Meme kanserinde gen ekspresyon verilerinin mikrodizi analizi
Analysis of microarray gene expression data in breast cancer
- Tez No: 390149
- Danışmanlar: PROF. DR. İLKER ERCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Gen ifadesi, Meme neoplazmları, Mikrodizilim analizi, Neoplazmlar, RNA, Gene expression, Breast neoplasms, Microarray analysis, Neoplasms, RNA
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Uludağ Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Son yıllarda, moleküler biyoloji ve bilişim teknolojisindeki gelişmeler çeşitli canlı türlerinin genomlarının büyük bir kısmının incelenmesine olanak sağlamıştır. Moleküler biyoloji alanında üretilen veriler çok büyük miktarda olduklarından, güncel biyoinformatik çalışmaları genlerin ve proteinlerin yapısal ve işlevsel yönleri ile ilgilenmektedir. Bu çalışmaların çoğu İnsan Genom Projesi ile ilgilidir. Biyoinformatik alanında farklı bilgisayar bilimi teknolojileri ve istatistiksel yöntemler dikkate alınmaktadır. Bu multidisipliner yaklaşım istatistiksel yöntemler, biyoinformatik uygulamaları ve bilgisayar bilimi teknolojileri arasındaki ilişkinin anlaşılmasına olanak sağlamaktadır. Biyoinformatik araçları, mikroarray analizinin gerçekleştirilmesindeki ihtiyaçları karşılamaktadır. Farklı gen ekspresyon analizi ile biyolojik yolakların iç yüzü anlaşılmaktadır ve ileriki hipotez geliştirme için bir platform sağlanmaktadır. Gen ekspresyon verilerini analiz etmedeki esas, ekspresyon modelleri fenotip veya deneysel koşula göre farklılık gösteren genleri saptama ihtiyacıdır. Basit bir mikroarray deneyi iki koşul arasındaki ekspresyon farklılıklarını tespit etmek için gerçekleştirilmektedir. Her bir koşul bir veya daha fazla RNA örneklemi tarafından temsil edilebilmektedir. Mikroarrayler geniş çeşitlilikteki deneysel ortamlarda farklı gen ekspresyonunun tespiti için kullanılmaktadır. Bu tez çalışmasında, Wolfgang Huber ve Robert Gentleman'ın (21) Affymetrix gen çipleri ile yaptıkları deneyde elde edilen gen ekspresyon verileri kullanılmıştır. Çalışmanın amacı ER+ meme kanseri hücrelerindeki östrojen faktörüne yanıt veren genleri tespit etmektir. Östrojen faktörünün yanında zaman faktörü de değerlendirmeye alınarak östrojene erken yanıt veren ve geç yanıt veren genler tespit edilmiştir. Erken yanıt veren genler doğrudan-hedef genler kabul edilmektedir. Geç yanıt veren genler ise büyük bir olasılıkla moleküler yolaktaki akış aşağı hedeflerdir.
Özet (Çeviri)
Recent advancements in the fields of molecular biology and information technology led to further study of the most genoms of various species. Since the data generated in the field of molecular biology is in large quantity, current bioinformatic researches deal with the structural and functional aspects of genes and proteins. This multidisciplinary approach comprehends the relation between statistical methods, bioinformatic applications and computer science. Bioinformatic tools provide the needs for carrying out microarray analysis. Inside story of the biological pathways understood through different gene expression analysis that provides a platform for developing further hypothesis. Principle in analysing the gene expression data is the need for determine the genes of which expression models differ by phenotype or the experimental condition. A simple microarray experiment is conducted to find the expression differences between two conditions. Every single condition is represented by a RNA sample or more. Microarrays are employed to detect the distinctive gene expression in various experimental conditions. In this study, gene expression data which's obtained in W. Huber & R. Gentleman's experiment (21) were used. The aim of this study is to identify differentially expressed genes that respond to estrogen factor in ER+ breast cancer cells. Beside estrogen factor, time factor has been taken into consideration. Genes which are early responsive and late responsive to estrogen factor have been identified.
Benzer Tezler
- Meme karsinomlarında CTLA-4, PD-1 ve LAG-3 ekspresyonları ile tümör içi lenfosit skorunun prognoza etkisi
Prognostic significance of tumor infiltrating lymphocytes with CTLA-4, PD-1, and LAG-3 expression in breast carcinomas
SİDAR BAĞBUDAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Onkolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMEN ÖNDER
- İnvaziv meme kanserinde 34 genin epigenetik incelemesi ve gen ekspresyon analizi
Gen expression and epigenetic analysis of 34 genes in invasive breast cancer
AYDAN ÇELEBİLER ÇAVUŞOĞLU
Doktora
Türkçe
2009
OnkolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL SAKIZLI
- Meme kanseri ve meme kanser kök hücrelerinde telomeraz inhibitörü bıbr1532 ajanının etkisinin moleküler biyolojik açıdan incelenmesi
Molecular biological investigation of telomerase inhibitor bibr1532 agent effect in breast cancer and breast cancer stem cells
FATMA DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Tıbbi BiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇIĞIR BİRAY AVCI
- Meme kanseri dokusunda MED13 ve SRP9 gen ifade düzeylerinin araştırılması
Analysing of MED13 and SRP9 gene expression levels in breast cancer tissue
SARE BURCU KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET GÜVEN
- Dynamic mapping of protein interactions in cancer
Kanserde protein etkileşimlerinin dinamik haritalanması
GİZEM GÜLFİDAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA