Cloning and characterization of novel NOD like receptors as cytoplasmic immune sensors
Sitoplazmik bağışıklık alıcıları olarak yeni NOD ailesi alıcıların klonlanması ve karakterizasyonu
- Tez No: 286417
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NESRİN ÖZÖREN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Biyoloji, Biyoteknoloji, Molecular Medicine, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
NOD benzeri alıcılar dokulardaki enfeksiyonu ve hücresel hasarı tespit ederler. Amino uçtaki protein etkileşim bölgesi, orta kısımda yer alan nükleotid bağlanma alanı olarak bilinen oligomerizasyon bölgesi ve karboksil uçta bulunan lösince zengin tekrarlı bölge NLR'ların kendilerine özgü yapısıdır. NLR protein ailesi üyelerinden NLRC3, CARD bölgesiyle birlikte bu proteinlere özgü olan NBD-LRR yapısına sahiptir. T lenfositlerinde yüksek oranda ifade edilen NLRC3 geni, T hücrelerinin aktivasyonunu baskılayan yeni bir protein olarak önerilmiştir. NLRP13 proteini NBD-LRR yapısını paylaşır fakat PYRIN bölgesini kapsar. NLRP13 geninin ifade edildiği yer olarak bilinen tek doku plasentadır. Hem EGFP NLRC3 hem de EGFP NLRP13 proteinleri başlıca sitoplazmada bulunduğu fakat mitokondride de bulunabildikleri gözlemledik. Bu nedenle NLRC3 ve NLRP13 proteinlerinden sitoplazmik bağışıklık alıcıları olarak söz edilebilir. NLRC3 veya NLRP13 proteinlerinin inflamazom bileşenleri ile olası etkileşimlerini belirlemek için eş-immünçöktürme deneyleri yapıldı. Bu deneyler sonucunda, hem NLRC3 hem de NLRP13 proteinlerinin ASC ve Kaspaz 1 proteinleri ile etkileşimde olduğunu ilk kez biz gösterdik. İmmünçöktürme sonuçları konfokal mikroskobu ile yapılan eş-yerleştirme deneyleriyle HEK293FT hücrelerinde doğrulandı. Konfokal mikroskobu altında ECFP Kaspaz 1 ve RFP ASC proteinleri, EGFP NLRC3 veya EGFP NLRP13 proteinleriyle birlikte HEK293FT hücrelerinde ifade edildiğinde inflamazom benzeri komplekslerin oluştuğu tespit edildi. İmmünçöktürme sonuçlarından biri NLRC3 proteinin Kazpaz 5 ile etkileşebiliceğini öne sürmektedir. RFP NLRC3 ile EGFP Kazpaz 5 proteinleri HEK293FT hücrelerinde eş yerleşmiştir. NLRC3 geninin devamlı EGFP ASC ifade eden HEK293FT hücrelerinde ifade edilmesi, ASC proteinin doza ve zamana bağlı olarak speck oluşumunu artırmaktadır. Ancak NLRP13 geninin doza ve zamana bağlı ifadesi ASC proteinin speck oluşturmasını NLRC3 kadar arttırmamıştır. NLRC3 ve NLRP13 proteinlerinin NF-kB sinyal yolağı üzerine olan etkisi luciferaz haberci gen deneyi ile test edilmiş, hem NLRC3 hem de NLRP13 proteinlerinin NF-kB sinyalini düşürdüğü gözlenmiştir.
Özet (Çeviri)
NOD like receptors recognize infection and cellular damage. They are characterized by an N terminal protein interaction domain, central oligomerization domain, termed nucleotide binding domain and leucine rich repeat domain at the C-terminus. NLRC3 protein has the characteristic NBD-LRR configuration with a CARD domain. T lymphocytes have the highest expression level of NLRC3. It was suggested that it functions as a novel suppressor of T cell activation. NLRP13 shares the NBD-LRR configuration, but contains a PYRIN domain. Placenta is the only known tissue to express NLRP13. We found that both EGFP-NLRC3 and EGFP-NLRP13 fusion proteins are mainly localized in the cytoplasm but they can also be localized in mitochondria; therefore, they can be considered as cytoplasmic immune sensors. To determine the possible interactions of NLRC3 and NLRP13 with inflammasome components, co-immunoprecipitation experiments were performed. Co-IP results suggest that both NLRC3 and NLRP13 can interact with ASC and Caspase 1. The outcomes of Co-IP were verified with co-localization of ASC and Caspase 1 with NLRC3 and NLRP13 in HEK293FT cells via confocal microscopy. Under confocal microscopy, we detected for the first time that inflammasome like complexes assembled when Caspase 1 and ASC were co-transfected with NLRC3 or NLRP13 in HEK293FT cells. One of the Co-IP results suggests that NLRC3 can also interact with Caspase 5 and RFP NLRC3 co-localized with EGFP Caspase 5 in the HEK293FT cells. Dose and time dependent transfection of NLRC3 induces the speck formations of ASC in the stable EGFP ASC HEK293FT cells. However, NLRP13 does not cause speck formation as efficiently as NLRC3. To test the effects of NLRC3 and NLRP13 on NF-kB signaling, luciferase reporter gene assay has been performed. Overexpression of NLRC3 and NLRP13 proteins resulted in NF-kB downregulation.
Benzer Tezler
- Isolation and characterization of a novel tyrosinase enzyme from native bacterial straine, production of the enzyme by cloning, characterization of the recombinant enzyme and analysis of its biotechnological applications such as production of l-dopa and melanin
Doğal bakteri suşlarından tirozinaz enzim izolasyonu, karakterizasyonu, üretici genin klonlanması, rekombinant enzimin karakterizasyonu ve l-dopa ve melanin üretimi gibi biyoteknolojide kullanılabilirliği
EBRAHİM VALİPOUR
Doktora
İngilizce
2015
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURHAN ARIKAN
- Cloning, characterization and expression of a novel metallothionein gene (mt-d) from Triticum durum
Triticum durum'dan yeni bir metalotionin (mt-d) klonlanması, karakterizasyonu ve gen anlatımı
HASAN ÜMİT ÖZTÜRK
- Cloning, characterization and expression of a novel metallothionein gene from triticum durum and theoretical and experimental structure-function relationship prediction
Triticum durum'dan yeni bir melotionin geninin klonlanması karakterizasyonu ve gen anlatımı; ve teorik ve deneysel yapı-fonksiyon ilişki tahmini
KIVANÇ BİLECEN
- Cloning, expression and biochemical characterization of full size and truncated novel CCDC-124 protein in e. coli
E.coli'de tam boyutlu ve kesilmiş yeni CCDC-124 proteinin klonlaması, ekspresyonu ve biyokimyasal özellikleri
ASYAH ABBAS ABBOOD ABBOOD
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜNİR TUNÇER
- pRTA, yeni bir vektör ve TA klonlama: Bilinmeyen antibiyotik direnç genlerinin karakterizasyonu için yöntem
pRTA, a new vector and TA cloning: A method for characterization of novel antibiotic resistance genes
HANİFE SALİH
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜLENT BOZDOĞAN