Geri Dön

Cloning and characterization of Streptomyces clavuligerus meso-diaminopimelate decarboxylase (lysA) gene

Streptomyces clavuligerus mezo-diaminopimelik asit dekarboksilaz (lysA) geninin klonlanması ve karakterizasyonu

  1. Tez No: 153576
  2. Yazar: ÇİĞDEM YAĞCIOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF.DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Streptomyces clavuligerus, Gen klonlaması, DAP dekarboksilaz, Sefamisin C, antibiyotik biyosentezi. vıı, Streptomyces clavuligerus, Gene cloning, DAP decarboxylase, Cephamycin C, antibiotic biosynthesis
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

oz STREPTOMYCES OLA VULIGERVS MEZO-DIAMINOPIMELIK ASIT DEKARBOKSİLAZ (LYSA) GENİNİN KLONLANMASI VE KARAKTERİZASYONÜ Yağcıoğlu, Çiğdem Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Gülay Özcengiz Eylül 2004, 72 sayfa Streptomyces clavuligerus, da. a-aminoadipik asit (a- AAA) biyosentezi, antibiyotik üretiminde görev yapan sentetazlar için karbon akışını sağlayan önemli bir primer metabolik yoldur. Bu karbon akışı, aspartat metabolik yolunun Lizin-spesifik dalından gelmekte olup, organizmanın ürettiği ve ikincil kuşak sefalosporin olarak da bilinen sefamisin C biyosentezinde hız sınırlayıcıdır. Bu çalışmada, Streptomyces clccvııligerus NRRL 3585'in aspartik asit amino asit yolunun anahtar enzimlerinden birisi olan, mezo-diaminopimelik asit (DAP) dekarboksilaz (E.C.4.1.1.20)'ı kodlayan lysA geni ilk kez klonlanmış ve karakterize edilmiştir. lysA genini S. clavuligerus genomik DNAsının kütüphanelerini oluşturup bu kütüphaneleri homolog problama vıveya komplementasyon yaklaşımı ile tarama yöntemiyle klonlama çalışmaları olumlu sonuç vermemiştir.Bunun üzerine PCR'ı temel alan klonlama yöntemine başvurulmuş ve fysA geninin korunmuş bölgelerine karşılık gelen primer çiftleri kullanılarak genin birbiriyle çakışan bölgelerine sahip iki farklı parçası (620 ve 983 bp) PCR ile çoğaltılmıştır. Nükleotid dizi analizi sonuçlan eksiksiz bir open reading frame'in (ORF) varlığım göstermiştir. Bu ORF, 463 amino asitlik (Mr 49, 907) bir proteini kodlamaktadır. fysA geninin GC içeriği % 70.98 olarak belirlenmiştir. Gen sekansı <S1 coelicolor fysA gen sekansı ile % 83, S. avermitilis lysh gen sekansı ile % 81 aynılık göstermiştir. Bu proteinin amino asit dizisi veri tabanında mevcut diğer DAP dekarboksilaz enzimlerinin amino asit dizileriyle karşılaştırılmak suretiyle enzimin katalitik aktivitesi için önemli olan bölgeleri saptanmıştır.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT CLONING AND CHARACTERIZATION OF STREPTOMYCES CLAVULIGERUSMESO-DIAMINOV1MELATE DECARBOXYLASE (LYSA) GENE Yağcıoğlu, Çiğdem M.Sc, Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Gülay Özcengiz September 2004, 72 pages In Streptomyces clavuligerus, the route to the biosynthesis of a- aminoadipic acid (a-AAA) represents an important primary metabolic pathway providing carbon flux to the synthetases of antibiotic formation. This carbon flow comes through the lysine-specific branch of the aspartate pathway and is rate limiting in the formation of cephamycin C, a second generation cephalosporin produced by this organism. In this study, the lysA gene which encodes for an important key enzyme of aspartate pathway; meso-diaminopimelic acid (DAP) decarboxylase (E.C.4.1.1.20) catalyzing the conversion of diaminopimelate to lysine was cloned and IVcharacterized for the first time from S. clavuligerus NRRL 3585. The attempts to clone the gene by constructing libraries of S. clavuligerus genomic DNA and screening of the libraries either by homologous probing or complementation approach gave no positive results. Then, PCR-based cloning was taken as the approach and the gene was amplified with PCR using the primers derived from the conserved sequences of lysA genes in two fragments (620 and 983 bp) which had overlapping regions. Fragments were then cloned and nucleotide sequencing revealed a complete open reading frame (ORF) encoding a protein of 463 aa (Mr 49, 907). The GC content of the gene was identified as 70.98 %. The gene sequence showed 83 % identity to the sequence of S. coelicolor lysA gene and 81 % identity to S. avermitilis lysA gene. By comparing the amino acid sequence of this protein to those available in database, the sites of the enzyme important for catalysis were identified.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    119477

    Cloning, characterization and heterologons expression of the aspartokinase and aspartate semialdehyde dehydrogenase genes from the cephamycin C producer streptomyces clavuligerus

    Sefamisin C üreticisi streptomyces davuligerus'un aspartokinaz ve aspartat semialdehid dehidrojenaz genlerinin klonlanması, karakterizasyonu ve heterolog ekspresyonu

    SEDEF TUNCA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ

    PROF. DR. JACQUELİNE PİRET

  2. Tez No

    153474

    Cloning and characterization of industrially important alpha-galactosidase genes from the human pathogen aspergillus fumigatus

    Alfa-galatosidaz genlerinin insan patojeni aspergillus fumigatusdan klonlaması ve karakterizasyonu

    BETÜL SÖYLER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UFUK BAKIR

  3. Tez No

    212113

    Süs bitkilerinden elde edilen flavonoid 3'-hidroksilaz (F3'H) ve flavonoid 3'5'-hidroksilaz (F3'5'H) enzimlerinin klonlanmaları, karakterizasyonları ve substrat spesifitelerinin çalışılması

    Cloning and characterization of flavonoid 3'-hydroxylase and flavonoid3'5'-hydroxlase from ornemantal plants and studies on their substrate specifities

    FUAT TOPUZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyokimyaKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MURAT KÜÇÜK

  4. Tez No

    212027

    Termofilik Geobacillus caldoxylosilyticus TK4 suşundan DNA polimeraz I'in klonlanması ve karakterizasyonu

    Cloning and characterization of the dna polymerase I from thermophilic Geobacillus caldoxylosilyticus TK4

    CEMAL SANDALLI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyoteknolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ

  5. Tez No

    83737

    Molecular cloning and characterization of the common 1b subtype of HCV from Turkey

    Türkiye'de baskın olarak görünen hepatit C virüsü 1b alt tipinin moleküler klonlanması ve karakterizasyonu

    ASLI ÖZTAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK

Geri Dön