Tüm eksom dizileme yöntemi ile arteriovenöz malformasyonlarda somatik mutasyon incelenmesi
Somatıc mutatıon analysıs ın arterıovenous malformatıons by total exome sequencıng
- Tez No: 301258
- Danışmanlar: PROF. DR. TÜRKER KILIÇ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Nöroşirürji, Neurosurgery
- Anahtar Kelimeler: AVM, Ekzom, Mutasyon, Arteriovenöz malformasyonlar, Malformasyonlar, Serebrovasküler bozukluklar, Vasküler hastalıklar, AVM, Exome, Mutation, Arteriovenous malformations, Abnormalities, Cerebrovascular disorders, Vascular diseases
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Nöroşirürji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Serebrovasküler malformasyonlar, arteriovenöz malformasyonlar(AVM), kavernöz malformasyonlar(CM), venöz anjiomlar(VA) ve kapiller telanjiektaziler olmak üzere dört tiptir. AVM'ler semptom oluşturan en sık vasküler malformasyonlardır.AVM'lerin moleküler patogenezlerinin anlaşılmasında azımsanmayacak yol kat edilmiş olsa da, elde edilen bulgular, bu malformasyonların oluşum ve gelişim nedenlerinin aydınlatılması konusunda henüz çok yetersizdir.Bu çalışmada, AVM'lerin patofizyolojisinde rol aldığı düşünülen ve gelişme sırasında defekti olan genlerin fonksiyonlarını yerine getirememelerinden kaynaklanan bu hastalıkta, total ekzom dizileme yöntemi kullanılarak, genom içerisinde RNA ifadelenmesi ve dolayısıyla protein üretimde görevleri olan ekzomlardan mutasyon olanları belirlenmiştir.Çalışmada, Marmara Üniversitesi Nöroşirurji Anabilim Dalı ve Marmara Üniversitesi Nörolojik Bilimler Enstitüsü bünyesinde yapılan ameliyatlarla cerrahi olarak çıkarılmış AVM dokuları ve bu hastalara ait kan örnekleri kullanılarak eşleştirilmiş dizileme yapılmıştır.Sonuçların two-tailed Fischer's exact test ile istatistiksel analiziyle p<10-4 olan somatik mutasyon olan genler belirlendi. Bu genler, ZGPAT, QTRT1, ANO7, HMHA1, HSPG2, SIGLEC1, ADAMTSL4, CROCC ve LAMA5'dir.Belirlenen genlerin fonksiyonel araştırmaları ve model transgenik hayvan çalışmalarından elde edilecek bulguların değerlendirilmesi ile AVM'nin moleküler patogenezinin aydınlatılması konusunda önemli yol katedileceği beklenebilir.
Özet (Çeviri)
Arteriovenous malformations(AVM), cavernous malformations(CM), venous anjiomas(VA) and capillary telengiectasias are four types of cerebrovasküler malformations. AVM?s are the most common symptomatic vascular malformations.The knowledge about molecular pathogenesis of AVM?s has been improving, however, it is still inadequate to identify the factors in development of AVM?s.Descriptive studies about expression of many molecules in angiogenesis and also some functional studies are unable to explain the mechanism of molecular pathogenesis of AVM?s.In this study, we identified the putative somatic mutations in genes that have role in pathophysiology of AVM?s. Total exome sequencing analysis has been used in idetifying the mutated genes.We performed whole exome capture and Illumine sequencing on AVM-blood pairs from subjects who were operated in Marmara University Department of Neurosurgery and Institute of Neurological Sciences.For somatic mutation discovery, positions in both AVM and blood DNA were evaluated by two-tailed Fisher?s exact test p<10-4. The genes are ZGPAT, QTRT1, ANO7, HMHA1, HSPG2, SIGLEC1, ADAMTSL4, CROCC and LAMA5.Functional researchs and transgenic animal model studies about these genes that have somatic mutations will make significant progress in enlightening the molecular pathogenesis of AVM?s.
Benzer Tezler
- Tüm ekzom dizileme yöntemi ile şizofreniye yol açabilecek aday genlerin belirlenmesi
Using whole-exome sequencing to identify candidate genes for schizophrenia
VEYSEL DOĞAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
PsikiyatriBülent Ecevit ÜniversitesiRuh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖMER ŞENORMANCI
- Progresif miyoklonik epilepsilerde tüm ekzom dizileme yöntemi ile ilişkili genlerinin araştırılması
Investigation of genes in progressive myoclonic epilepsies with all whole exome sequencing
GAREN HARYANYAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SİBEL AYLİN UĞUR İŞERİ
- Sendromik olmayan kraniyosinostozlu pediatrik olgularda olası aday genlerin tüm ekzom dizileme yöntemi ile incelenerek genotip – fenotip ilişkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the genotype-phenotype correlation by using the whole exome sequencing of possible candidate genes in pediatric cases with non-syndromic craniosynostosis
ELANUR YILMAZ
Doktora
Türkçe
2018
GenetikAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZGÜL ALPER
- Mutational analysis of the Arx gene and whole exome sequencing in epileptic encephalopathy patients
Epileptik ensefalopati hastalarında Arx gen mutasyon taraması ve tüm ekzom dizileme yöntemi
HANDE ÖZÜNLÜ GÜRELİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU
PROF. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
- Nörogenetik hastalıklarda ekzom dizileme analizi ile aday genlerin belirlenmesi ve zebrafish modellerinin oluşturulması
Identification of candidate genes in neurogenetic disorders by whole exome sequencing and modeling in zebrafish
AYŞEGÜL OZANTÜRK