Geri Dön

Investigation of the relationship between sphingolipid and insulin signaling pathways

Sfingolipid ve insülin sinyal iletim ağları arasındaki ilişkinin incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 270433
  2. Yazar: KÜBRA BÜYÜKYANBOLU KARAGÖZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KUTLU ÜLGEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Sinyal iletiminde, hücre döngüsünün durdurulması, apoptoz, hücre yaşlanması ve farklılaşmasını da içeren düzenleyici iletim ağlarında önemli rol oynayan hücre zarı lipidleri, sfingolipidlerdir. Sfingolipid mekanizmasında görevi olan seramidin, insülin sinyal iletim ağındaki ana proteinlerden biri olan Akt/Protein Kinaz B'yi inhibe ettiği bilinir. Fakat sfingolipid ve İnsülin sinyal iletimleri arasındaki ilişki tam olarak açıklanamamıştır. Bu çalışmada, sfingolipid ve İnsülin sinyal iletimleri arasında önemli rol oynayan proteinler incelenmiştir. PKH1, YPK1 ve YPK2 genlerinin silinmiş olduğu Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde 30 g/l başlangıç glikoz konsantrasyonunda IPC miktarının doğal suşa göre literatürle uyumlu bir şekilde azaldığı görülmüştür. Ancak 40g/l başlangıç glikoz konsantrasyonunda delesyon mutantlarında doğal şuşa nazaran daha fazla lipid bileşimi elde edilmiş ve ortamda daha fazla glikoz kaldığı bulunmuştur. Ortamdaki başlangıç glikoz miktarı arttığında glikoz sinyal iletiminde yer alan proteinlerin etkilerinin de önemli olduğu söylenebilir. Genel olarak, deneysel sonuçlarda glikoz tüketimi ve kompleks sfingolipid üretimi arasındaki ilişki literatürle uyumlu olarak bulunmuştur. GLUT4 yer değiştirmesini etkileyen en önemli proteinlerden biri olan Akt/PKB, antikanser ilaç buluşları için kritik bir hedef proteindir. Bu yüzden, Akt2 proteini ilaç keşfi açısından incelenerek Akt2'nin cepleri hem geometrik hem de enerjik yaklaşımla tanımlanmıştır. Literatürde tanımlanmış inhibitör bağlanma amino asitlerinden, SplitPocket (geometrik yaklaşıma dayalı program) bitin amino asitleri tanımlarken, Q-SiteFinder (enerjik yaklaşıma dayalı program) sadece bir amino asit tanımlayabilmiştir. Bunun yanı sıra, bağlanma ceplerinin çözünme enerjisi, elektrostatik ve ilaç indeksleri gibi parametlerde incelenmiştir. Bu elde edilen sonuçlar, uygun ligand bulunmasında başlangıç noktası olara kullanılabilir.

Özet (Çeviri)

Sphingolipids are the membrane lipids which have significant roles in signal transduction as second messengers and in regulatory pathways including cell cycle arrest, apoptosis, senescence and differentiation. Ceramide functioning in sphingolipid metabolism is known to inhibit Akt/ protein kinase B (PKB) which is one of the core proteins of insulin signaling pathway. However, the mechanism of crosstalk between sphingolipid signaling pathway and insulin signaling pathway has not been elucidated completely. In this study, we investigated the proteins which play important roles in the association of sphingolipid and insulin signaling pathways. The deletion mutants of PKH1, YPK1 and YPK2 of Saccharomyces cerevisiae at 30g/l initial glucose concentration had reduced IPC percentages compared to wild type strain in agreement with the literature information. However, at 40 g/l initial glucose concentration, the deletion mutants resulted in higher percentages of lipid composition compared to wild type strain as well as higher amounts of remaining glucose in the medium as expected. When the initial glucose concentration in the medium was increased, the effect of other proteins having roles in glucose signal reception and transduction might be dominant. Nevertheless, the experimental results on the relation between glucose consumption and complex sphingolipid production were found to be in agreement with the literature. Then, Akt2 protein was further investigated from the aspect of drug discovery since Akt/PKB is the most significant protein that affects GLUT4 translocation, and it is also a critical target protein for anticancer drug discovery. Therefore, the pockets of Akt2 were identified by using both geometric and energetic approaches. SplitPocket (geometry-based program) identified all the residues whereas Q-SiteFinder (energetic-based program) detected only one residue that was reported as an inhibitor binding site in literature. Furthermore, solvation energy, electrostatics and druggability index of binding pockets were also estimated. These results can be used as a starting point for docking suitable ligands.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    526288

    Kistik fibrozis hastalarının alevlenme ve remisyon dönemleri plazma sfingomyelin ve seramid düzeylerinin sıvı kromatografisi-kütle spektrometresi ile belirlenmesi ve bazı inflamasyon belirteçleriyle ilişkisinin incelenmesi

    Determination of plasma sphingomyelin and ceramide levels of cystic fibrosis patients during the pulmonary exacerbation and stable period by liquid chromatography-tandem mass spectrometry and investigation of the relationship with some inflammatory markers.

    ELİFE DİLARA BAL TOPÇU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyokimyaHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YEŞİM ER ÖZTAŞ

    PROF. DR. İNCİLAY LAY

  2. Tez No

    153369

    Investigation of the relationship between aerosol and rainwater composition

    Aerosol ve yağmur suyunun içerikleri arasındaki ilişkinin araştırılması

    AHMET TÜRKÜM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    Çevre MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. GÜRDAL TUNCEL

  3. Tez No

    300698

    Investigation of the relationship between teachers' readiness for organizational change and resilience

    Öğretmenlerin örgütsel değişime hazır olmaları ile yılmazlıkları arasındaki ilişkinin incelenmesi

    ÖMER ÇALIŞKAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Eğitim ve ÖğretimOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Eğitim Yönetimi ve Planlaması Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YAŞAR KONDAKÇI

  4. Tez No

    321084

    Investigation of the relationship between pre-service science teachers understandings of nature of science and their personal characteristics

    Fen bilgisi öğretmen adaylarının bilimin doğası anlayışları ve kişisel özellikleri arasındaki ilişkinin incelenmesi

    GAMZE ÇETİNKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Eğitim ve ÖğretimOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Fen ve Matematik Alanlar Eğitimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. JALE ÇAKIROĞLU

  5. Tez No

    515136

    Investigation of the relationship between multiple sclerosis and APOE, VDR, VDBP gene mutations

    Multipl skleroz hastalığı ile APOE, VDR, VDBP gen mutasyonları arasındaki ilişkinin incelenmesi

    HAZAL GEZMİŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyoteknolojiYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DENİZ KIRAÇ

Geri Dön