First reference map for Phanerochaete chrysosporium proteome
Phanerochaete chrysosporium proteomunun ilk referans haritası
- Tez No: 172283
- Danışmanlar: PROF.DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Proteome, Phanerochaete chrysosporium, Referans proteome haritası, 2-DE haritası, MALDI-TOF MS, Peptid kütle parmak izi. vii, Proteome, Phanerochaete chrysosporium, Reference proteome map, 2-DE map, MALDI TOF MS, Peptide mass fingerprint
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZ PHANEROCHAETE CHRYSOSPORIUM PROTEOMUNUN ILK REFERANS HARİTASI Yıldırım, Volkan Yüksek Lisans Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Gülay Özcengiz Ocak 2006, 96 sayfa Bu çalışmada, standart koşullar altında büyütülen P. chrysosporium 'un çözünür protein fraksiyonu 2D-PAGE yaklaşımı kullanılarak analiz edildi ve 2- D referans haritası oluşturuldu. Coomassie ile boyanmış 2-D jellerinden Delta2D görüntü analiz yazılımı kullanılarak 910 protein spotu belirlenmiştir. Bu spotların 720 tanesi jelden kesilebilmiş ve herbiri MALDI-TOF MS analizine tabi tutulmuştur. Daha sonra MASCOT taraması yapılarak proteinlerin kimliği belirlenmiştir. 720 protein içerisinde 517 adet protein, P. chrysosporium genom veritabanında özgün giriş numarası almış proteinlere karşılık gelmiş ve böylelikle tanımlanmıştır. Bulguların daha ileri analizi, bu proteinlerin toplam 314 farklı gen ürününü (farklı ORF leri) temsil ettiğini göstermiştir. Proteinlerin teorik p/ ve MW değerleri deneysel olarak elde edilen jelde yürüme verlerine karşı incelendiğinde, çok sayıda protein spotu için yatay ve dikey yürüme mesafeleri hesaplanan pl ve MW değerlerine gore beklenenlerden önemli farklılıklar göstermiştir. Bu analizler protein modifikasyonuna işaret etmiş olmakla birlikte, protein modifikasyonlarına dair ana kanıt aynı gen ürünü için birden çok sayıda protein spotunun varlığı olmuştur. 118 farklı ORF 'nin birden çok sayıda spot verdiği bulunmuştur; dolayısıyla bu tip ORF 'ler tanımlanan tüm farklı ORF lerin % 37.5 Mni violuşturmaktadır. Bunlar içerisinde 38 protein elektrik yükü, 10 protein molekül ağırlığı ve 70 protein hem elektrik yükü, hem de molekül ağırlığı temelinde modifikasyonlar göstermiştir. Tanımlanan 517 polipeptidin herbirinin göreceli çokluğu spot koyuluğu olarak hesaplanmıştır. En çok bulunan proteinlerin büyük çoğunluğunun“ev idaresinde”görevli proteinler olduğu belirlenmiştir. Proteinlerin 4 ana fonksiyonel kategoriye göreceli dağılımları incelendiğinde,“Metabolizma”'nın tanımlanan tüm proteinlerin % 50.6 'sini içererek en önemli kategori olduğu görülmüştür. Diğer yandan, fonksiyonel alt sınıflar içerisinde“posttranslasyonel modifikasyonlar, protein çevrimi, şaperonlar”'ı içeren ve“Hücresel İşlemler ve Sinyaller”ana kategorisi altında listelenen sınıf en yüksek sayıda tanımlanmış proteinle (104) temsil edilmiştir. Bu çalışmada listelenen proteinler içerisinde sadece 6 'sı hipotetik protein olarak tanımlanmıştır. SignalP algoritması kullanılarak yapılan biyoinformatik analiz, P. chrysosporium hücrelerinde tanımlanan 314 gen ürününden 29 'unun sinyal peptid dizilimine sahip olduğunu öngörmüştür. WoLF PSORT yazılımı kullanılarak proteinlerin hücre içi lokalizasyonları tahmin edilmiştir. Buna göre proteinlerin 147 'si sitoplazmada bulunmaktadır. P. chrysosporium 'un fosforile olmuş proteinlerinin teşhisi için 2-D jele ProQ Fosfoprotein boyası uygulanmıştır. Eksponansiyel olarak üreyen P. chrysosporium hücrelerinde gösterilen toplam 910 farklı protein spotu içerisinde 380 'inin fosforile olduğu belirlenmiştir. Bu spotlardan 96 'sı daha önce tanımladığımız proteinlere karşılık gelmiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT FIRST REFERENCE MAP FOR PHANEROCHAETE CHRYSOSPORIUM PROTEOME Yıldırım, Volkan M.Sc, Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Gülay Özcengiz January 2006, 96 pages In this study, the soluble protein fraction of P. chrysosporium grown under standard conditions was analyzed by using 2D-PAGE approach and a 2-D reference map was constructed. 