Identification of new genes related with bacilysin biosynthesis by Tn-10 mutagenesis method in Bacillus subtilis
Basillus subtilis`te bacilysin biyosentezi ile ilgili yeni genlerin Tn-10 transpozon mutajenez metodu ile tanımlanması
- Tez No: 166407
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Bacilysin, peptid antibiyotikler, TnlQ mutasyonu, yvfl, Bacillus subtilis xii, Bacilysin, peptide antibiotics, TnlO mutagenesis, yvfl, Bacillus subtilis XI
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
BACILLUS SUBIHISTE BACILYSIN BÎYOSENTEZİ İLE İLGİLİ YENİ GENLERİN TN-10 TRANSPOZON MUTAJENEZ METODU İLE TANIMLANMASI ÖZET Bacillus türleri antimetabolik ve farmakolojik aktiviteye sahip çok çeşitli ikincil metabolitler üretirler. Bu metabolitlerin çoğu, olağan dışı bileşenlere ve kimyasal bağlara sahip küçük peptidlerdir olup peptid sentetaz adı verilen multifonksiyonel enzim kompleksleri tarafından ribozomal olmayan bir biçimde sentezlenirler. Bacillus subtilis'' in bazı suşları tarafından sentezlenen bacilysin L-alanin ve L- anticapsin' den oluşmuş bir dipeptiddir. Bacilysin biyosentezinin, ComQ/ComX, PhrC (CSF), ComP/ComA' nın etkisinde quorum sensing mekanizmasmın kontrolü altında olduğunu ve bu biyosentezin SpoOK (Opp)' ye bağlı bir biçimde gerçekleştiği gösterilmiştir. Ayrıca, bacilysin üreticilerindeki srfA operonunun bozuhuasıyla bacilysin-negatif bir fenotipin oluşması srfA operonunun doğrudan bacilysin üretimi ile ilgili olduğuna işaret etmiştir. Aynı çalışma içeresinde sporlarıma genlerinden spoOH ve/veya spoOA faktörlerinin bloke edildiği mutantiarda bacilysin üretiminin kaybolması, aynı zamanda abrB genleri bozulmuş mutantiarda bacilysin üretiminin artması ve ayrıca spoOA faktörünün bloke edildiği ve abrB geninin bozulduğu mutantiarda bacilysin-negatif fenotipin ortadan kalkması, bacilysin üretiminde görev alan bazı genlerin transkripsiyonlarmuı abrB gen ürünün negatif kontrolü altında olduğunu ve SpoOA proteini ile desteklendiğini ortaya çıkardı. Oldukça yakın bir zaman öncesinde, B. subtilis 168'in ywfBCDEF genlerinin bacilysin biyosentetik fonksiyonlar taşıdığı gösterilmiş ve bacABCDE olarak yeniden adlandınlmıştir.Bu operon içerisinde bulunan bacD geninin ise amino asid ligasyonundan sorumlu ilgili bacilysin sentetaz olduğu doğrulanmıştır. Bu bulguların devamı olarak, bu çalışmada, bacilysin biyosentezi ile ilgili yeni genlerin klonlanması ve aydınlatılması üzerine yoğunlaşılmıştır. Bu amaçla, Transpozon TnlO mutajenez metodu uygulanmıştır. Bloke olmuş mutantlar, transpozon kütüphanesinden biyoassay yolu ile fenotipik olarak seçilmiş ve üç benzer bacilysin üretemeyen mutant [Bac"::TnlO(on-$pc)] izole edilmiştir. Bu mutantiarda bloke edilmiş genler klonlanmış ve nukleotid dizileri analiz edilmiştir. Bu çalışma, B. subtilis genomunda henüz kimse tarafından tammlanmamış yeni bir gen olan yyfl geninin (bilinmeyen: transkripsiyonel düzenleyicilere benzer) biyosentezle ilgisini ortaya çıkarmamızla sonuçlanmıştır. Bunu takiben, yvfl geninin bacilysin biyosentezi üzerindeki rolünün doğrulanması amacı ile, Bacillus subtilis PY79'da yvfl genini bloke edecek bir delesyon vektörü oluşturulmuştur. (Ayvfl::spc) mutasyonunun PY79'a uygulanması bacilysin biyosentezinin eliminasyonu ile sonuçlanmıştır.
