Identification and cloning of genes induced and / or repressed upon treatments of wheat plants (avocet S) with BTH, BABA and Trichoderma harzianum Raifi KRL-AG2
BTH, BABA veya trichoderma harzianum Raifi KRL-AG2 uygulamasıyla artan ve/veya azalan buğday bitki (avocet S) genlerinin tanımlanması ve klonlanması
- Tez No: 180840
- Danışmanlar: PROF.DR. MAHİNUR AKKAYA, Y.DOÇ.DR. CANDAN GÜRAKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: farklılık gösterim tekniği, buğday, uyarılmış hastalıkdirençliliği genleri.vii, farklılık gösterim tekniği, buğday, uyarılmış hastalıkdirençliliği genleri.vii
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZBTH, BABA VEYA Trichoderma harzıanum Raifi KRL-AG2UYGULAMASIYLAARTAN VE/VEYA AZALAN BUĞDAY BİTKİ (AVOCET S) GENLERİNİNTANIMLANMASI VE KLONLANMASIAL-Asbahi, AdnanDoktora, Biyoteknoloji BölümüTez yöneticisi: Prof.Dr.Mahinur S. AkkayaOrtak Yöneticisi: Doç.Dr. Candan GürakanEkim, 122 sayfaTahılların üretimindeki en önemli sorun, bitki hastalıklarını kontrol ederkenyüksek kalite ve verim düzeyinin sürdürülmesidir. Buğday üretime en büyük zararıveren etmenler hastalığa neden olan parasitik bakteri, fungus ve virüslerdir. Bunedenle, modern tarımda buğdaydan başarılı bir şekilde yararlanmak için ön koşul,herhangi bir dirençlilik mekanizmasının anlaşılmış olmasıdır. Fungus, bakteri,mikrobiyal elisitör ve kimyasalların dirençliliği uyarması olgusu yaygın biçimdearaştırılmaktadır. Bu keşifler bitkilerdeki doğal bağışıklığa neden olan hastalığadirençlik yollarının bazı ortak öğelerinin olduğunu, ancak bunların çok azınınmoleküler düzeyde tanımlandığını göstermiştir. Bu sebeple, çalışmamızda buğdaybitkilerinin biyolojik bir elisitör olan Trichoderma harzianum küfüne ve benzo(1,2,3) tiyadiazol-7-karbotiyoik asit S-metil ester (BTH), Ã-aminobütiric asit(BABA) kimyasal indükleyicilerine maruz bırakılması ile aktive olan veyabaskılanan genlerin ortaya çıkarılması hedeflenmektedir.viİki hücre tipinde farklı ifade olmuş genlerin tanımlanmasında kuvvetli biraraç olan mRNA ?farklılık gösterim? teknolojisi, bu tezde kapsamlı bir şekildekullanılmıştır. Biyolojik elisitör Trichoderma harzianum küfü, kimyasal uyarıcılarBTH ve BABA ile muamele edilen `Avocet' çeşidine ait buğday bitkileri, muameleedilmemiş `Avocet' bitkileriyle karşılaştırıldığında aktive olan veya baskılanangenlerin bulunmasında kullanılmıştır. Farklı olarak ifade olduğu görülen cDNAbantları klonlanmış ve sekanslanmıştır. Farklı olarak ifade olduğu tanımlanancDNA bantlarının nükleotit dizileri gen bankalarında taranmıştır. Belirli bir genitemsil eden parçalar, dizi sıralaması ve hizalama yapılarak ClustalX-1.81 bilgisayarprogramında da aranmıştır.Biyolojik veya kimyasal muamele görenler ile muamele yapılmamış bitkilerarasındaki gen ifadesi farklılıklarının savunma reaksiyonu sonucunda oluştuğunuispat etmek amacıyla, farklı ifade edilmiş olan parçaların dizileri gerçek zamanlıPCR ile doğrulanmıştır. Doğrulanan genlerin doğrudan veya dolaylı olarak uyarılmışhastalık dirençliliğinde rol aldığı bulunmuştur. Bu genler, sistemik olarak kazanılmışdirençlilik (SAR) sinyalleyen savunma mekanizmalarının anlaşılması ve transgenikbuğday üretiminde yararlı olacaktır.
