Structural aspects of ASC speck formation and its potential novel functions
ASC zerresi oluşumunun yapısal özellikleri ve potansiyel yeni işlevleri
- Tez No: 338923
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NESRİN ÖZÖREN, PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Biyoloji, Allergy and Immunology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Enflamazomlar sitoplazmada bulunan patojenleri ve hücresel hasarı tespit eden al-gılayıcılardır. NLRP3, NLRC4 ve AIM2 enflamazomlarının uyarılması sonucu hücre çe-kirdeğinin yanında mikrometre boyutlarında ASC zerresi adında, enflamazom aktivitesinin gerçekleştiği platform olduğu düşünülen bir yapı oluşmaktadır. ASC proteini payrin bölgesi (PYD) ve kaspaz bağlanma bölgesi (CARD) isimli iki bölgeden oluşmuştur ve bu bölgeler yüksek miktarda anlatıldığı durumda filament yapıları oluşturmaktadır. EGFP-ASC kaynaşık proteini üzerinde mutasyonlar oluşturarak ASC zerresini bozan mutasyonları ta-radık. Oluşturduğumuz mutasyonların bir bölümü ASC zerresini, ASC?ı oluşturan bölge-lerinin oluşturduğu filament yapılarına benzer yapılara dönüştürdü. Bu mutasyon tara-masına paralel olarak, PYD veya CARD ayrışık mutant bölgelerini tek başına anlatarak yaptığımız deneylerde; tam boyutlu ASC proteininde ASC zerrelerini bozan mutasyonların kısaltılmış proteinlerde filament yapısını bozduğunu tespit ettik. PYD?nin oluşturduğu fil-ament yapılarının tip I etkileşmesi sonucu oluştuğu önerilmiştir. Tip I etkileşmesini bozan D48A mutasyonlu PYD kullanarak, yabanıl PYD filamentlerine mutant D48A-PYD?nin bağlanabildiğini gösterdik. Bu sonuç PYD?nin alternatif bağlanma modlarının olduğunu önermektedir. ASC proteininde oluşturduğumuz mutasyonların ASC zerrelerinin yapısını tamamen değiştirmesi, ASC zerre yapısının düzenli bir yapı olduğunu önermektedir. Tezin ikinci kısmı, ASC zerrelerinin sitozolik çeşitli proteinleri ko-agrege edebildiği gözlemine dayanmaktadır. ASC zerrelerinin sitozolik proteinlerini ko-agrege edebilmesinin antijen sunumunda önemli olabileceğini önermekteyiz. ASC proteini halihazırda enflamazoma bağlı ve bağımsız yolaklar ile antijen sunumu ile ilişkilendirilmiştir. ASC zerreleri üzerinde sitoplazmik proteinlerin ko-agregasyonu ve antijen sunumundaki potansiyel ilişkisinden, ileride aşı teknolojisinin geliştirilmesinde yararlanılabilir.
Özet (Çeviri)
Inflammasomes are cytoplasmic sensors that detect presence of intracellular patho-gens or cellular damage. Activation of NLRP3, NLRC4 and AIM2 inflammasomes is ac-companied by formation of a micrometer sized perinuclear structure called the ASC speck which is thought to be the platform for inflammasome activity. We carried out a mutational screen on the EGFP-ASC fusion protein in to determine ASC speck disrupting mutations. The ASC protein has two domains, namely pyrin domain (PYD) and caspase recruitment domain (CARD) which form filament structures when overexpressed in HEK293T cells as seperate domains. A subset of mutations we introduced in the full length ASC protein changed the globular ASC speck structure into filaments, which were similar to the fila-ments formed by the individual domains of ASC. We repeated a parallel mutational screen on PYD or CARD as seperate domains and found that mutations disrupting the ASC speck in the full length ASC construct also disrupt the filaments in the domain only constructs. The filaments formed by PYD was proposed to be formed by type I inter-actions. By using the type I binding mode deficient D48A mutant PYD, we showed that D48A-PYD is able to interact with wt PYD filaments, which indicates that PYD has alternative binding modes. Our results suggest that the ASC speck is an organized structure, as single mutations introduced in ASC changes the ultimate structure completely. The second part of the thesis is based on the observation that the ASC speck is able to co-aggregate a wide range of cytosolic proteins on itself. We postulate that antigen co-aggregation of the ASC speck might be important in antigen presentation. The ASC protein has already been implicated in the antigen presentation pathway via inflammasome dependent and independent mechanisms. Co-aggregation of cytosolic proteins on the ASC speck has potential implications in antigen presentation pathway which could be exploited to build better vaccines in the future.
Benzer Tezler
- Yeşilköy, tarihi merkezde (Köyiçi), sosyal, yapısal ve kentsel oluşumun irdelenmesi
Yeşilköy-Köyiçi a study concerning an historical center development of the social and structural
FATMA YILDIRIM
- LALE: Yeni bir hafif siklet blok şifreleme algoritması tasarımı
LALE: A new lightweight block encryption algorithm design
FATMA BETÜL PAK
- The evolution of the theory of financialization: The case of Turkey
Finansallaşma teorisinin evrimi: Türkiye örneği
SİNEM BAĞÇE
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
EkonomiGalatasaray Üniversitesiİktisat Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURAK GÜRBÜZ
- Türkiye'de aile yapısı-eğitim sistemi içerisinde çocuklarda yaratıcı düşünce oluşturma bağlamında televizyonun rolü
The Function of television in the Turkish familial and educational structure in terms of the stimulation of creative thinking in children
NİLGÜN ZONGUR (KOŞAK)
Yüksek Lisans
Türkçe
1996
Eğitim ve ÖğretimMimar Sinan Güzel Sanatlar ÜniversitesiY.DOÇ.DR. GÜLİZ ERGİNSOY
- Fremdsprachenlernen und dessen Relevanz für den tourismussektor in der Türkei
Türkiye?de turizm sektöründe yabancı dil öğretimi ve bu alanda ortaya çıkan sorunlar ve çözüm önerileri
HAFİZE NURSEN AKTAŞ
Yüksek Lisans
Almanca
2010
Alman Dili ve EdebiyatıGazi ÜniversitesiAlman Dili Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAHSİN AKTAŞ