Identification of Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, and Moraxella catarrhalis from sputum samples of patients with community acquired pneumonia by polymerase chain reaction
Tolum kökenli pnömoni hastalarının balgam örneklerinden Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae ve Moraxella catarrhalisin polimeraz zincir reaksiyonu ile tanımlanması
- Tez No: 167114
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. AYŞEGÜL GÖZEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Topium-kökenli pnömoni, S. pneumoniae, H.influenzae, M.catarrhalis, tanımlama, PCR, balgam. vii
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
öz TOPLUM KÖKENLİ PNÖMONİ HASTALARININ BALGAM ÖRNEKLERİNDEN STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE, HAEMOPHILUS INFLUENZAE VE MORAXELLA CATARRHALIS'İN POLÎMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU İLE TANIMLANMASI ÜSKÜDAR GÜÇLÜ AYLİN Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Yard. Doç. Dr. Ayşegül GÖZEN Ocak 2005, 83 sayfa Bu çalışma, Gülhane Askeri Tip Akademisi, Göğüs Hastalıkları Kliniğine gelen, toplum kökenli pnömoni hastalarının balgam örneklerinden en sık rastlanan üç bakteriyel izoiat oian S.pneurnoniaef H. influenzae ve M.catarrhalis' in tanımlanmasında polimeraz zincir reaksiyonunun verimini değerlendirmektedir. Çalışmada, 142 toplum kökenli pnömoni şüpheli hastalardan 107 balgam örneği, etken ajanların araştırılması için kullanılmıştır. Patojen mikroorganizmaların tanımlanmasında balgam Gram boyama ve standart mikrobiyolojik metodlar kullanılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu, S. pneumoniae, H, influenzae ve M.catarrha/is varlığının araştırılmasında aynı balgam örneklerine uygulanmıştır, Polimeraz zincir reaksiyonu ürünleri etidium bromid ile UV görüntüleme sistemiyle, %21ik agaroz jelde vigörüntülenmiştir. 107 balgam örneğinin 33 tanesi kültürde; 67 tanesi PCRf da pozitif olarak saptanmıştır. PCR sonuçlarına göre. S, pneumoniae %48.5 ile en sık rastlanan etyoiojik ajan olmuştur. H. influenzae ve M.catarrhalis insidansian sırasıyla; %18.6 ve %4.7 olarak saptanmıştır. S. pneumoniae insidansı pnömoni hasta grubunda ve kontrol grubunda birbirine çok yakın değerlerde gözlenmiştir. Çalışma grubunda yer alan hastaların PCR pozitiflikleri her üç mikroorganizma için de raporlanmış taşıyıcılık oranlarından daha yüksek bulunmuştur. S. pneumoniae için PCR-pozitîf 107 hastanın 9' unda S. pneumoniae dışındaki etkenlerin oluşturduğu enfeksiyon varlığına dair kanıtların mevcut olduğu görülmüştür. Sonuçlar, PCR verilerinin bazılarının orofarengiai kontaminasyon nedeniyle yalana pozitif olabileceğini göstermiştir. Bazı durumlarda balgam örneklerinde PCR testi, pnömokoksik pnömoni tanısında kolonizasyonu infeksiyondan ayırmada yetersiz kalabilmektedir. Yalana pozitif sonuçlardan kaçınmak, kolonizasyonu infeksiyondan ayırt edebilmek için balgam örneklerinin kalitesi Gram boyama tekniği uygulayarak saptanmalıdır. Sayısal tekniklerle desteklendiği durumda, toplum kökenli pnömoni hastalarından uygun örneğin elde edilmesiyle, daha hızlı ve kolay olan PCR metodunun daha güvenilir hale gelebileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT IDENTIFICATION OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE, HAEMOPHILUS INFLUENZAE, AND MORAXELLA. CATARRHALIS FROM SPUTUM SAMPLES OF PATIENTS WITH COMMUNITY ACQUIRED PNEUMONIA BY POLYMERASE CHAIN REACTION ÜSKÜDAR GÜÇLÜ AYLİN M.Sc, Department of Biology Supervisor: Assist. Prof. Dr. Ayşegül GÖZEN January 2005, 83 pages The present work describes the evaluation of the value of poiymerase chain reaction in diagnosis of pneumonia caused by the most common three bacteria! pathogens; Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, and Moraxel/a