A comparative molecular dynamics study of HLA-B51 and HLA-B52: Implications for the pathogenic role of HLA-B51 in Behçet's Disease
HLA-B51 ve HLA-B52'nin karşılaştırmalı moleküler dinamik çalışması: HLA-B51'in Behçet Hastalığı'ndaki patojenik rolü üzerine bulgular
- Tez No: 367627
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN, YRD. DOÇ. DR. MEHMET SAYAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Mühendislik Bilimleri, Tıbbi Biyoloji, Bioengineering, Engineering Sciences, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Behçet Hastalığı (BH), kronik inflamatuar bir hastalıktır ve nedeni bilinmemektedir. BH'nın HLA-B51 ile bağlantılı olduğunun bundan kırk yıl önce bulunmasından beri BH ile ilgili yapılan neredeyse her çalışma HLA-B51'in BH ile bağlantılı olduğunu doğrulamıştır. HLA-B51'in BH'nda en güçlü genetik risk faktörü olduğu defalarca doğrulanmasına rağmen, HLA-B51'in etki mekanizması tam olarak bilinmemektedir. BH, HLA-B51 ile bağlantılı olsa bile, HLA-B51 ile arasında yalnızca peptit bağlanma bölgesinde iki amino asit farkı olan HLA-B52 ile bağlantılı bulunmamaktadır. Bu farkın her iki proteinin peptit bağlı ve serbest hallerinin dinamik özelliklerine olan etkisini anlamak için bu iki MHC sınıf I proteininin on altı farklı peptit ile bağlı ve serbest hallerinin karşılaştırmalı moleküler dinamik simülasyonlarını gerçekleştirdik. Mesafe dağılım analizi peptidin bağlanmasının HLA-B52'nin daha tutarlı bir konformasyona kaymasını sağladığını, bunun yanında HLA-B51 için böyle bir kaymanın sağlanmadığını gösterdi. Atomik dalgalanma analizi buna ek olarak peptidin bağlanmasının HLA-B52'yi beklenen şekilde daha stabil bir yapıya ulaştırabildiğini, fakat -B51 üzerinde bu şekilde bir etkisinin olmadığını gösterdi. Bu gözlemlere bağlı olarak, peptit-bağlı, olgun HLA-B51 moleküllerinin instabil ve gevşek yapılarının, tamamlanmamış protein yanıtı ile endoplasmik retikulum (ER) kaynaklı proinflamatuar sinyal oluşumuna neden olarak HLA-B51'in BH'ndaki patojenik rolüne katkıda bulunduğu sonucuna ulaşılabilinir.
Özet (Çeviri)
Beh çet's Disease (BD) is a chronic inflammatory disorder and its aetiology is unknown. Nearly every genetic study related to BD has confi rmed the association of HLA-B51 with BD since the time the association was first recognized forty years ago. Despite the recurrent affi rmation of HLA-B51 as the strongest genetic risk factor in BD, the exact mechanism of action of HLA-B51 is still unknown. Even though BD is strongly associated with HLA-B51, it is found to be not associated with HLA-B52, which diff ers from HLA-B51 by only two residues found on the peptide-binding region. In order to understand the eff ect of these variations on the dynamics of the bound and unbound forms of the two proteins, we performed comparative molecular dynamics simulations on the two MHC class I proteins in the absence and presence of sixteen diff erent peptides. Distance distribution analysis showed that peptide binding results in a shift to a more coherent conformation in HLA-B52, while there is no signifi cant conformational shift in -B51. Atomic fluctuation analysis additionally showed that peptide binding makes HLA-B52 more stable, which is the expected case, whereas it does not have such an e ffect on -B51. Based on these observations, we speculate that the instability and floppiness of the overall peptide-bound structure of mature HLA-B51 molecules may contribute to its pathogenic role in BD, by causing ER stress induced proinflammatory signaling through unfolded protein response (UPR).
Benzer Tezler
- A comparative molecular dynamics study of methylation state specificty of JMJD2A
JMJD2A enziminin metilasyon spesifisitesinin karşılaştırmalı moleküler dinamik çalışması
ÖZLEM ULUCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyomühendislikKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- A multiscale computational study to elucidate dynamics, reactivity, and inhibition of enzymes
Enzimlerin dinamiğinin, reaktivitesinin ve inhibisyonunun aydınlatılmasına yönelik hesaplamalı bir çalışma
ERDEM ÇİÇEK
Doktora
İngilizce
2025
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilim ve Mühendislik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- In silico modeling and molecular dynamics simulations of a cpGFP-derived fluorescent oxytocin receptor biosensor
cpGFP'den türetilmiş floresan oksitosin reseptörü biyosensörünün in-silico moleküler modelleme ve moleküler dinamik simülasyonlarının araştırılması
BOUTHAINA ZENDER
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyomühendislikBahçeşehir ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPER DEVRİM ÖZKAN
- Combined network analysis and molecular dynamics simulations study for characterization of prevalent somatic mutations in breast cancer: Sf3b1 case study
Meme kanserinde bir hayli mutasyona uğramış bir geni karakterize etmek için birleşik ağ analizi ve moleküler dinamik simülasyonları çalışması: Sf3b1 örnek olay incelemesi
ASMAA SAMY MOHAMED MAHMOUD
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilim ve Teknolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Assoc. Prof. Dr. MEHMET KEMAL ÖZDEMİR
- Bükümlü ışıkların nanoboyutlu yarıiletken ve moleküler yapılardaki kuantum elektron dinamiği üzerindeki etkisi
The effect of twisted light on quantum electron dynamics of nanoscale semiconductor and molecular structures
FATİH KOÇ
Doktora
Türkçe
2016
Fizik ve Fizik MühendisliğiBitlis Eren ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KORAY KÖKSAL