Ağır kombine immün yetmezlikli hastalarda, hastalığa neden olan genetik defektlerin yeni nesil dizileme yöntemiyle araştırılması
Investigation of causitive genetic defects with next generation sequencing in severe combined immunodeficiency patients
- Tez No: 390287
- Danışmanlar: PROF. DR. FEYZİ İLHAN TEZCAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Alerji ve immünoloji, DNA, Genetik, Genetik teknikler, Moleküler genetik, Teşhis, İmmün yetmezlik, Allergy and immunology, DNA, Genetics, Genetic technics, Molecular genetic, Diagnosis, Immun deficiency
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Pediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: İmmünoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Ağır kombine immün yetmezlikler primer immün yetmezliklerin en ağır formudur. Hastalar yaşamın ilk yılında fatal bakteriyel, viral ve fungal enfeksiyonlarla karşılaşmaktadır. Erken tanı bu hastalar için yaşamsal önem taşımaktadır. Hastalığın tedavisinde tek küratif yöntem hematopoietik kök hücre naklidir ve genetik defektin bilinmesi tedavi şartlarının belirlenmesi açısından önemlidir. Çalışmada ağır kombine/kombine immün yetmezlik düşünülen fakat genetik tanısı bilinmeyen 27 hastada yeni nesil dizileme temelli HaloPlex paneli ile hastalığa neden olan mutasyonların bulunması amaçlanmıştır. Kullanılan panel primer immün yetmezliklerle ilgili olabilecek 356 geni hedeflemektedir. Dizileme işlemi için Illumina HiSeq 2000 (Illumina Inc., ABD) sistemi kullanılmıştır. Çalışma sonunda 27 hastanın 24'ünde DNA zenginleştirme ve dizileme işlemleri başarılı olmuş, 8 hastada ağır kombine/kombine immün yetmezliğe neden olan genetik defektler saptanmıştır. Saptanan mutasyonların hepsi daha önce ağır kombine/kombine immün yetmezliğe neden olduğu bilinen genlerde bulunmuştur ve bunlardan 5 tanesi ilk defa tanımlanmıştır. Herhangi bir mutasyon bulunamamış diğer hastalar için tüm ekzom ya da genom dizileme yöntemleri ile araştırma yapılması gerektiği düşünülmektedir. Kullanılan panelin primer immün yetmezlikli hasta gruplarında genetik defektlerin araştırılması için güvenilir ve hızlı bir yöntem olduğu anlaşılmıştır.
Özet (Çeviri)
Severe combined immunodeficiency is the most severe form of primary immunodeficiencies. Patients with SCID present with high susceptibility to fatal bacterial, viral and fungal infections in their first year of life. Early diagnosis can be life-saving for the patients. The only curative therapy is hematopoietic stem cell transplantation and determination of the underlying genetic defect is crucial for conditioning regimens for HSCT. We aim to determine the causitive gen defects in 22 patients with SCID and 5 patients with CID by a new next generation sequencing based technology, HaloPlex. The HaloPLex panel includes primers for 356 genes associated with primary immunodeficiencies. Illumina HiSeq 2000 system was used for sequencing. Genomic DNA enrichment and sequencing were accomplished in 24 patients out of 27 and 8 causitive genetic defects were detected. All mutations were in known PID-related genes but 5 of them are novel mutations. The other patients should be investigated by whole genom or exom sequencing. The HaloPLex panel was thought to be fast and reliable method to determine the underlying genetic defects for PIDs.
Benzer Tezler
- Hematopoietik kök hücre nakli yapıldıktan sonra en az iki yıl izlenmiş ağır kombine immün yetmezlik olgularının klinik özelliklerinin, laboratuvar bulgularının ve immün rekonstitüsyonunun değerlendirilmesi
Evaluation of the long-term clinical, laboratory and immune reconstitution of hematopoietic stem cell transplanted severe combined immunodeficiency cases
DUYGU DEMİRTAŞ GÜNER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Allerji ve İmmünolojiHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DENİZ NAZİRE ÇAĞDAŞ AYVAZ
PROF. DR. FEYZİ İLHAN TEZCAN
- 0-6 yaş grubu sağlıklı Türk çocuklarında timopoezin izlenmesi
Evaluation of the thymopoiesis in healthy Turkish children between 0-6 years
AKİF KAVGACI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Allerji ve İmmünolojiAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAMİLE AYDAN İKİNCİOĞULLARI
- Ağır kombine immün yetmezlik ve kombine immün yetmezlikli hastaların değerlendirilmesi
Evaluation of patients with severe combined immunodeficiency and combined immunodeficiency
HATİCE YILDIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CANER AYTEKİN
- Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers
Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu
ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN
Doktora
İngilizce
2025
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Çocuk yoğun bakım ünitesinde doğuştan bağışıklık hatalarının sıklığı ve klinik özelliklerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the frequency and clinical features of congenital immune defects in pediatric intensive care unit
AYŞE ÖZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİH ÇELMELİ