910 spots could be separated and detected on Coomassie-stained 2-D gels by the help of Delta2D image analysis software. 720 spots could be cut from the master gel and were subjected to MALDI-TOF MS analysis followed by MASCOT search. A total of 517 spots out of 720 were assigned to specific accession numbers from the P. chrysosporium genome database. Further analysis of the data revealed 314 different gene products (distinct ORFs). The theoretical pi and MW values were plotted against the experimental migration distances. Results indicated the existence of 124 protein spots whose horizontal migration differed significantly from the expected migration according to the calculated pi values and 52 spots with an apparent molecular weight that is significantly different from their theoretical molecular weight. While protein modification could be predicted by these analyses, the main support was the presence of multiple spots of the same IVgene product. As much as 118 ORFs yielded multiple spots on the master gel, corresponding to 37.5% of the all distinct ORFs identified in this work. The relative abundance of each of the 517 identified polypeptides was calculated in terms of spot intensity. The majority of the most abundant proteins were found to be housekeeping ones. When the relative distribution of the proteins into four main functional categories was taken into consideration,“Metabolism”appeared the most important category with a share of 50.6% among identified proteins. However, among the functional classes,“Posttranslational modifications, protein turnover, chaperones”which is listed under the main category“Cellular Processing and Signalling”was represented by the highest number (104) of the identified proteins. Only 6 of the proteins listed in this study were assigned to hypothetical proteins. Out of the 314 identified gene products shown in P. chrysosporium, 29 were predicted to have a signal peptide sequence according to the SignalP algorithm. By making a WoLF PSORT search, subcellular localization of the proteins was predicted. Accordingly, 147 of the proteins were predicted to be located in cytoplasm. The phosphorylated proteins of P. chrysosporium were detected by ProQ phosphoprotein staining of the 2-D gel. 380 out of 910 distinct protein spots (40%) were found to be phosphorylated in exponentially growing cells of P. chrysosporium. Of these spots, 96 could be matched to the identified proteins.
Benzer Tezler
- Digital topografik haritalar ile digital ortofoto haritaların doğruluk, maliyet ve üretim zamanı açısından karşılaştırılması
Comparison of digital orthophoto maps with digital topographic maps
OKTAY EKER
- 600 MWe gücünde PWR tipi bir nükleer reaktör kalp öndizayn analizi
Başlık çevirisi yok
FARZAD REZAEİ BASHARAT
- Sayısal yükseklik modeli ve multikuadrik enterpolasyon yöntemi
Başlık çevirisi yok
ÇETİN CÖMERT
Yüksek Lisans
Türkçe
1988
Jeodezi ve FotogrametriKaradeniz Teknik ÜniversitesiHarita Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDAL KOÇAK
- Türkiye astrojeodezik ve astrogravimetrik jeoidinin belirlenmesi
Study on the determination of the Turkish astrogeodetic and astrogravimetric geoid
OSMAN ALP
- Uydu verilerinden harita kapsamında görüntü üretmenin geometrik doğruluğu
The Geometric accuracy of producing a map scene from satellite image data
CENGİZHAN İPBÜKER