Dynamic nature of H1N1 influenza virus hemagglutinin
H1N1 ınfluenza a virüsünün hemaglütinin proteininin dinamik yapısı
- Tez No: 356950
- Danışmanlar: PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bir virüsün konak hücreye bağlanma proteinin konak hücre ve antijen rezidülerinin dinamiği, mutasyonlar ile immün tanınmasından kaçacak şekilde değişebilmektedir. Bu çalışmanın ana amacı, 2009 yılı Influenza A pandemik virüsü Hemaglütinin (HA)proteininin Moleküler Dinamik (MD) simülasyonlarını kullanarak diğer H1N1 soyları ile karşılaştırmalı olarak dinamik yapısının incelenmesidir. HA konak reseptör hücreye bağlanma proteinidir ve aynı zamanda virüs-konak etkileşiminde önemli bir rol oynar. İnfluenza A virüs HA proteininin iki varyasyonu ve bunların rezidü 149'da mutasyon uygulanmış yapılarının dinamik davranışları, reseptör bağlanma bölgesi üzerine yoğunlaşarak ve bu mutasyonun yapılar üzerindeki karşılıklı etkileri araştırılarak çalışıldı. Rezidü 149, direk konak hücre bağlanma ya da antijen rezidüsü olmamasına rağmen klasik (R149) ve 2009 pandemik (K149) domuz gribi arasında ayırt edilen bir pozisyonda olmasından kaynaklı öneminden dolayı seçilmiştir. Rezidü 149 doğal yapı (wild-type) ve mutant yapı dinamiği koordine eden dayanak (hinge) noktalarından biri olarak belirlenmiştir. Rezidü 149 reseptör bağlanma bölgesinde yer alan 130 (rezidü 134-138) ve 220 (221-228) döngülerinin ve aynı zamanda antijen bağlanma bölgelerinin (Sa ve Ca) dinamiğini alosterik olarak etkileyebilmektedir. Bu etki K149 varyasyon yapılarında daha kuvvetli olarak ortaya çıkmaktadır. Daha kısıtlı bir hareketlilik gösteren K149 ve R149K yapıları, daha yüksek kooperativiteye ve etkili global bir HA davranışına yol açmaktadır. Genel olarak sonuçlar 149' un HA'nın konak hücre reseptörlerine bağlanma dinamiğini etkileyerek viral etkinliği arttırmada önemli rol oynayan etkenlerden biri olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Dynamics of antigenic and host receptor binding behavior of a virus binding protein can be altered via mutations that lead to escape from immune recognition. The main focus of this study is to investigate the dynamic behavior of Influenza A virus Hemagglutinin (HA) of the 2009 human pandemic H1N1 in comparison to other H1N1 strains, by Molecular Dynamics (MD) simulations. HA is the host receptor binding protein that has a key role in virus-host interaction. The dynamic behavior of HA of two Influenza A (H1N1) variants and their mutants at residue position 149 were studied comparatively between the structures to search for the effect of this position between the two variants (K149 and R149) and the mutations (K149R and R149K) with the emphasis on the Receptor Binding Domain (RBD) of HA. The residue 149 is chosen considering its importance due to being a discriminating position between classical (R149) and 2009 pandemic (K149) swine viruses, although it is directly associated with neither antigenic nor sialic binding sites. Residue 149 is also identified as one of the hinge positions in both of the variants within their wild and mutant types, implying an allosteric dynamic affect. The position 149 is found to be highly affecting the dynamics of RBD at 130 loop and 220 loop that includes the receptor binding site (RBS) residues 134-138 and 221-228 as well as antigenic binding sites (Sa and Ca), which is particularly strong for K149. The structures of K149 and R149K displaying more restricted mobility lead to a higher cooperativity and efficient global HA behavior. Overall, the results imply that allosteric dynamic effect of 149 may affect virulence as a result of altering dynamic behavior in RBD of HA.
Benzer Tezler
- The dynamic nature of positional identities in an EFL classroom: A conversation analysis-led case study
Yabancı bir dil olarak İnglizce'nin öğretildiği sınıflarda konumlandırılmış kimliklerin dinamik doğası konuşma çözümlemesi odaklı örnek olay incelemesi
ÖZLEM ÖZBAKIŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Eğitim ve ÖğretimOrta Doğu Teknik Üniversitesiİngiliz Dili Eğitimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HALE IŞIK GÜLER
- Street vendors' adaptive strategies and the dynamic nature of urban space: Developing an integrative framework in Kano, Nigeria
Başlık çevirisi yok
MUHAMMAD KABIR BALARABE
Doktora
İngilizce
2020
SosyolojiÖzyeğin ÜniversitesiTasarım Teknoloji ve Toplum Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT ŞAHİN
- Understanding the complex nature of language learner autonomy
Dil öğrenicisinin özerkliğinin karmaşık yapısını inceleme
KEVSER KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Eğitim ve ÖğretimÇağ Üniversitesiİngiliz Dili Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEHNAZ ŞAHİNKARAKAŞ
- Kapitalizmin istikrarsız doğası: K. Marx ve J.A. Schumpeter
Unstable nature of capitalism: K. Marx and J.A. Schumpeter
DERYA GÜLER AYDIN
- Dynamic control of wireless networks with confidential communications
Gizli haberleşmeli kablosuz ağların dinamik kontrolü
YUNUS SARIKAYA
Doktora
İngilizce
2014
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSabancı ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜR ERÇETİN
DOÇ. DR. ÖZGÜR GÜRBÜZ ÜNLÜYURT
