Kolorektal adenokarsinomda Hippo-YAP/TAZ sinyal yolağı elemanlarının immün ifadeleri ve genomik alterasyonları
Immunohistochemical expression and genomic alterations of Hippo-YAP/TAZ pathway components in colorectal adenocarcinoma
- Tez No: 1005120
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUNAY DOĞAN, DOÇ. DR. MURADİYE ACAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Kolorektal neoplazmlar, Bioinformatics, Colorectal neoplasms
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstinye Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kolorektal adenokarsinom (KRA), yüksek morbidite ve mortalite yükü ile klinik seyri değişken bir malignitedir ve Hippo signaling pathway-Yes-Associated Protein/ Transcriptional Co-Activator with PDZ-Binding Motif (Hippo-YAP/TAZ) sinyal yolağındaki düzensiz aktivasyonun KRA tümör biyolojisine katkısı son yıllarda giderek daha fazla dikkat çekmektedir. Bu tez çalışmasında, 2022-2025 yılları arasında KRA tanısı almış 68 vakaya ait Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Tissue (FFPET) bloklarında Serin 127 pozisyonunda fosforile edilmiş Yes-Associated Protein (fosfo-YAP (Ser127)) ve TAZ'ın protein seviyeleri immünohistokimya (İHK) yöntemiyle değerlendirilmiş ve elde edilen histoskorlar, vakalara ait klinikopatolojik faktörlerle karşılaştırılmıştır. Biyoistatistiksel analizlerde fosfo-YAP ve TAZ immün ifadelerinin yaş, cinsiyet, tümör boyutu, histolojik derece ve American Joint Committee on Cancer (AJCC) evresiyle anlamlı bir ilişki göstermediği saptanmıştır (p>0.05). Buna karşın fosfo-YAP ekspresyonunun tümör budding skoru ile anlamlı ilişki gösterdiği (p=0.034) ve Tumor Budding Grades (BD1-BD2) grupları arasında anlamlı fark bulunduğu belirlenmiştir (post-hoc p=0.03). Ayrıca fosfo-YAP ekspresyonunun tümör depozitleri (p=0.020), Microsatellite Instability/Mismatch Repair (MSI/MMR) durumu (p=0.026) ile anlamlı ilişkili olduğu anlaşılmıştır. TAZ immün ifadesinin ise histolojik alt tipler arasında anlamlı farklılık gösterdiği (p=0.046) ve lenf nodu kategorilerinde pN0-pN1 grupları arasında anlamlı fark içerdiği belirlenmiştir (p=0.033; post-hoc p=0.032). Ayrıca, fosfo-YAP ve TAZ'ın nükleer/sitoplazmik boyanma paterninden hareketle hesapladığımız Hippo-YAP/TAZ aktivitesindeki artışın perinöral invazyon (PNI) varlığı ile anlamlı ilişkide olduğu (p=0.022) saptanmıştır. İkinci aşamada temel biyoinformatik araçları kullanarak, Hippo-YAP/TAZ sinyal yolağı ile ilişkili olduğunu literatür taramasıyla belirlediğimiz 25 genin (STK3, STK4, SAV1, LATS1, LATS2, MOB1A, MOB1B, YAP1, WWTR1, TEAD1-4, NF2, AMOT, AMOTL1-2, WWC1-3, FRMD6, VGLL4, CCN1-2, ANKRD1) moleküler profili; protein-protein etkileşim ağları (STRING ve SIGNOR ile), genomik alterasyonları (cBioPortal ile; 15 KRA kohortu/4053 vakada), protein ifadesi ve promotör metilasyon durumları (UALCAN ile) değerlendirildi. Ayrıca TCGA-COAD ve TCGA-READ verileri kullanılarak R programlama dili aracılığıyla diferansiyel gen ekspresyon analizleri gerçekleştirildi (51 normal, 647 tümör dokusunda). cBioPortal verilerine göre yolak ilişkili genlerin genomik alterasyonları genel olarak düşük-orta sıklıkta saptanmış olup en yüksek oranlar STK4 (%6) ve LATS2 (%5) genlerindeydi. Bunu WWC3 ve TEAD2 (%4) izlerken, YAP1 (%1) ve WWTR1 (%1.4) daha düşük oranlarda alterasyon göstermişti. UALCAN verilerine göre YAP1 promotör metilasyon düzeyinin tümör dokularında normale kıyasla anlamlı olarak arttığı görüldü (37 normal, 313 primer tümör dokusunda; p<0.001). Differential Expression (DE) analizinde YAP1 ve WWTR1'in de dahil olduğu 14 gen normal dokulara kıyasla tümör dokularında yüksek anlamlılık seviyesinde değişim gösterdi (BH corrected q<0.05) ancak bu değişim İHK sonuçlarımız ile uyumlu olarak tümör dokularının evrelerine göre farklı değildi. Anlamlı değişim gösteren genlerden oluşan Hippo-YAP/TAZ gen imzası, ROC analizine göre normal ve tümör dokularını ayırt etmede yüksek tanısal performans gösterdi (AUC=0.907). YAP1 ve WWTR1 ekspresyon düzeyi ile genel sürvi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptanmadı (sırasıyla p=0.74; p=0.057). Bulgular birlikte değerlendirildiğinde Hippo-YAP/TAZ ekseninin KRA'da evreden bağımsız biçimde invazyon/agresif fenotiple ilişkili olabileceği ve yolak ilişkili gen imzasının tanısal ayrımda güçlü bir potansiyel taşıdığı söylenebilir. Bulguların daha geniş örneklemlerde doğrulanmasına ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Colorectal adenocarcinoma (CRC) is a malignancy with a high morbidity and mortality burden and a variable clinical course, and the