Modeling of TLR4 signal transduction pathway
TLR4 sinyal yolağının modellenmesi
- Tez No: 328148
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YAVUZ EKŞİ, DOÇ. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Biyofizik, Biyokimya, Allergy and Immunology, Biophysics, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yaşam ile ilgilenen bilim alanlarının başlıca uğraşısı yaşamsal birimi oluşturan parçaların düzenini ve dinamiğini anlamaktır. Bu uğraş karmaşık etkileşimler içeren çok parçacık problemini çözmeye benzer, ki bu durumda parçacıkların yerini yüksek sayıda gen, protein ve diğer moleküller alır. Biyolojik yapıyı oluşturan temelleri anlamanın etkin yolarından biri de bilgisayar ortamında bu tarzda hesaplamalı modeller oluşturmaktır. Biz bu çalısmada vücudun doğal bağışıklık sisteminde önemli rol oynayan NF?B-I?B sinyal modülünü kotrol teorisi yöntemleri kullanarak, ve yine hayati açıdan çok onemli TLR4-MyD88, interferon beta sinyal yolağı isimli iki yolağını reaksiyon kinetiği differansiyel denklemleri kullanarak bilgisayar ortamında modelledik. Bağışıklık sistemini sinyal yolaklarının bu tür bilgisayar modelleri ile kombinasyonu, yolakları tek tek incelendiği zaman açıklamanın mümkün olmadığı pek çok olaya çözüm getirebilir. Bu durum göz önünde bulundurularak bu çalışmadaki modeller ile literatürdeki ilgili yolaklarının modelleri uyumlu olarak geliştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
A principal challenge for the life sciences is to understand the organization and dynamics of those components that make up a living system. Understanding the systems of cellular processes is very similar to solving many body problems including complex interactions, in this case among a large number of genes, proteins and other molecules. One way to achieve such an aim is passing thought the investigation of signaling pathways by computational modeling approaches. In this study we examine NF?B-I?B signalling module by control theory methods and the interactions between the TLR4 MyD88 independent pathway and interferon pathway by utilizing reaction kinetics ODEs. The model designed to reproduce the published IRF3, IFNß, data in the literature and to estimate the profile for ISGF3 after triggered directly by IFNß and in indirect manner by MyD88 independent pathway.
Benzer Tezler
- Diesel motorları yakıt püskürtme sistemlerinin dinamik simülasyonu
Başlık çevirisi yok
İRFAN KARAGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ BORAT
- Akaryakıtla çalışan endüstriyel tav fırınlarında yanma, sıcaklık ve basıncın optimum kontrolu
Optimum control of combustion temperature and pressure in industrial tempering furnaces working with fuel-oil
MEHMET EROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Makine MühendisliğiGazi ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YÜCEL ERCAN
- İki katlı pamuk ipliklerinden dokunan kumaşlarda örgüye bağlı olarak maksimum atkı sıklığının değişimi üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MELTEM ASLI NARTER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- Toprak ve tarım reformu uygulamasında öncelikli köylerin tesbitine ilişkin bir yöntem uygulaması
Başlık çevirisi yok
SABİR ATASEVER
- The Effect of government price support on wheat farming and wheat marketing in Turkey
Başlık çevirisi yok
GÜNEŞ GÜLSEN ÖZEL
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
EkonomiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiYöneylem Araştırması Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİM DOĞRUSÖZ