Genetically accurate models of SOD1-based ALS in drosophila: Validation and characterization
SOD1-temelli ALS'nin genetik açıdan hassas drozofila modelleri: Doğrulama ve karakterizasyon
- Tez No: 338914
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
SOD1 geni, ALS?ye yol açtığı belirlenen ilk gendir. 1993 yılında ilk defa tanımlanmasından beri SOD1?deki mutasyonlar, ALS?ye neden olan diğer genlerin aksine, başka hiçbir hastalık ile ilişkilendirilmediğinden, SOD1, ALS alanında süregelen araştırmaların, en önemli odak noktası olmuştur. Sadece 153 amino asitten oluşan SOD1 proteinin her tarafına eşit olarak dağılmış olan 160?tan fazla mutasyon bulunmaktadır ve bu mutasyonlar proteine toksik bir işlev kazandırmaktadır. Bugüne dek 20?den fazla SOD1-temelli ALS hayvan modeli geliştirilmiş ve bu modeller mutasyona uğramış SOD1?in de rol aldığı, oksidatif stres, yanlış katlanmış protein birikimi, endoplazmik retikulum stresi ve glutamat eksitotoksisitesi gibi hastalık mekanizmalarının anlaşılmasında son derece faydalı olmuştur. Buna rağmen, tüm bu modeller, knock-out veya over-expression çalışması olmanın olumsuzluklarını taşımaktadırlar. Bu tez çerçevesinde, SOD1-temelli ALS?nin, Drozofila?da genetik açıdan hassas bir modelinin yapılması hedeflenmiş ve dört SOD1 mutasyonu (G37R, H48R, H71Y ve G85R), Drozofila SOD1 geni içerisine homolog rekombinasyon yöntemi kullanılarak yerleştirilmiştir. Mutantların karakterizasyonu için yaşam süresi ve larva hareketliliği analizleri uygulanmıştır. Bunun yanında, yaşamsal bütünlük gibi, genotip-fenotip ilişkilendirmeleri için, mutantların genotip oranları incelenmiştir. Ayrıca, ALS patogenezinde olası rol oynayan aday genlerin anlatım düzeylerini ölçmek için RT-PCR metodu uygulanmıştır. Bu çalışma, yeni ve güçlü bir yöntem olan homolog rekombinasyonu, ALS alanında uygulayan ilk çalışmadır. Çalışma kapsamında oluşturulan genetik açıdan hassas Drozofila modellerinin ALS ve nörodejeneratif süreçlere yol açan mekanizmaları daha iyi anlamamıza yardımcı olacağını umuyoruz.
Özet (Çeviri)
SOD1 has been a unique target of ALS research as the first identified gene of the disease; since 20 years, SOD1 has not been related to any other disease unlike other ALS-causing genes. There are more than 160 mutations seen in ALS patients scattered all around the small protein that cause the mutant protein to gain a toxic function. Up to date, more than 20 SOD1-based animal models have been developed that helped us gain insights to the mechanisms in which mutant SOD1 is involved, e.g. oxidative stress, misfolded protein aggregation, endoplasmic reticulum stress and glutamate excitotoxicity. Even so, all these models had their own drawbacks as being either knock-out or over-expression studies. In this respect we aimed to develop an accurate model of SOD1-based ALS using ends-out homologous recombination (HR) in Drosophila. In this study, four previously defined SOD1 missense mutations (G37R, H48R, H71Y and G85R) were introduced into the endogenous locus of Drosophila SOD1 (dSOD). For the characterization of mutants, life span and larval motility assays were used. In addition, genotypic ratios of the mutants were observed for genotype-phenotype correlations and expression levels of several candidate genes, possibly involved in ALS pathogenesis, were compared among mutants using quantitative RT-PCR. This is the first study, which successfully implements homologous recombination, a new and powerful approach to ALS. We hope that, genetically accurate models of SOD1-based ALS, generated via homologous recombination, will further help us gain insights into the complex mechanisms involved in neurodegenerative processes.
Benzer Tezler
- Genetically accurate models of SOD1-based ALS in drosophila melanogaster
SOD1 kaynaklı ALS'nin Drozofila melanogaster'da genetik açıdan doğru şekilde modellenmesi
PINAR DENİZ
- Molecular recognition based self assembly of engineered proteins on nanoscaled gold surfaces
Nano-ölcek metal yüzeylerde moleküler tanıma esaslı kendiliğinden montaj olabilen protein tasarımı
BANU TAKTAK KARACA
Doktora
İngilizce
2015
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. CANDAN TAMERLER
YRD. DOÇ. DR. BÜLENT BALTA
- Otozomal resesif geçiş gösteren mikroftalmili bir ailede mikrodizin ve ekzom sekanslama yöntemi ile yeni genlerin araştırılması
Investigation of new genes in a family with microphthalmia by microarray and exome sequencing methods
SEZEN GÜNTEKİN ERGÜN
Doktora
Türkçe
2015
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜVEM GÜMÜŞ AKAY
PROF. DR. FERDA EMRİYE PERÇİN
- Kritik organ için doz tayini ve absorblanmış doz için yeni geometri faktörün saptanması
Dose determination for critical organ and ascertain of new geometry factor for absorbed dose
DOĞAN YAŞAR
Doktora
Türkçe
1999
Nükleer Mühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiNükleer Uygulamalar Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. BERİL TUĞRUL
- Kas (detrusor) invazyonu göstermeyen (PTA ve PT1) mesane karsinomlarında histolojik derecelendirme, P53, PHH3 ve Kİ-67 immünhistokimyasal belirleyicileri ve FGFR3 mutasyonunun prognoz ile ilişkisi
Histological grading, p53, phh3, ki-67 immunhistochemical markers and FGFR3 mutation relationship wi̇th prognosis in nonmuscle invasi̇ve (PTA and PT1) bladder cancers
SERAP TAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Patolojiİstanbul ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUDE YASEMİN ÖZLÜK