Kronik lenfositik lösemi B hücreleri ve normal B hücrelerinin karşilaştirmali proteomik analizi ile yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi
Determination of new biomarkers by comparative proteomic analysis of chronic lymphocytic leukemia B cells and normal B cells
- Tez No: 624728
- Danışmanlar: PROF. DR. AYFER HAYDAROĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Onkoloji, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Apolipoproteinler E, Biyobelirteçler, Biyoinformatik, Lösemi, Lösemi-lenfositik-kronik-B hücreli, Mikrodizilim analizi, Neoplazmlar, Proteomik, Tanı koyma, Apolipoproteins E, Biomarkers, Bioinformatics, Leukemia, Leukemia-lymphocytic-chronic-B-Cell, Microarray analysis, Neoplasms, Proteomics
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kronik Lenfositik Lösemi (KLL) batı ülkelerinde en yaygın olarak görülen erişkin lösemi tipi olup geniş bir klinik spektrum gösteren heterojen bir B hücresi kanseridir. KLL hastalarında genomik değişiklikler büyük oranda bildirilmiş ve genomik-transkriptomik teknikler hastalığın tedavisi, prognozu, sınıflaması ve progresyonu ile ilgili yönleri incelemek için temel bir araç olarak kullanılmıştır. Bununla birlikte, gen ekspresyonu her zaman B hücresindeki proteinlerin ekspresyonunu gerçekten temsil etmediği için proteomik yaklaşımlar konusunda ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu tez çalışmasında, DNA-bazlı protein afinite reaktifleri kullanılarak karşılaştırmalı proteomiks analizler ile KLL hastası ve sağlam kişilerin B hücre örnekleri arasındaki proteom seviye farklılıklarının saptanması ile bu proteinlerin etkin olduğu metabolik yolakların, hastalığın tanı ve tedavisinde kullanılabilecek biyobelirteçlerin ve yeni ilaç hedeflerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Proteomik test platformu ile 1129 protein araştırılmış ve 132 proteinin ekspresyon seviyesinin anlamlı olarak değiştiği saptanmıştır. Bu proteinlerin içinde en anlamlı seviyede azalan ve artan proteinlerin validasyonu moleküler testler ile yapılmıştır. Bulgular KLL hastaların ve sağlam kişilerin B hücre örneklerinde belirgin bir proteom farklılıkların olduğunu göstermiştir. Analizler ile en anlamlı oranda değişen proteinler içinden başta APOE4 ve ACY1 olmak üzere SPOCK2, GZMH, GNLY, ANXA1, LTA4H, CST2, CST6, PROS1, F9 ve THBS1 proteinlerin KLL tanısında biyobelirteç için aday olabileceği tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmada farklı biyoinformatik araçların kombine olarak kullanılması ile proteinlerin ekspresyon seviyelerindeki farklılıklar KLL hastalığı'nın LXR/RXR sinyal yolağı ve trombosit mekanizması ile ilişkili değişikliklerle bağlantılı olabileceğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is a heterogeneous B cell carcinoma that is the most common type of adult leukemia in western countries with a broad clinical spectrum. Genomic changes have been reported to a large extent in CLL patients and genomic-transcriptomic techniques have been used as a basic tool to study aspects of the treatment, prognosis, classification and progression of the disease. However, further studies are needed on proteomic approaches since gene expression does not always represent the expression of proteins in B cell. In this thesis, we aimed to determine the biomarkers that can be used in the diagnosis and treatment, new drug targets and metabolic pathways in which these proteins are effective by identifying the proteomic level differences between the KLL patient and the B cell samples of the intact individuals by using DNA-based protein affinity reagents by comparative proteomics analyzes. 1129 protein was investigated with proteomic test platform and it was determined that the expression level of 132 protein significantly changed. Among these proteins, The most significant decreased and increased proteins were validated by molecular tests. The findings showed that there was a significant difference in proteome differences between CLL patients and intact B cell samples. It has been determined that SPOCK2, GZMH, GNLY, ANXA1, LTA4H, CST2, CST6, PROS1, F9 and THBS1 proteins were found to be candidates for biomarkers in the diagnosis of CLL, mainly APOE4 and ACY1. among proteins that change most significantly with the analyzes. In addition, the differences in expression levels of proteins have shown that CLL disease may be associated with changes associated with LXR/RXR signaling pathway and platelet mechanism by the use of different bioinformatics tools.
Benzer Tezler
- Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers
Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu
ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN
Doktora
İngilizce
2025
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Hemodiyalize bağımlı kronik böbrek hastalarında gonadotropik hormonlar ile östrojen ve testosteron düzeylerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
HANDAN İLGÜNŞATIROĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıCumhuriyet ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SENA ERDAL
- Statik elektrikle yüklenmiş sıvı ilacın pamuk ilaçlamasında etkinliğinin belirlenmesi üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
ALİ BAYAT
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
ZiraatÇukurova ÜniversitesiTarımsal Mekanizasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUSUF ZEREN
- Travmatik erkek paraplojelere yüksek frekanslı TENS
Başlık çevirisi yok
SEMA ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Ortopedi ve TravmatolojiGazi ÜniversitesiKazalarda Acil Yardım ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VESİLE SEPİCİ
- Kemalpaşa etlik piliç işletmelerinin teknik ve ekonomik yönden incelenmesi
Başlık çevirisi yok
HAYRİ TUNA YÜKSELEN