Bioinformatic analyses in microsatellite-based genetic diversity of Turkish sheep breeds
Türk koyun ırklarının genetik çeşitliliklerinin mikrosatelit belirteçler kullanılarak biyoenformatik yöntemlerle incelenmesi
- Tez No: 276646
- Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Genetik varyasyon, Koruma, Koyunlar, Mikrosatelitler, Bioinformatics, Genetic variation, Conservation, Sheep, Microsatellites
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, on üç Türk koyun ırkının (Sakız, Karagül, Hem?in, Çine Çaparı, Norduz, Herik, Akkaraman, Dağlıç, Gökçeada, ?vesi, Karayaka, Kıvırcık ve Morkaraman; toplamda 628 birey) ırk içi ve ırklar arası genetik çe?itliliği, 20 mikrosatelit lokusu kullanılarak incelenmi?tir.Lokuslar Polimeraz Zincir Reaksiyonu kullanılarak yükseltgenmiş ve ürünler elektronik ortamda kaydedilip bireylerin genotiplerini temsil eden [628 x 20]?lik bir matrise çevrilmiştir. Genotiplemenin güvenilirliği ve genetik çeşitlilik analizi pek çok biyoenformatik araçları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Analizler için Fischer?ın Kesinlik Testi, Komşu-Birleştirme Ağaçları, Faktöriyel Birleştirici Analizi (FCA), Moleküler Varyasyon Analizi, Yapı Analizi ve Delaunay Analizi gibi istatistiksel yöntemler kullanılmıştır. Bu analizler yapılırken bazen bir yazılımın çıktısı diğer yazılımın girdisi ile uyumlu olmadığından gerek görülen durumlarda çevirimi yapacak Java Sınıfları geliştirilmiştir.Gerçekleştirilen analizler temel büyük ırklardan Dağlıç, Karayaka ve Morkaraman ırklarının yüksek derecede karışmış olduklarını; ancak Kıvırcık, Akkaraman ve ?vesi ırklarının göreceli olarak bu ırklardan ayrılmış olduğunu göstermiştir. Diğer taraftan küçük ırklardan Hemşin, Sakız, Çine Çaparı, Gökçeada ve Karagül ırklarının farklıkları diğerlerine gore daha çok göze çarpmaktadır. Yapı ve FCA testleri ile yüksek derecede karışmış bireyler saptanabildiğinden, TURKHAYGEN-I (www.turkhaygen.gov.tr) ulusal projesinin de bir parçası olan bu çalışmanın sonuçları, zor çevresel koşullara uyum sağlayabilen genetik çeşitliliğin korunmuş olduğu düşünülen Türk yerli koyun ırkları için oldukça saf koruma sürüleri oluşturmada umut vericidir.
Özet (Çeviri)
In the present study, within and among breed genetic diversity in thirteen Turkish sheep breeds (Sakız, Karagül, Hemşin, Çine Çaparı, Norduz, Herik, Akkaraman, Dağlıç, Gökçeada, ?vesi, Karayaka, Kıvırcık and Morkaraman; in total represented by 628 individuals) were analyzed based on 20 microsatellite loci.Loci were amplified by Polymerase Chain Reactions and products were electronically recorded and converted into [628 x 20] matrix representing genotypes of individuals. Reliability of the genotyping and genetic diversity analyses were done by means of various bioinformatics tools. For the analyses, various statistical methods (Fisher?s Exact Test, Neighbor-Joining tree construction, Factorial Correspondence Analysis (FCA), Analysis of Molecular Variation, Structure Analysis and Delaunay Analysis) were used. Since, inputs of some software were not compatible with the outputs of other software some Java classes were written whenever necessary.Analyses revealed that among the major breeds Dağlıç, Karayaka and Morkaraman breeds are highly admixed but Kıvırcık, Akkaraman and ?vesi are relatively distinct. Among the minor breeds, distinctness of Hemsin, Sakız, Çine Çaparı, Gökçeada and Karagül are more pronounced compared to all of the examined breeds. Since highly admixed individuals can be identified by Structure and FCA tests, results of the present study, which is part of a national project with the acronym TURKHAYGEN-I (www.turkhaygen.gov.tr), were found to be promising in establishing and managing relatively pure conservation flocks for the Turkish native sheep breeds which are believed to be the reservoirs of genetic variability.
Benzer Tezler
- Resolving reticulate speciation in bisexual and parthenogenetic lizards of genus Darevskia in East Anatolia and Caucasus
Doğu Anadolu ve Kafkaslardaki Darevskia genusuna ait eşeyli ve eşeysiz (partenogenetik) üreyen kertenkelelerin ağsı türleşme sürecinin çözümlenmesi
MERİÇ ERDOLU
Doktora
İngilizce
2023
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SOMEL
DR. ÖĞR. ÜYESİ OLEKSIY YANCHUKOV
- Kolorektal adenokarsinomda Hippo-YAP/TAZ sinyal yolağı elemanlarının immün ifadeleri ve genomik alterasyonları
Immunohistochemical expression and genomic alterations of Hippo-YAP/TAZ pathway components in colorectal adenocarcinoma
FURKAN TEKMANLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Tıbbi Biyolojiİstinye ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUNAY DOĞAN
DOÇ. DR. MURADİYE ACAR
- Molecular investigation of CHEK2 variants of unknown significance (VUS) found by genetic screening of breast and colorectal cancer patients and healthy individuals in Turkish population
Türk popülasyonunda meme ve kolorektal kanser hastaları ile sağlıklı bireylerde genetik tarama ile saptanan klinik önemi bilinmeyen CHEK2 varyantlarının moleküler incelemesi
NİSAN DENİZCE CAN
Doktora
İngilizce
2026
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Quantitative changes in repetitive DNA elements during replicative senescence of human mammary epithelial cells
İnsan meme epitel hücrelerinin replikatif senesensi sırasında tekrarlayan DNA elementlerindeki nicel değişimler
BÜŞRANUR ÇELTİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Biyolojiİzmir Ekonomi ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CİHANGİR YANDIM
- Comparative next generation sequencing data analysis
Karşılaştırmalı yeni nesil dizileme verisi analizi
MEHMET ARİF ERGÜN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BAYSAN