Genome editing of the IL-7 receptor gene locus using talens
Il-7 almaç geni̇nde talen protei̇nleri̇ i̇le genom mühendi̇sli̇ği̇
- Tez No: 392258
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyokimya, Biyomühendislik, Biology, Biochemistry, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
IL-7 sinyallemesi memeli bağışıklık sisteminde lenfosit gelişimi ve fonksiyonu için anahtar konumundadır. Bu çalışmanın ilk bölümünde IL-7R alfa gen bölgesini hedefleyip gen ifadesini kontrol eden faktörleri tespit etmeyi amaçladık. Transcription activator-like effector nükleaz (TALEN) proteinleri ile enhancer bölgesindeki iki transkripsiyon faktör bağlanma bölgesinde mütasyonlar oluşturduk. Glukokortikoid almacı (GR) ve Notch bağlanma bölgelerini hedefleyen iki çift TALEN ile birlikte 2. ve 3. ekzon bölgelerini hedefleyen TALEN'ler oluşturup aralarındaki intron bölgesindeki transkripsiyon kontrol elementlerini genomdan silmeyi planladık. Bu TALEN'leri fare RLM11 (IL-7R+) hücre hattında ifade edip RFLP yöntemi ve DNA sekanslaması ile oluşturduğumuz mütasyonları tespit ettik. Mutant hücre hatlarının IL-7R ifadelerini analiz ederek Notch bağlanma bölgesindeki mütasyonların gen ifadesinde azalmaya yol açtığını, fakat GR bağlanma bölgesindeki mütasyonların bu ifade seviyesini düşüremediğini gözlemledik. Çalışmanın ikinci bölümünde doğrudan GR transkripsiyon faktörünün gen bölgesini hedefledik. Translasyon başlangıç bölgesinde çift sarmallı kesik oluşturacak bir TALEN çifti tasarlayıp gen“knockout”yapmayı amaçladık. Bu TALEN'leri insan HCT116 hücre hattında ifade edip RFLP ile mütasyonları tespit ettik. Deneylerimiz TALEN teknolojisi ile genomun modifiye edilip gen ifadesini kontrol eden faktörlerin çalışılabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
IL-7 signaling is key to lymphocyte development and function in the mammalian immune system. In the first part of this study, we targeted the IL-7R alpha gene locus, encoding the IL-7 receptor protein, to identify its transcriptional control elements. We mutated two transcription factor binding sites in an evolutionarily conserved region containing a putative transcriptional enhancer by generating transcription activator like effector nucleases (TALENs) targeting these sites. We designed and constructed two pairs of TALENs targeting the glucocorticoid receptor (GR) and Notch binding sites in this region. We also targeted the exon 2 and exon 3 of IL-7R to delete a transcriptional control element in intron 2. We expressed these TALENs in the murine RLM11 (IL-7R positive) cell line and generated insertion and deletion mutations in the targeted sites. We used restriction fragment length polymorphism (RFLP) assays and DNA sequencing to detect the induced mutations and assessed their effects on IL-7R gene expression. We demonstrate that mutations induced in the GR transcription factor binding site do not reduce IL-7R gene expression, while mutations in the Notch binding site lower expression. In the second part of the study we directly targeted the gene encoding the GR transcription factor. We designed a TALEN pair targeting the translation start site to knockout gene expression. We introduced these TALENs into the human HCT116 cell line and performed RFLP assays to detect mutations. Our experiments demonstrate that TALENs can be used for genome editing to study gene transcription regulatory regions.
Benzer Tezler
- Targeting transcription factor binding sites of the interleukin 7 receptor gene using CRISPR/Cas9 genome editing
CRISPR/Cas9 genom mühendisliği ile interlökin 7 reseptör genini kontrol eden transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin hedeflenmesi
RONAY ÇETİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiSabancı ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
- The use of CRISPR/DCAS9 engineered mscs to prevent cisplatin-induced cellular damage in human granulosa cells
Sisplatin ile indüklenen insan granüloza hücrelerinde ki hücre hasarini önlemek için CRİSPR/DCAS9 tasarlanmiş MSC'lerin kullanimi
MEHMET YUNUS ÇOMAR
- Characterization of inherited IRAK-4 deficiency in a patient with acute HHV-6 encephalitis
Akut hHHV-6 ensefaliti görülen bir hastada kalıtsal IRAK-4 eksikliğinin karakterizasyonu
ZEYNEP GÜNEŞ TEPE DEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN BELKAYA
- Nog gen ifadesi susturulmuş hücrelerin oluşturulması ve ipek doku iskeleleri üzerinde osteojenik farklılaşmalarının incelenmesi
Generation of Nog knockdown cells and examination of their osteogenic differentiation on silk scaffolds
SÜMEYRA NUR FUERKAITI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MENEMŞE GÜMÜŞDERELİOĞLU
ÖĞR. GÖR. ANIL SERA ÇAKMAK
- Ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.)'da biyoteknolojik yöntemlerle çinko biyoyararlılığının artırılması
Increasing zinc bioavailability in bread wheat (Triticum aestivum L.) by biotechnological methods
ESMA YİĞİDER
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiAtatürk ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT SİNAN TAŞPINAR