimorfizm-genetik, Sesamum indicum, Susam, Plant oils, DNA analysis, Genetic mapping, Chromosome mapping, Molecular markers, Polymorphism-genetic, Sesamum indicum, Sesame
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Susam (Sesamum indicum L.) ihmal edilmiş bir tarım ürünü olup, nispeten az sayıda moleküler genetik çalışmaya konu olmuştur. Bu çalışmada, susam genomuna özel SSR markörleri geliştirmek üzere bir yeni nesil dizileme analiz yöntemi kullanılmış, 5727 adeti montajlanmış dizilere denk düşen toplam 19,816 SSR tanımlanmıştır. Çalışma sonucunda susam genomundan SSR bandı çoğalttığı deneysel olarak gösterilmiş toplam 933 SSR markörü tanıtılmıştır. Bu markörlerin 849 adedinin, kültüre alınmış susamın atası olan Sesamum mulayanum'a uygulanabilir olduğu gösterilmiştir. Yeni geliştirilen bir kısım SSR markörü, bir susam koleksiyonunda genetik çeşitlilik ve popülasyon yapısının araştırılmasında kullanılmıştır. Çalışma sonuçları, dünya genelindeki susam çeşitlilik merkezleri arasındaki mevcut ilişkileri ortaya koymuştur. SSR markörlerinin S. indicum ve S. mulayanum arasında yüksek oranda transfer edilebilir oluşu ile birlikte, genetik çeşitlilik ve popülasyon yapısı analiz sonuçları, S. indicum ve S. mulayanum'un aynı türün kültüre alınmış ve yabani formları olduğuna delil teşkil etmektedir. Çalışma kapsamında ayrıca, susam genomuna özel SNP markörleri geliştirmek ve bir genetik bağlantı haritası oluşturmak üzere GBS analiz yöntemi bir rekombinant saf hat popülasyonuna uygulanmıştır. Bu sayede susam genomunda 15,521 adet SNP tanımlanmış ve bu SNP'lerin 781 adedi, GBS analizinin uygulandığı rekombinant saf hat popülasyonunda gerçekleştirilecek bağlantı analizlerinde kullanılmak üzere tanımlanmıştır. Çalışma kapsamında yüksek sayıda SNP ve SSR markörünün geliştirilmesi ile, susam genomuna özel kısıtlı sayıdaki mevcut markörlere hatırı sayılır bir katkı yapılmıştır. GBS analizi sonucu oluşturulan genetik bağlantı haritası, zirai öneme sahip özelliklerin genetik temellerinin rekombinant saf hat popülasyonu kullanılarak araştırılmasına olanak sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Sesame (Sesamum indicum L.) is an orphan crop with most molecular genetic research work done in the last decade. In this study, pyrosequencing was used for the development of genomic SSR (Simple Sequence Repeat) markers in sesame. The approach proved successful in identifying 19,816 SSRs, 5727 of which were identified in a contig assembly that covers 19.29% of the sesame genome. As a result of this work, 933 experimentally validated sesame specific markers were introduced, 849 of which are applicable in Sesamum mulayanum, the wild progenitor of cultivated sesame. Using a subset of SSR markers, molecular genetic diversity and population structure of a collection of world accessions were analyzed. Results of the analyses revealed a pattern of gene flow among sesame diversity centers. Taken together with the high rate of genomic marker transferability between S. indicum and S. mulayanum, the results provide molecular genetic evidence for designating the two taxa as cultivated and wild forms of the same species.In related work, a Genotyping By Sequencing (GBS) approach was applied on recombinant inbred lines for single nucleotide polymorphism (SNP) identification and mapping in the sesame genome. As a result, 15,521 SNPs were identified and a high-resolution genetic linkage map was constructed using a core set of selected SNPs (781 SNPs) appropriate for use in linkage analysis. The 15,521 putative SNP markers represent a substantial contribution to the existing pool of sesame-specific markers. The genetic linkage map constructed in this work will enable the identification of loci involved in the genetic control of agriculturally important traits in sesame.
Benzer Tezler
- COMPARATIVE POPULATION GENETIC ANALYSIS OF Monilinia PATHOGENS CAUSING BROWN ROT OF PEACH BY SIMPLE SEQUENCE REPEAT LOCI
BASİT DİZİ TEKRAR LOKUSLARI İLE ŞEFTALİDE KAHVERENGİ ÇÜRÜKLÜĞE SEBEP OLAN Monilinia PATOJENLERİNİN KIYASLAMALI POPULASYON GENETİK ANALİZLERİ
HAKAN GÜVEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
GenetikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyomoleküler Bilimler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL ÖZKILINÇ
- Kışlık ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.)'da sarı pas hastalığına dayanıklılığın biyoteknolojik yöntemlerle incelenmesi
Investigation of yellow rust disease resistance in winter type bread wheat (Triticum aestivum L.) using biotechnological methods
ÖZGE KARAKAŞ
Doktora
Türkçe
2010
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
DOÇ. DR. FİLİZ GÜREL
- Growth hormone (GH) gene polymorphisms in Norduz sheep
Norduz koyununda büyüme hormonu (GH) geni polimorfizmleri
RASUL MAHMOOD MOHAMMED MOHAMMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
ZoolojiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN KOYUN
- Molecular genetic analysis in faba bean (Vicia faba L.)
Baklada (Vicia faba L.) moleküler genetik analizler
MAZEN A S ABUZAYED
Doktora
İngilizce
2019
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. SAMİ DOĞANLAR
- Mısır heterotik gruplarında genetik analizler
Genetic analysis of maize heterotic groups
MESUT ESMERAY
Doktora
Türkçe
2016
GenetikNamık Kemal ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZAHİT KAYIHAN KORKUT