Genomic and proteomic analysis of chemoresistance in breast cancer cell lines: MCF-7 and MDA-MB-231
Kemoresistant MCF-7 ve MDA-MB-231 hücre hatlarında proteomik ve genomik analizlerin yapılması
- Tez No: 309358
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜVEYDA BAŞAĞA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Onkoloji, Moleküler Tıp, Genetik, Bioengineering, Oncology, Molecular Medicine, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Dirençlilik, Sisplatin, Resistance, Cisplatin
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, 6 tekrarlı ardışık düşük doz (1 mikromolar) ilaç muamelesini takiben yüksek doz (30 mikromolar) ilaç verilerek, MCF-7/R6 ve MDA-MB-231/R2 olarak adlandırılan sisplatine dirençli adenokarsinom hücre hattı oluşturulmuş ve 48 saat sonunda 30 mikromolar ilaç verilerek apoptotik cevaba bakılmış ve kemoresistans durumu değerlendirilmiştir.Microarray çalışması için RNA izole edilmiş, analiz için 48000 gen probu (Illumina Human WG-6 BeadChip) kullanılmıştır. Gen ekspresyon verileri MATLAB 2009 kullanılarak analiz edilmiş ve fark gösteren genler belirlenmiş ve ilaç resistant mekanizmalarını anlamak için proteomik analiz yapılmıştır.Verilerimiz ışığında ilaca dirençliliğin oluşmasını sağlayan GSTP1 ve ABCB6 gibi markör genlerin transkripsiyonlarının MCF-7/R6 hücrelerinde arttığı görülmüştür. Kendiliğinden dirençli olan: MDA-MB-231 ve sonradan dirençli olan MCF-7/R6 hücreleri NF-kappa-B yolağını aktive etmede benzer fakat MAPK yolağında ise farklı davranmışlardır. MCF-7/R6 hücreleri NF-kappa-B yolağını p50 alt birimi ile aktive etmekle birlikte Foxo3a transkripsiyon faktörünü çekirdeğe geçişini sağlamıştır.Hücre ölümü, Foxo ailesi ve MAPK seviyelerinden sorumlu olan genler, MCF-7/R6 ve MDA-MB-231/R2 hücrelerinde protein seviyesinde de anlamlı bir şekilde değişmiştir. Transkripsiyon faktörü olan Foxo1 ve Foxo3a fosforilasyon seviyelerindeki değişim MCF-7/R6 hücrelerinin apoptosise olan rezistantını göstermektedir. Hücre döngüsü, tumor baskılayıcı, ve östrojen reseptör seviyelerinin MCF-7/R6 hücrelerinde değiştiği görülmüştür.Datalarımız açık olarak farklı rolleri olan kemoresistant mekanizmasına müteakip birçok protein ve yolak teşhis etmiştir. Bu bilgiler klinikte kullanılmak üzere doğrulanabilir.
Özet (Çeviri)
In this study, cisplatin-resistant adenocarcinoma breast cancer cell lines, labeled MCF-7/R6 and MDA-MB-231/R2 were established by 6 replicative sequential treatment of low doses (1 micromolar) over high doses (30 micromolar) of cisplatin and chemoresistance was evaluated as apoptotic response to 30 micromolar cisplatin for 48 hours. Throughout the study parental cells were used as control.RNA was isolated to conduct microarray study to analyze 48000 gene probes (Illumina Human WG-6 BeadChip). Gene expression data was analyzed by MATLAB 2009 and identification of differentially expressed genes were further studied by proteomic analysis to understand the drug resistance mechanisms.Our data indicated that transcription of drug resistant marker genes, such as GSTP1 and ABCB6 were upregulated in MCF-7/R6 cell line. Both intrinsically resistant cell line: MDA-MB-231 and acquired resistant cell line: MCF-7/R6 were similar in activating NF- kappa-B pathway but not MAP kinase pathway. In MCF-7/R6 cell line NF-kappa-B pathway was transactivated through p50 subunit, as well as translocation of Foxo3a transcription factor into the nucleus.Genes responsible for cell death, Foxo family and MAPK levels were found to change significantly at protein and genetic level in MCF-7/R6 and MDA-MB-231/R2 cells. Phosphorylation levels in transcription factor Foxo1 and Foxo3a were found to change MCF-7/R6 cells, indicating resistance to apoptosis. Moreover, cell cycle, tumor suppressor and estrogen receptor levels were found to be altered in MCF-7/R6 cell line.Our data clearly identify several proteins and pathways which have distinct roles in chemoresistance mechanism. This knowledge can be further validated in a clinical setting.
Benzer Tezler
- Comprehensive transcriptomic and genomic analysis of oxidative stress-resistant saccharomyces cerevisiae
Oksidatif strese dirençli saccharomyces cerevısıae suşunun transkriptomik ve genomik analizi
NAZLI KOCAEFE ÖZŞEN
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
- Machine learning approach to quantification of intra-tumour heterogeneity using genomic, epigenomic and proteomic data
Genomik, epigenomik ve proteomik verileri kullanarak tümor içi heterojenite nicelleştirmesine makine öğrenmesi yaklaşımı
ERSİN ONUR ERDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGÜR CAN TURNA
- Malignite potansiyeli belirsiz uterin düz kas tümöründe proteomik analiz sonuçlarının klinik ve patolojik bulgular ile değerlendirilmesi
Evaluation of proteomic analysis results in uterine smooth muscle tumors of uncertain malignant potential in relation to clinical and pathological findings
AYŞE DAŞ ÇERÇİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
PatolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMİNE KILIÇ BAĞIR
- Kronik lenfositik lösemi B hücreleri ve normal B hücrelerinin karşilaştirmali proteomik analizi ile yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi
Determination of new biomarkers by comparative proteomic analysis of chronic lymphocytic leukemia B cells and normal B cells
AYŞE CANER
- Sıçanlarda deneysel kolit modelinde alfa-pinen'in terapötik potansiyelinin genomik, proteomik, in vivo çalışmalar ve histopatolojik incelemeler ile araştırılması: TLR4/NF-κB sinyal yolağının rolü
Investigation of the therapeutic potential of α-pinene in an experimental colitis model in rats via genomic, proteomic, in vivo studies, and histopathological analyses: The role of the TLR4/NF-κB signaling pathway
ABDULSELAM SAĞLAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Eczacılık ve FarmakolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NACİYE DÖNDAŞ