catarrhalis from sputum of patients with community acquired pneumonia admitted to The Department of Pulmonary Diseases of Gulhane Military Medical Academy. In this study, 107 sputa from 142 patients with suspected community acquired pneumonia were used to survey the causative agents. Identification of the pathogens was performed by sputum Gram stain and conventional microbiological methods. Poiymerase chain reaction was performed to investigate the presence of ivS. pneumoniae, H. influenzae, and M.catarrhaiis for the same sputum samples as well. PCR products were processed by electrophoresis on 2% agarose gels with visualization of the amplicon with ethidium bromide and UV illumination. The 33 of 107 samples were positive in cultures and 67 in PCR. S. pneumoniae (48.5%) was the most common etiologic agent as to PCR analysis. The incidences of H. influenzae and M.catarrhaiis were determined as 18.6%, and 4.7% respectively. The incidence of S. pneumoniae in patients with CAP and control group individuals were almost the same. The sputum PCR positives were higher than those reported carriage rates for these three microorganisms. 9 of 107 patients with PCR-positive had evidence of infection with pathogens other than S, pneumoniae. The results indicated that some of the PCR results were false positive due to oropharyngeal contamination. PCR testing of sputum samples for diagnosing pneumococcal pneumonia is unable to distinguish colonization from infection in some circumstances. To distinguish the colonization from infection, sputum Gram stain should be applied to the sputum specimens. Because of being faster and easier, PCR looks like becoming more reliable technique by the using of valid specimens from patients with community-acquired pneumonia If supported by quantitative techniques. Keywords^ Community-acquired pneumonia, S. pneumoniae, H.inffuenzaef M.catarrhaiis, Identification, PCR, Sputum
Benzer Tezler
- Toplumdan edinilen pnömonilerde etken olan bakteriler ve antibiyotiklere duyarlılıkları
Community-aquired pneumonia causative organisme and antibiotical sensitivity
SAVAŞ VURAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1998
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MÜZEYYEN MAMAL TORUN
- Beyin omurilik sıvısı ve orta kulak efüzyonu örneklerinden haemophilus influenzae'nın saptanmasında kültür ve PCR'ın karşılaştırılması
Comparison of conventional culture and PCR techniques in detection of haemophilus influenzae in cerebrospinal fluids and middle ear effusions
İBRAHİM JBARA
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
MikrobiyolojiGataMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BAYSALLAR
- Nazofaringeal örneklerden streptococcus pneumoniae'nın identifikasyonu ve antibiyotik direncinin araştırılması
The identification of streptococcus pneumoniae from nasopharyngeal samples and detection of antibiotic resistance
HALİT KUM
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
MikrobiyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ŞÜKRÜ KIRKAN
- Toplum kökenli pnömonilerden soyutlanan Streptococcus pneumoniae suşlarının moleküler yöntemler ile tanısı
Identification of isolates of Streptococcus pneumoniae recovered from community acquired pneumonia with molecular methods
MÜCAHİDE ESRA KOÇOĞLU
Doktora
Türkçe
2005
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. AYŞEN BAYRAM
- Ankara yöresinde, nazofarinks kültürlerinden izole edilen“Streptococcus pneumoniae”suşlarının serotip dağılımının, antibiyotik direncinin ve toplumda pnömokok antikorlarının araştırılması
Serotypical distribution and antibiotic rezistance of nasopharyngeal“Streptococcus pneumoniae”isolates and pneumococcal antibodies in community samples obtained from individuals in Ankara region
BELMA ERDOĞAN