Comparative statistical microarray analysis of yeast data under heat shock stress
Isı şoku stresi altındaki ekmek mayası tek-kanallı mikrodizin verisinin karşılaştırmalı istatistiksel analizi
- Tez No: 368910
- Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ, DOÇ. DR. REMZİYE YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: İstatistik, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Bölümü
- Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mikrodizin teknolojisi, biyoloji ve biyokimya bilimlerinde en çok kullanılan deneysel metotlardan birisidir. Bu yenilik sayesinde birçok gen istatistiksel yöntemler aracılığıyla eş zamanlı olarak analiz edilebilmektedir. Dolayısıyla bu çalışmada ekmek mayasının sıcaklık şoku stresi altındaki değişimini incelemek için ölçülen yeni bir tek-kanallı mikrodizin veri setini analiz etmekteyiz. Orta Doğu Teknik Üniversitesine ait Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji AR-GE Merkezinde toplanan bu veri, henüz hiçbir farklı araştırmada değerlendirilmemiştir. Dolayısıyla bu çalışmada, bu ölçümlerin detaylı, karşılaştırmalı analizini uygulamakta ve biyolojik bulguları sorgulayıcı biçimde değerlendirmekteyiz. Bu amaçla normalizasyon, farklı ekspresyonlu genlerin bulunması, değişik hata oranları altında çoklu test, sınıflandırma ve gen açıklaması araştırması ve de yolak analizi araştırması, her bir adımdaki en iyi bilinen yaklaşımlarla karşılaştırma yaparak uygulanmaktadır. Son olarak biyolojik sonuçlar sıcaklık değişimi altında ekmek mayası hakkında yeni bilgiler bulmak amacıyla değerlendirilmektedir.
Özet (Çeviri)
The microarray technology is one of the widely used experimental methods in biological and biochemical sciences. By this innovation, a number of genes can be analyzed simultaneously by means of statistical methods. Hereby in this study we analyze a new one-channel microarray dataset that is measured to investigate the changes in heat shock stress of yeast. The data that are generated in the Molecular Biology and Biotechnology R-D Center at the Middle East Technical University has not been evaluated yet in different researches. Hence in this study we perform detailed comparative analyses of these measurements and critically assessed the biological findings. For this purpose, in the thesis, we implement the normalization, the detection of differentially expressed genes, multiple testing under different error rates, clustering and the search of gene annotation as well as pathway analyses by comparing the most well-known approaches in each step. Finally, the biological results are evaluated to get new knowledge about the yeast under changes in temperature.
Benzer Tezler
- Sağlık alanında makine öğrenmesi yöntemlerinin uygulanması: Bir açık veri seti üzerinde modellemeler ve hastalık tahmini için risk faktörlerinin belirlenmesi
Application of machine learning methods in healthcare: Modeling on an open dataset and identification of risk factors for disease prediction
UMUT SERHAT AKBULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Genetikİnönü ÜniversitesiBiyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMEK GÜLDOĞAN
- Yüksek boyutlu medikal verilerde yeni bir istatistiksel öğrenme yaklaşımı
A new statistical learning approach forhigh-dimensional medical data
DENİZ AĞIRDAN
Doktora
Türkçe
2024
İstatistikMimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesiİstatistik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYÇA ÇAKMAK PEHLİVANLI
- Development of a shiny application for comparative transcriptomics and differential gene expression
Karşılaştırmalı transkriptomik ve diferansiyel gen ekspresyonu için bir shiny uygulamasının geliştirilmesi
RONALDO LEKA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- A comparative evaluation of feature selection algorithms for cancer classification through gene expression data
Gen ifadesi verileri aracılığıyla kanser sınıflandırmasında öznitelik seçme algoritmalarının karşılaştırmalı değerlendirilmesi
ASLI TAŞÇI
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİzmir Ekonomi ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜRKER İNCE
PROF. DR. CÜNEYT GÜZELİŞ
- Comparative statistical analysis of service quality in Turkish and Romanian banking sectors (at a company level)
Türkiye ve Romanya bankacılık sektörlerindeki hızmet kalitesının karşılaştırmalı istatistik analizi (şirket düzeyinde)
MERAL CAIALI
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
İstatistikMarmara Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAUF NURETTİN NİSEL