Molecular identification of differentially expressed zinc related genes in cultivated bread wheat
Modern ekmeklik buğdayda, farklı ifade edilen çinko ile iliskili genlerin moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 223774
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HİKMET BUDAK, PROF. DR. İSMAİL ÇAKMAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Zn ile iliskili genler, Zn eksikligi, ekmeklik bugday, mRNAdifferential display, Zn-responsive genes, Zn deficiency, bread wheat, mRNA differentialdisplay
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Çinko (Zn) bitki türlerinin büyümesi için mutlak gerekli bir mikro besin elementedir.Çinko özellikle biyolojik membranların ve enzimlerin yapısal ve islevsel bütünlügü içingerekmektedir. Dolaysıyla, Zn eksikliginde bitkilerin büyüme ve gelismesinde siddetliazalmalar ortaya çıkar. Bitki türleri içinde bugday Zn eksikligine karsı çok duyarlı bir türolarak bilinir. Bitkilerin Zn eksikligine dayanıklılıgını belirleyen moleküler mekanizmalarhakkında çok az bilgi bulunmaktadır. Burada sunulan tez çalısmasının amacı seçilmis birmodern ekmeklik bugday genotipinde degisik dozlardaki Zn uygulamaları sonucu farklıolarak ifade edilen cDNA parçalarını incelemekti. Bu amaç dogrultusunda, belirli sayıdamodern ekmeklik bugday genotipi kullanılarak bir tarama çalısması gerçeklestirildi. Butarama çalısmasında Zn eksikligine dayanıklılık açısından genotipsel olarak kayda deger birvaryasyon gözlemlendi. Tüm ekmeklik modern bugday genotipleri arasından, çinkoeksikligine en dayanıklı genotip olarak Bezostaja belirlendi.Bu çalısmada PCR'a dayalı DNA isaretleyici yöntemlerinden mRNA differentialdisplay metodu kullanılarak, farklı çinko doz uygulamaları sonucunda seçilen ekmeklikbugday genotipinin ifade profili incelenmistir. Bu metod aracılıgı ile, 20 farklı ifade edilencDNA parçası gözlemlenmistir. zole edilen, klonlanan ve dizilimleri bulunan bu 20 cDNAparçasından 14'ü daha önceden belirlenmis, alkol dehidrogenaze, cystathionine gammasynthase, ve cation diffusion facilitator family transporter içeren protein gibi bazı proteindizilimlerine benzerlik göstermistir.
Özet (Çeviri)
Zinc (Zn) is an essential micronutrient required for adequate growth of plant species.Zinc is particularly needed for structural and functional integrity of enzymes and biologicalmembranes and directly involved in synthesis of protein. Consequently, Zn deficiency resultsin severe decreases in growth and yield. Among the crop species, wheat is very sensitive toZn deficiency. There is very limited information on the molecular mechanisms affectingexpression of high Zn deficiency tolerance. Our objective in this study is, therefore, toidentify the differentially expressed cDNA fragments in response to varying levels of Znapplications in a tolerant cultivated wheat genotype. For this purpose, we performed ascreening experiment by using a number of cultivated bread wheat genotypes which displayeda considerable variation in response to Zn deficiency. Among various modern bread wheatgenotypes tested, Bezostaja was selected as the most tolerant genotype. mRNA differentialdisplay method has been used to study the expression profile of Bezostaja genotype exposedto different Zn treatments. We observed 20 differentially expressed cDNA bands by usingmRNA differential display. Out of 20 cDNA fragments that were isolated, cloned andsequenced, 14 cDNAs displayed similarity with previously identified metal Zn bindingproteins and enzymes such as; alcohol dehydrogenase, cystathionine gamma synthase, andcation diffusion facilitator family transporter containing protein.
Benzer Tezler
- Abiyotik stresle ilişkili genlerin mRNA farklılık gösterim tekniği kullanılarak belirlenmesi ve karakterize edilmesi
Identification and characterization of abiotic stress-related genes by using mRNA differential display technique
DİĞDEM AKTOPRAKLIGİL
- Revealing temporal and functional relations in breast cancer expression profile using biclustering-based analysis
İki boyutlu kümelemeye dayalı analizle göğüs kanseri ifade davranışındaki işlevsel ve zamansal ilişkilerin açığa çıkarılması
GÜNEŞ GÜNDEM
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
BiyoistatistikKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
DOÇ. ATTİLA GÜRSOY
- Identification of a putative serine/threonine kinase implicated in FGF signal transduction and its compatibility with an FGF pathway simulation model
FGF sinyal yolağında yer aldığı düşünülen yeni bir serin/treonine kinaz proteininin tanımlanması ve bunun FGF sinyal yolağı simülasyon modeli ile uyumluluğu
FERRUH ÖZCAN
Doktora
İngilizce
2003
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BUĞRA KUYAŞ
- Identification and characterisation of two endoplasmic reticulum protein isoforms encoded by senescence-associated FAM134B gene
Hücre yaşlanmasıyla ilintli FAM134B geni tarafından kodlanan iki endoplasmik retikulum protein izoformunun belirlenmesi ve karakterizasyonu
NİLGÜN TAŞDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Studies on the molecular analysis of Turkish DMD/BMD families
Türk DMD/BMD Ailelerinin moleküler analizi üzerine çalışmalar
ARZU ÇELİK
