Identification of C17orf45 protein and the effects of its snorNAs on cell cycle
C17orf45 geninin proteinini belirleme ve snorNA'larının hücre döngüsü üzerindeki etkisi
- Tez No: 338917
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Beta katenin, Biyoinformatik, Hücre döngüsü, Kütle spektroskopisi, Neoplazm hücreleri, Neoplazmlar, Proteinler, RNA, İmmün boyama, Beta catenin, Bioinformatics, Cell cycle, Mass spectroscopy, Neoplastic cells, Neoplasms, Proteins, RNA, Immunoblotting
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Wnt / beta-katenin sinyal yolağının hücre üzerinde önemli etkileri vardır ve bu yolak ve bileşenleri üzerindeki düzensizlikler kanser ile ilişkilendirilmiştir. Daha önce laboratuvarımızda yapılan SAGE ve mikroarray analizleri ile Wnt / beta-katenin yolağında anlatımı değişen genler bulunmuş ve hücreye aktif beta-katenin verildiğinde c17orf45 geninin anlatımının arttığı gözlenmiştir. Ayrıca bu gen Wnt yolağı hedef geni olarak da belirlenmiştir. Bunun yanı sıra, farklı kanser türlerinde anlatımı değişen genleri belirlemek amacıyla geliştirilen bir biyoinformatik program vasıtasıyla c17orf45 geninin anlatımının bir çok kanser türünde farklılık gösterdiği saptanmıştır. Laboratuvarımızda gerçekleştirişen başka bir çalışmada ise genin anlatımının menenjiyom örneklerinde arttığı gözlenmiştir. Bunula beraber, c17orf45 geni intronik bölgelerinde 3 farklı snoRNA barındırdığı bilinmektedir. SnoRNA'ların asıl görevlerinin rRNA üzerindeki translasyon sonrası modifikasyonlarda görev almak olduğu kabul edilse de son zamanlarda snoRNA'ların kanser oluşumundaki rolü belirlenmiştir. Bu çalışmada, c17orf45 geninin olası proteini ve snoRNA'larının hücre döngüsü üzerindeki etkisi araştırılmıştır. PAML analizi bu genin işlevsel bir protein üretebileceğini işaret etmesine rağmen Western blot sonuçları kullanılan antikorun olası proteini tanımadığını göstermiştir. Ayrıca, snoRNA'ların kanser hücreleri üzerindeki etkisini görmek amacıyla genin snoRNA'ları HBB geninin intronik bölgesine klonlanmış ve eksonların uç uca eklenmesi sonrası introndan fonksiyonel snoRNA'ların çıkması hedeflenmiştir. Bu bağlamda yapılan deneyler pozitif sonuç vermiş olup bir sonraki aşamada snoRNA'ların hücre döngüsü üzerindeki olası etkileri farklı kanser hücre hatları üzerinde analiz edilmiş; ancak hiç bir hücre hattında belirgin bir fark gözlenememiştir.
Özet (Çeviri)
The Wnt / ß-catenin signaling has many important roles in cellular responses and dysregulation of this pathway are linked to tumor formation. Priorly, SAGE and microarray analyses were performed in our laboratory in order to detect differentially expressed genes in Wnt / ß-catenin pathway and c17orf45 gene was found to be upregulated in the presence of constitutively active ß-catenin. It was characterized as a novel Wnt / ß-catenin target. A bioinformatics tool designed by our former lab member was used to detect differentially expressed genes in different tumor samples from online data. This indicated that the expression level of c17orf45 gene was altered in distinct tumors. Besides, the upregulation of c17orf45 was experimentally observed in meningi-oma samples. Moreover, c17orf45 gene is accepted as the host gene for 3 snoRNAs in its introns. SnoRNAs are mainly involved in post-transcriptional modification of ribo-somal RNAs; however the roles of snoRNAs in cancer are currently identified. In this study, the putative protein product of c17orf45 gene and the effects of 2 snoRNAs residing in introns of c17orf45 on different cancer cells were analyzed. Bioinformatics and PAML analyses for c17orf45 ORF revealed that there might be a positive selection for putative protein of the gene. Western Blot analysis done to identify the putative protein resulted in that the antibody did not target the protein of c17orf45. Besides, to examine the possible effects of snoRNAs, snoRNAs were cloned into intronic region of HBB gene encompassed by exonic parts in order to splice intron out. This would lead to obtain functional, processed snoRNAs. Splicing were verified with RT-PCR, Real Time PCR and YFP fused HBB construct which depended on joining of exons and splicing out of intron. Then, snoRNA constructs were introduced to different cancer cell lines to determine the effects of snoRNAs on cell cycle. However, none of the cells with 2 dif-ferent time points indicated an alteration on cell cycle.
Benzer Tezler
- Characterization of C17orf45 as a novel target of the Wnt/B-catenin pathway
Wnt/B-katenin yolağının yeni hedef geni olarak C17orf45'in karakterize edilmesi
TUNCAY ŞEKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. AHMET KOMAN
YRD. DOÇ. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Identification of a theoretical framework for the natural-essential properties of settlements bound to human identity
Yerleşmelerin doğal-özge özelliklerinin insan kimliğine bağlı olarak kavramsal çerçevesinin tanımlanması
YUNUS EŞKİNAT
Yüksek Lisans
İngilizce
1990
MimarlıkOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALUK PAMİR
- Identification of motives for language study at the Police Academy
Başlık çevirisi yok
NECAT KUMRAL
Yüksek Lisans
İngilizce
1990
Eğitim ve Öğretimİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiYabancı Dil Olarak İngilizce Öğretimi Ana Bilim Dalı
DR. AARON S. CARTON
- Identification of the reading comprehension needs of the freshman students at the university of Gaziantep
Başlık çevirisi yok
MEHMET SEMİH SUMMAK
- Identification of nonlinear dynamical systems using multilayer perceptrons
Doğrusal olamayan devingen düzgelerin çok tabakalı algılayıcılar kullanılarak tanıyımı
TANSEL VOYVODAOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
1992
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiPROF. DR. MÜBECCEL DEMİREKLER