Özet (Çeviri)
ÖZBTH, BABA VEYA Trichoderma harzıanum Raifi KRL-AG2UYGULAMASIYLAARTAN VE/VEYA AZALAN BUĞDAY BİTKİ (AVOCET S) GENLERİNİNTANIMLANMASI VE KLONLANMASIAL-Asbahi, AdnanDoktora, Biyoteknoloji BölümüTez yöneticisi: Prof.Dr.Mahinur S. AkkayaOrtak Yöneticisi: Doç.Dr. Candan GürakanEkim, 122 sayfaTahılların üretimindeki en önemli sorun, bitki hastalıklarını kontrol ederkenyüksek kalite ve verim düzeyinin sürdürülmesidir. Buğday üretime en büyük zararıveren etmenler hastalığa neden olan parasitik bakteri, fungus ve virüslerdir. Bunedenle, modern tarımda buğdaydan başarılı bir şekilde yararlanmak için ön koşul,herhangi bir dirençlilik mekanizmasının anlaşılmış olmasıdır. Fungus, bakteri,mikrobiyal elisitör ve kimyasalların dirençliliği uyarması olgusu yaygın biçimdearaştırılmaktadır. Bu keşifler bitkilerdeki doğal bağışıklığa neden olan hastalığadirençlik yollarının bazı ortak öğelerinin olduğunu, ancak bunların çok azınınmoleküler düzeyde tanımlandığını göstermiştir. Bu sebeple, çalışmamızda buğdaybitkilerinin biyolojik bir elisitör olan Trichoderma harzianum küfüne ve benzo(1,2,3) tiyadiazol-7-karbotiyoik asit S-metil ester (BTH), Ã-aminobütiric asit(BABA) kimyasal indükleyicilerine maruz bırakılması ile aktive olan veyabaskılanan genlerin ortaya çıkarılması hedeflenmektedir.viİki hücre tipinde farklı ifade olmuş genlerin tanımlanmasında kuvvetli biraraç olan mRNA ?farklılık gösterim? teknolojisi, bu tezde kapsamlı bir şekildekullanılmıştır. Biyolojik elisitör Trichoderma harzianum küfü, kimyasal uyarıcılarBTH ve BABA ile muamele edilen `Avocet? çeşidine ait buğday bitkileri, muameleedilmemiş `Avocet? bitkileriyle karşılaştırıldığında aktive olan veya baskılanangenlerin bulunmasında kullanılmıştır. Farklı olarak ifade olduğu görülen cDNAbantları klonlanmış ve sekanslanmıştır. Farklı olarak ifade olduğu tanımlanancDNA bantlarının nükleotit dizileri gen bankalarında taranmıştır. Belirli bir genitemsil eden parçalar, dizi sıralaması ve hizalama yapılarak ClustalX-1.81 bilgisayarprogramında da aranmıştır.Biyolojik veya kimyasal muamele görenler ile muamele yapılmamış bitkilerarasındaki gen ifadesi farklılıklarının savunma reaksiyonu sonucunda oluştuğunuispat etmek amacıyla, farklı ifade edilmiş olan parçaların dizileri gerçek zamanlıPCR ile doğrulanmıştır. Doğrulanan genlerin doğrudan veya dolaylı olarak uyarılmışhastalık dirençliliğinde rol aldığı bulunmuştur. Bu genler, sistemik olarak kazanılmışdirençlilik (SAR) sinyalleyen savunma mekanizmalarının anlaşılması ve transgenikbuğday üretiminde yararlı olacaktır.
Benzer Tezler
- Identification of the role of the nuclear matrix protein C1D in DNA repair and recombination
Nükleer matriks proteini C1D'nin tamir ve rekombinasyondaki rolünün belirlenmesi
TUBA ERDEMİR
Doktora
İngilizce
2002
Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UĞUR YAVUZER
- Isolation and characterization of rust resistance marker DNAs of wheat
Buğdayda pas hastalığına karşı direnç markör DNAlarının isolasyonu ve tanımlanması
SEVGİ SALMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2000
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜGE TÜRET SAYAR
- Kalıtsal aritmojenik hastalıklarla ilişkili yeni genlerin, gen haritalama, pozisyonel klonlama, ve aday gen tarama yöntemleri ile tanımlanması
Identification of new genes involved in hereditary arrhythmogenic diseases by gene mapping, positional cloning and candidate gene screening
ECE SELEN ŞAHİN
- Identification of new genes related with bacilysin biosynthesis by Tn-10 mutagenesis method in Bacillus subtilis
Basillus subtilis`te bacilysin biyosentezi ile ilgili yeni genlerin Tn-10 transpozon mutajenez metodu ile tanımlanması
TÜRKAN EBRU AYDOĞDU KÖROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiYRD. DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- Lipaz üreticisi yerel Bacillus soylarının izolasyonu, nitelendirilmesi ve gen kütüphanelerinin hazırlanması
The isolation and identification of lipase producing local Bacillus strains and the preparation of their genomic library
HÜSEYİN BALCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. FÜSUN GÜMÜŞEL