Expression profiles of differentially expressed genes of rat mammary adenocarcinoma in various tumor cell lines and effects of some antioxidants
Sıçan adenokarsinomlarında farklı olarak ifade edilen genlerin çeşitli tümör hücre hatlarında ifade edilme profilleri ve bazı antioksidanların etkileri
- Tez No: 197780
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HATİCE GÜNEŞ, PROF. DR. SEMRA ÜLKÜ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanser insanlar arasında, kalp hastalı ından sonra en sık görülen ölüm nedenidir.Kanserlerin ço u mutasyonlar nedeniyle olu ur. Tümör baskılayıcı genler tümörolu umlarınnda belirgin rol oynarlar. E er bir tümör baskılayıcı gen mutasyona u rarsa,tümörü olu turan fazla hücre bölünmesine öncülük edebilecek olan hücre bölünmesinikontrol etme fonksiyonunu yitirir.Yeni tedavi edici ve önleyici metodlara sahip olmak içintumör olu umu ve metastazda etki gösteren genleri saptamak önemlidir.Bir önceki çalı mada, sıçan meme adenokarsinomasında (R3230AC) az metastatikve çok metastatik olan hücre hatları arasında farklı ifade edilen genler saptanmı tır. Azmetastatik hücre hattı CAb.D5'dan sekiz, çok metastatik hücre hattı olan LN4.D6'dan altıklon elde edilmi tir (Güne ve Carlsen, 2003). Bu verilere göre, bu çalı manın amacı, farklıifade edilen bu genlerin metastatik ilgileri olup olmadı ını bulmak için bir seri farklıadenokarsinoma hücre hatlarında ifade edilme profillerini ara tırmaktır. On altı farklıhücrenin hücre kültürü ve stokları hazırlanmı ve bu hücrelerden RNA izole edilmi tir.cDNA sentezinden sonra, her cDNA klonu için kullanılan özel primerlerle RT-PCR analizigerçekle tirilmi tir. Buna göre FF-10 ve SG-1 genlerinin tümör baskılayıcı potansiyelesahip olma durumunu i aret eder biçimde metastatik olmayan hücrelerde sentezlendi i amametastatik olan hücrelerde sentezlenmedi i görülmü tür.Antioksidanlar hücrelerde oksidasyonu ve serbest radikal zararını önleyici kimyasalmaddelerdir. Antioksidanların tümör olu umunu engelleyebilece ini belirten bazı kanıtlarnedeniyle, ye il çay, beta karoten, likopen ve bunların yanısıra zeolitin kanser hücrebüyümesi ve farklı olarak ifade edilmi genlerin ifade edilme profilleri üzerine etkileriincelenmi tir. Hücreler farklı miktarlarda antioksidanlara maruz bırakılmı ve hücrebüyümeleri MTT metoduyla izlenmi tir. Antioksidanların gen ekspresyonu üzerindekietkileri RT-PCR analizi ile belirlenmi tir. Yüz mikromolar ve üzeri konsantrasyonlardaepigallokate ingalleyt (EGCG), epigallokate in (EGC) ve beta karoten belirgin biçimdehücre büyümesini engellemi tir. Likopen üç mikromolar konsantrasyonda hücrebüyümesini etkilemi tir. FH-2 geninin ekspresyonu likopen etkisiyle 1.8-kat azalmı tır. Ekolarak, EGCG, SG-1 geninin ekspresyonunu 1.14-kat arttırmı tır. Ayrıca antioksidanlardanzeolitin farklı ifade edilen genlerin ekspresyonu üzerine etkisi görülmemi tir. Daha ilerkiçalı malar için farklı ifade edilmi bu genlerin primer ve sekonder insan tümörlerindeeskpresyon profillerinin incelenmesi bu genlerin metastatik ilgisi için daha kesin sonuçlarelde etmemizi sa layacaktır.
Özet (Çeviri)
Cancer is the most frequent reason of death in humans after heart disease. Most ofthe cancers are caused by mutations in tumor suppressor genes that play distinct roles intumor formations. If a tumor suppressor gene is mutated, it loses its function to control celldivision which may lead to overgrowth of cells that leads to tumor formation. It isimportant to identify the genes involved in tumor formation and metastasis to develop newcancer prevention and treatment methods.In a previous study, differentially expressed genes were identified between poorlymetastatic and highly metastatic cell lines of rat mammary adenocarcinoma R3230AC.Eight cDNA clones from poorly metastatic CAb.D5 cell line and six cDNA clones fromhighly metastatic LN4.D6 cell line were identified (Gunes and Carlsen, 2003). The aim ofthis study was to investigate expression profiles of these differentially expressed genes in aset of different adenocarcinoma cell lines to find if they have any relation with metastasis.Cell culture and stocks of sixteen different cell lines were prepared and RNA from thesecells were isolated. After synthesizing cDNA, RT-PCR analysis was carried out usingprimers specific for each cDNA clone. It was found that the gene clones FF-10 and SG-1were expressed in non-metastatic cells but not in metastatic cells suggesting that they mayhave a tumor suppressive potential.Antioxidants are chemicals that prevents oxidation and free radical damages oncells. Because there is some evidence that antioxidants may prevent tumor formation,effects of antioxidants such as green tea catechins, beta carotene, lycopene as well aszeolite were examined on cancer cell growth and expression profiles of the differentiallyexpressed genes. The cells were treated with different amounts of antioxidants and the cellgrowth was determined by MTT assay. The effects of antioxidants in gene expression wereidentified by RT-PCR analysis. At 100µM and higher concentrations,epigallocatechingallate (EGCG), epigallocatechin (EGC) and beta carotene significantlyinhibited cell growth. Lycopene affected the cell growth at 3µM concentration. FH-2expression decreased by 1.8-fold with lycopene treatment. In addition, EGCG increasedthe SG-1 expression by 1.14-fold. No effects of antioxidants as well as zeolite on theexpression of other differentially expressed genes were observed. For further studies,investigation of expression profiles of differentially expressed genes in primary andsecondary tumors of human will give more definitive results for the metastatic relevance ofthese genes.
Benzer Tezler
- Determination of genes involved in yellow rust disease of wheat
Buğday sarı pas hastalığında rol alan genlerin saptanması
OSMAN BOZKURT
Doktora
İngilizce
2007
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Revealing temporal and functional relations in breast cancer expression profile using biclustering-based analysis
İki boyutlu kümelemeye dayalı analizle göğüs kanseri ifade davranışındaki işlevsel ve zamansal ilişkilerin açığa çıkarılması
GÜNEŞ GÜNDEM
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
BiyoistatistikKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
DOÇ. ATTİLA GÜRSOY
- Kalbe özgü“subtractive”hibridizasyon kütüphanesinden seçilen yeni genlerin analizleri
Analysis of the novel genes selected from heart specific subtractive hybridization library
AYŞE EVRİM BAYRAK
- Abiyotik stresle ilişkili genlerin mRNA farklılık gösterim tekniği kullanılarak belirlenmesi ve karakterize edilmesi
Identification and characterization of abiotic stress-related genes by using mRNA differential display technique
DİĞDEM AKTOPRAKLIGİL
- Characterization of gene expression alterations in b-catenin activated Huh7 hepatocarcinoma cell lines by construction and verification of a SAGE library
B-katein ile aktive edilmiş Huh7 hepatokarsinom hücre hattında gen anlatım farklılıklarının SAGE kütüphanesi oluşturulup doğrulanarak karakterize edilmesi
KADER ÇAVUŞOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET KOMAN
