Geri Dön

Proteomic study and flux analysis of metabolic pathways of halophilic microorganisms

Halofilik mikroorganizmaların metabolik yollarının proteomik çalışması ve akı analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 276015
  2. Yazar: SELİM CEYLAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK KAZAN, YRD. DOÇ. BERNA S. AKBULUT
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalışmada Ege Bölgesi, İzmir Çamaltı Tuzlasından izole edilen ve Halomonas sp. AAD12 olarak isimlendirilen gram negatif ılımlı halofilik bakterinin çeşitli stres koşullarına verdiği proteomik cevaplar incelenmiştir. 16S rDNA gen dizi analizleri sonucunda AAD12' nin, Halomonas soyundan olan Halomonas halophila' ya %99 benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Halomonas sp. AAD12 bakterisinin yüksek tuz konsantrasyonu, düşük sıcaklık, fenol ve oksijen azlığı gibi farklı stres koşullarına adaptasyonu proteom teknolojisi araçları kullanılarak incelenmiştir. Proteom analizleri iki boyutlu jel elektroforez ile gerçekleştirmiştir. Optimum ve stres şartlarındaki proteom haritaları karşılaştırılarak stres şartlarında ekspresyonu artan ya da azalan proteinler belirlenmiştir. Matrix-assisted laser desorption ionization time of flight kütle spektrometrisi (MALDI-TOF) farklı miktarlarda sentezlenen proteinleri tanılayarak bakteride gerçekleşen bu adaptasyon tepkilerinin anlaşılmasında kullanılmıştır. Stres şartlarına adaptasyon sürecinde değişikliğe uğrayan çok sayıda protein, AAD12 nin çevresel değişiklikler karşısında gen ekspresyonunu değiştirdiğini göstermektedir. Proteomik ve fizyolojik çalışmalar, AAD12 metabolizmasının stres şartlarında direnç kazanırken ya da büyürken etkili bir şekilde yeniden organize edildiğini göstermiştir. Tanımlanan proteinlerin, protein ve nükleik asit sentezinin korunmasında, taşınımda ve oksidatif stres metabolizmalarında hayati önem taşıdıkları belirlenmiştir. Bu çalışma ılımlı halofilik bakterilerin oksijen azlığı ve fenole adaptasyon mekanizmalarının proteomik analiz teknikleri kullanılarak incelendiği ilk çalışmadır. Ayrıca bu çalışmada AAD12' nin tuzlu atık sulardan fenol uzaklaştırılması için önemli olan fenolün biyo-bozunumu kabiliyetine de sahip olduğu belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

In this study, proteomic response of a gram-negative, moderately halophilic bacterium, designated as strain AAD12 isolated from Çamaltı Saltern Area, located in Aegean Region of Turkey to various stres conditions was investigated. Strain AAD12 belongs to the genus Halomonas, with an identitiy of 99.0% to Halomonas halophila based on the 16S rDNA gene sequence. The adaptation ability of Halomonas sp. AAD12 to various stress conditions such as high salinity, low temperature, phenol, and oxygen limitation was studied using proteomics tools. Proteome analysis carried out by means of two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis. Comparative analysis of the proteome profiles of strain AAD12 grown normal and stress conditions allowed us to identify up-regulated and down-regulated proteins under stress conditions. Matrix-assisted laser desorption ionization time of flight (MALDI) mass spectrometry was used to identify differentially expressed proteins for understanding adaptive responses within the bacterium. The impressive number of proteins that displayed changes in their relative rates of synthesis during the adaptation to stress conditions conveys the idea that strain AAD12 is an organism in which gene expression varies in response to environmental changes. The proteomic and physiological data presented in this study reveal that stress conditions induce a deep metabolic reorganization in strain AAD12 either during the process of acquisition of resistance or during growth in stress conditions. The identified proteins included those that play vital roles for maintenance such as protein and nucleic acid synthesis, transport and oxidative stress. This is so far the first study on oxygen limitation and phenol adaptation of moderately halophilic bacteria using proteomic tools. Phenol degradation ability of the strain was also determined which is promising for degradation of phenolic substances in saline wastewaters.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    216522

    Proteomic study of light responses in Rhodospirillum centenum

    Işığa duyarlı Rhodospirillum centenum için proteomik çalışma

    FATİH MEHMET İPEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    BiyokimyaFatih Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. BARIK SALİH

    PROF. DR. BART DEVREESE

  2. Tez No

    309358

    Genomic and proteomic analysis of chemoresistance in breast cancer cell lines: MCF-7 and MDA-MB-231

    Kemoresistant MCF-7 ve MDA-MB-231 hücre hatlarında proteomik ve genomik analizlerin yapılması

    TUĞBA MEHMETOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyomühendislikSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜVEYDA BAŞAĞA

  3. Tez No

    442022

    Proteomic analysis of two cephamycin C overproducer and an industrial clavulanic acid overproducer strains of streptomyces clavuligerus in comparison with the standard strain NRRL 3585

    Streptomyces clavulıgerus'un iki ayrı sefamisin C aşırı üretici suşu ve bir endüstriyel klavulanik asit aşırı üreticisinin standard suş NRRL 3585 ile karşılaştırmalı proteomik analizi

    ESER ÜNSALDI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ

  4. Tez No

    473179

    Proteomic studies and its application to biological samples using mass spectrometry

    Proteomik çalışmaları ve kütle spektrometresi kullanılarak biyolojik örneklere uygulanması

    MELDA ZEYNEP GÜRAY

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TALAT YALÇIN

    DOÇ. DR. HÜSEYİN ÇAĞLAR KARAKAYA

  5. Tez No

    365597

    A proteomic approach to the comparison of two pine species: proteomes of pinus brutia and pinus sylvestris under environmental stress

    İki çam türünün karşılaştırılmasına proteomik bir yaklaşım: Pinus brutıa ve Pinus sylvestrısın çevresel baskı altında proteomları

    CAN YILMAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyokimya Bölümü

    PROF. DR. MESUDE İŞCAN

Geri Dön