Özet (Çeviri)
IDENTIFICATION OF NEW GENES RELEATED WITH BACTLYSIN BIOSYNTHESIS BY TN-10 MUTAGENESIS METHOD in BACILLUS SUBTILIS SUMMARY The members of the species Bacillus produce a wide variety of secondary metabolites with antimetabolic and pharmacological activities. Most of these metabolites are small peptides that have unusual components and chemical bonds and are synthesized nonribosomally by multifunctional enzyme complex called peptide synthetases. Bacilysin, being produced and excreted by certain strains of Bacillus subtilis, is a dipeptide antibiotic composed of L-alanine and L-anticapsin. Biosynthesis of dipeptide antibiotic bacilysin is under the quorum sensing global regulation through the action of ComQ/ComX, PhrC (CSF), ComP/ComA and in a SpoOK (Opp)-dependent manner in B. subtilis. Additionally, the disruption of srfA operon in the bacilysin producer resulted with the bacilysin-negative phenotype, thus, this study verified that the srfA operon functions directly in the production of bacilysin. The loss of bacilysin production in spoOH and or.spoö^-blocked mutants as well as an increase in the production of bacilysin in ûrüviî-disrupted mutants and the suppression of bacilysin-negative phenotype by an abrB mutation in spoOA- blocked mutants revealed that the transcription of some gene(s) involved in bacilysin formation is under the negative control of abrB gene product which is relieved by SpoOA protein. Very recently, the ywfBCDEF genes of B. subtilis 168 were shown to carry biosynthetic core function genes renamed as bacABCDE and bacD gene was proved to encode the function of amino acid ligation. In addition to these genes, we have already identified another gene, namely yvfl (unknown; similar to transcriptional regulator) by employing Tn-10 mutagenesis method. Under the light of this findings, in this present study, we focused on cloning and identification of new gene(s) involved in the biosynthesis of bacilysin. For this purpose, Transposon TnlO mutagenesis was employed to disrupt the genes related with bacilysin biosynthesis in Bacillus subtilis PY79. Blocked mutants were phenotypically selected from the transposon library through bacilysin bioassay and three identical bacilysin nonproducer mutants [Bac"::TnlO(on'-5pc)] were selected. The disrupted gene(s) from these mutants were cloned, sequenced and characterized. This study resulted with the identification of a novel gene yvfl (unknown, similar to transcriptional regulator) involved in bacilysin biosynthesis. Next, a deletion vector for distruption of yvfl gene in Bacillus subtilis PY79 was constructed for further verification of the effect of yvfl gene on bacilysin biosynthesis. The introduction of (Ayvfl::spc) mutation into PY79 resulted in the elimination of bacilysin biosynthesis.
Benzer Tezler
- Polikistik over sendromlu ergen kızlarda ilişkili olabilecek polimorfizmlerin moleküler tanı yöntemleri ile saptanması
Determination of polymorphisms related with adolescent girls by molecular diagnostic methods
TUĞBA ÜNSAL
Doktora
Türkçe
2007
GenetikGazi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ADNAN MENEVŞE
- Similarity search and analysis of protein sequences and structures: A residue contacts based approach
Protein dizilerinin ve yapılarının benzerlik araması ve analizi: Amino asit temaslarına dayalı bir yaklaşım
AHMET SAÇAN
Doktora
İngilizce
2008
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN FERHATOSMANOĞLU
PROF. DR. İ. HAKKI TOROSLU
- Otozomal dominant ve resesif demiyelinizan charcot-marie-tooth (CMT) hastalığının klinik, genetik ve histopatolojik incelenmesi
Clinicopathological and genetic evaluation of autosomal dominant and recessive demiyelinating charcot-marie-tooth disease
MÜREVVET POYRAZ
- Identification of genes induced by BRCA1 in breast cancer cells
Meme kanseri hücrelerinde BRCA1 tarafından indüklenen genlerin tanımlanması
ARZU ATALAY
Doktora
İngilizce
2002
Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. IŞIK YULUĞ
- Bilgi teknolojilerinin okulda etkin kullanımı ile ilgili okul yöneticilerinin teknolojik yeterliklerinin belirlenmesi (Kırıkkale ili örneği)
Identification of technological competencies of school administrators related with the active usage of information technologies in schools
KEMAL ERGİŞİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Bilim ve TeknolojiKırıkkale ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. MESİHA TOSUNOĞLU