contribution of dysregulated activation in the Hippo signaling pathway-Yes-Associated Protein/ Transcriptional Co-Activator with PDZ-Binding Motif (Hippo-YAP/TAZ) signaling pathway to CRC tumor biology has attracted increasing attention in recent years. In this thesis study, the protein levels of phospho-YAP (Ser127) and TAZ were evaluated by immunohistochemistry (IHC) in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Tissue (FFPET) blocks from 68 cases diagnosed with CRC between 2022-2025, and the obtained histoscores were compared with the clinicopathological factors of the cases. In biostatistical analyses, it was determined that phospho-YAP and TAZ immune expressions did not show a significant relationship with age, gender, tumor size, histological grade, and American Joint Committee on Cancer (AJCC) stage (p>0.05). However, phospho-YAP expression showed a significant association with tumor budding score (p=0.034), and a significant difference was found between Tumor Budding Grades (BD1-BD2) groups (post-hoc p=0.03). In addition, phospho-YAP expression was found to be significantly associated with tumor deposits (p=0.020),(Microsatellite Instability/Mismatch Repair (MSI/MMR) status (p=0.026). TAZ immune expression, on the other hand, showed a significant difference between histological subtypes (p=0.046) and was found to have a significant difference between pN0-pN1 groups in lymph node categories (p=0.033; post-hoc p=0.032). In addition, an increase in Hippo-YAP/TAZ activity calculated based on the nuclear/cytoplasmic staining pattern of phospho-YAP and TAZ was found to be significantly associated with the presence of perineural invasion (PNI) (p=0.022). In the second stage, using basic bioinformatics tools, the molecular profile of 25 genes (STK3, STK4, SAV1, LATS1, LATS2, MOB1A, MOB1B, YAP1, WWTR1, TEAD1-4, NF2, AMOT, AMOTL1-2, WWC1-3, FRMD6, VGLL4, CCN1-2, ANKRD1) that we determined to be associated with the Hippo-YAP/TAZ signaling pathway through a literature review was evaluated; protein-protein interaction networks (with STRING and SIGNOR), genomic alterations (with cBioPortal; in 15 CRC cohorts/4053 cases), protein expression and promoter methylation statuses (with UALCAN) were assessed. In addition, differential gene expression analyses were performed using TCGA-COAD and TCGA-READ data via the R programming language (in 51 normal, 647 tumor tissues). According to cBioPortal data, genomic alterations of pathway-related genes were generally detected at low-to-moderate frequency, with the highest rates in STK4 (6%) and LATS2 (5%). This was followed by WWC3 and TEAD2 (4%), while YAP1 (1%) and WWTR1 (1.4%) showed alterations at lower rates. According to UALCAN data, YAP1 promoter methylation levels were found to be significantly increased in tumor tissues compared to normal (in 37 normal, 313 primary tumor tissues; p<0.001). In Differential Expression (DE) analysis, 14 genes including YAP1 and WWTR1 showed highly significant changes in tumor tissues compared to normal tissues (BH corrected q<0.05), but this change was not different according to the stages of tumor tissues in line with our IHC results. The Hippo-YAP/TAZ gene signature composed of genes showing significant changes demonstrated high diagnostic performance in distinguishing normal and tumor tissues according to ROC analysis (AUC=0.907). No statistically significant relationship was found between YAP1 and WWTR1 expression levels and overall survival (p=0.74; p=0.057, respectively). When the findings are evaluated together, it can be said that the Hippo-YAP/TAZ axis may be associated with invasion/aggressive phenotype in CRC independently of stage and that the pathway-related gene signature has a strong potential in diagnostic discrimination. There is a need for validation of the findings in larger samples.
Benzer Tezler
- Sigmoid kolon volvuluslarında cerrahi tedavi
Başlık çevirisi yok
OSMAN BARAN TORTUM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1988
Genel Cerrahiİstanbul ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ALİ HAYDAR TAŞPINAR
- İlerlemiş mide ve kolerektal kanserde 5-fluorouracil+cisplatinum ve/veya folinic acid tedavisinin sonuçları
Başlık çevirisi yok
AYFER HELVA
- Kolorektal karsinomlar ve kolonun diğer lezyonlarında çevre mukoza değişiklikleri. (59 kolon rezeksiyon materyalinin morfolojik ve histokimyasal değerlendirilmesi)
Surrounding mucosa changes in colorectal carcinomas and the other lesions of the colon (histochemical and morphologic evaluation of 59 colon resection specimens)
AYŞE DURSUN