Investigation of crosstalk between Wnt and Hedgehog signaling pathways
Wnt ve Hedgehog sinyal ileti yollarının birbirleriyle olan etkileşimlerinin incelenmesi
- Tez No: 270437
- Danışmanlar: PROF. KUTLU ÖZERGİN ÜLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Son yıllarda, embriyonik gelişimde önemli role sahip evrimsel açıdan korunmuş sinyal ileti yolları yoğun bir ilgi görmektedir. Bu ilginin arkasındaki en önemli faktör, sinyal ileti yollarındaki (Hedgehog, Notch, Wnt vb.) herhangi bir işlev bozukluğunun insanda çeşitli hastalıklara, özellikle de kansere sebep olmasıdır. Ayrıca, bu sinyal ileti yolları izole sistemler olmayıp, aksine birbirleriyle etkileşim halindedirler. Bu çalışmada, her biri kanser tedavisi sürecinde tedaviye ilişkin yeni yaklaşımlar açısından önem arzeden Wnt/ß-katenin ve Hedgehog sinyal ileti yolları incelenmiştir. Protein-protein etkileşimleri ve Gen Ontolojisi ifadelerinin bütünleştirilmesi yoluyla, D.melanogaster (meyve sineği) organizmasında Wnt/ß-katenin ve Hedgehog sinyal ileti ağyapıları yeniden kurulmuştur. Bu yöntem, kurulan sinyal ileti ağyapılarına biyolojik açıdan Wnt/ß-katenin ve Hedgehog sinyal ileti yollarında olma olasılığı yüksek proteinlerin dahil edilmesini sağlamıştır. Oluşturulan ağyapılarının boyuttan bağımsız bir topoloji ile küçük dünya özelliklerine sahip olduğu görülmüştür. Bunun yanısıra, ağyapı içerisindeki giriş proteininden başlayıp çıkış proteininde sonlanan tüm doğrusal yolizleri bulunmuştur. Reseptör proteinlerinin (wnt ligandının reseptörü fz2, hedgehog ligandının reseptörü ptc) doğrusal yolizlerinde giriş ve çıkış proteinlerinden sonra en yüksek katılım yüzdesine sahip olduğu saptanmıştır. Kurulan Wnt/ß-katenin (656 protein) ve Hedgehog (568 protein) sinyal ileti ağyapılarının her ikisinde de görev alan 477 adet ortak proteinin tespit edilmesi, bu iki sinyal ileti yollarının birbiri ile etkileşim halinde olduğunu ortaya koymaktadır. Bu karmaşık sinyal ileti yollarındaki düzenleyici proteinlerin tespiti, sinyal iletim ağlarındaki aksaklığın sebep olduğu tümör oluşumlarının engellenmesi açısından önem teşkil etmektedir. Literatürde potansiyel ilaç hedefi olarak gösterilen arm, frizzled reseptörleri (fz ve fz2), arr, Apc, Axn, ci, ve ptc proteinleri, aynı zamanda kurulan Wnt/ß-katenin ve Hedgehog sinyal ileti ağyapılarında temel proteinler olarak tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
In the last few years, an intense interest is being shown in the evolutionarily conserved signaling pathways which have crucial roles during embryonic development. The most intriguing factor behind this interest is that malfunctioning of these signaling pathways (Hedgehog, Notch, Wnt etc.) leads to several human diseases, especially to cancer. Furthermore, these signaling pathways are not isolated highways, contrarily they interact with each other in a number of ways. This study deals with the ß-catenin dependent branch of Wnt signaling and the Hedgehog signaling pathways which offer potential targeting points for cancer drug development. Here, through integration of protein-protein interaction data and Gene Ontology annotations, the Wnt/ß-catenin and Hedgehog signaling networks consisting of proteins with statistically high probability of being biologically related to these signaling pathways were reconstructed in D. melanogaster. The reconstructed networks have scale-free topologies like most of the other biological networks. Furthermore, the linear paths which mediate the signal from the input proteins to the output proteins were identified in these reconstructed networks using interacting proteins. The receptors (fz2 for the Wnt ligand and ptc for the Hedgehog ligand) were found to be involved in the linear paths with the highest participations following the input and output proteins for both Wnt and Hedgehog signaling networks. Lastly, the identification of 477 common proteins between the reconstructed Wnt/ß-catenin (656 proteins) and Hedgehog signaling (568 proteins) networks revealed that these two signaling networks interact with each other. The identification of regulatory proteins functioning in these signaling networks is crucial toward efforts for preventing tumour formation. The proteins arm, frizzled receptors (fz and fz2), arr, Apc, Axn, ci and ptc, which have been reported as potential drug targets in the literature, were also detected as essential proteins in these networks.
Benzer Tezler
- Investigation of the relationship between sphingolipid and insulin signaling pathways
Sfingolipid ve insülin sinyal iletim ağları arasındaki ilişkinin incelenmesi
KÜBRA BÜYÜKYANBOLU KARAGÖZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUTLU ÜLGEN
- Investigation, modeling and applications feasibility of the thermal crosstalk in High Tc transition edge bolometer arrays
Yüksek sıcaklık süperiletken bolometre dizilerinde termal bağlaşımın incelenmesi, modellenmesi ve uygulama olanakları
ALİ BOZBEY
Doktora
İngilizce
2006
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHDİ FARDMANESH
- Glioblastoma tedavisinde apoptoz ve otofaji arasındaki ilişkide naringinin rolünün belirlenmesi
Crosstalk between apoptosis and autophagy in glioblastoma treatment: The role of naringin
MERYEM AYŞENUR TURHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Tıbbi BiyolojiTrakya ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP BANU DOĞANLAR
- Accuracy improvements of NIRS and investigation of muscle oxidative metabolism
Yakın kızıl altı spektroskopi yönteminin doğruluğunun iyileştirilmesi ve kas oksidatif metabolizmasının araştırılması
ÖMER ŞAYLİ
Doktora
İngilizce
2009
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ATA AKIN
- Tamoxifen ve trastuzumab'a duyarlı meme kanseri hücrelerinde tamoxifen ve trastuzumab'a cevap veren mikroRNA (miRNA) profillerinin araştırılması
The investigation of tamoxifen and trasuzumab responsive mirnas in tamoxifen and trastuzumab sensitive breast cancer cell lines
SENEM NOYAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU